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  • ゲストにまいんさんを迎え、共通テストの特徴、共通テスト生物基礎(2023)を解いてみての感想と解説、そしてどのような力が問われているのかについて議論しました。Shownotes まいんさん 2023年度大学入学共通テスト 生物基礎 2023年度大学入学共通テスト 生物 共通テストの目的(声明?) あいまいまいんの生物学 … まいん先生のブログ 2023年度大学入試共通テスト 生物基礎 所感 (あいまいまいんの生物学) … まいん先生による生物基礎解説 ぷらんちゅ … “植物を同定して進める恋愛ゲームです!” 是非プレイしてください。 ぷらんちゅの配信 by Researchat.fm … “分子生物学者がプレイする「植物同定恋愛ゲーム ぷらんちゅ」ぷらんちゅの作成者のまいんさんをお呼びし、ポッドキャスト番組Researchat.fmのメンバーで実況プレイしました。” YouTubeフォローしてください… 共通一次、 センター試験 … 昭和・平成を感じる (T) 令和5年度大学入学者選抜に係る大学入学共通テスト出題教科・科目の出題方法等及び問題作成方針 共通テストの役割 大学入学共通テスト実施方針策定に当たっての考え方 大学入学共通テスト:実施の趣旨 - 文部科学省 Molecular Biology of the Cell … 通称Cell。買っても持て余すか、ディスプレーの高さ調整台になるか、ダンベルになるか、鈍器になるか、君の血肉になるかは君次第(T) Essential Cell Biology … 上記の本を薄くしたやつ。それでもきっつい… (T) 以下ネタバレ注意 真核生物 原核生物 マーギュリスの細胞内共生説 … 最初に勉強した時、ちびるぐらい感動したよね… (T) ミトコンドリア … もう名前がかっこええんよ(T) 葉緑体 代謝経路 … 高校生の時に解糖系とTCA回路は覚えた記憶 卵 坐骨神経 呼吸 … やっぱりあの漫画が流行ったし、みんな呼吸について深く考えたよな?っていう出題なのかな…(T) シアノバクテリア パラサイトイブ … これ読んだらミトコンドリアにワクワクすること必至(T) ミトコンドリアや葉緑体の一部の遺伝子が核内ゲノムに移行している(移行中)なのを知った時はちびったよね。マジで感動した (T)。 遺伝子 … DNAとゲノム、遺伝子、染色体の違いを説明せよ(R5 researchat.fm)みたいなのはまとめておくと便利。 G1, S, G2, M … 覚えていくしかない… 間期 (interphase), 分裂期 (mitosis) meiosis … 減数分裂 真核生物のロマン(T) 生物I・II … 平成 生物基礎・生物に変わったのは平成24年~26年くらい?らしいです(指導要領上では24) コオロギとキリギリスの見極め方 … 働き者じゃないのがキリギリス (T) ヌクレオソーム 30nmクロマチン線維は存在しない! クロマチン 酢酸カーミン 減数分裂 … ワクワクするな!(T) 二倍体 … 倍数性の変化をしっかり理解していこう。(T) 半保存的複製 Meselson・Stahlの実験 MeselsonとStahlのインタビュー動画 … もう好きすぎて何十回かはみた。本当に良い(T)。 3G bp x 2 = 6G bp フローサイトメトリー … あの細胞のラベルわけの図はよくみる。 EdUでラベルしよう ユークロマチンとヘテロクロマチン … 転写が活性化している部位とそうではない部位。ユークロマチンから複製が始まるといわれているため、DNA標識する物質を入れるタイミングをかえることで染め分けられる。言い忘れましたが、短時間で標識するっていう文言も大事でしたね。(T) single replication origin … 何て言ったか忘れたのですがシングルなのはバクテリアで、アーキアは複数のはず… 細胞を同調させてイメージングする実験でひたすら起きていた日のことや午前二時に自転車で爆走してラボに来た日のことを思い出しまして涙出ました(e.g., Nozaki et al., 2017 Figure 5AB) リトマスミルク リトマスゴケ … え、リトマスってここから来てるの?(T) NK細胞 弱酸性ビオレ 免疫系 T細胞 B細胞 はたらく細胞 … 見たことないのであまり知らない(T) 窒素循環 … これからは窒素循環を感じていく。

    草じゃなくて葉っぱ(T)

    以下、なんとなくtadasuが大学生(高校生)で読んだ本シリーズ 生物進化を考える … 高校生の時に生物IIで読んだ木村資生先生の名前と中立説というのが気になって借りて読んだ本。進化のロマンを感じた。 大いなる仮説 … 大野乾先生のこと知って大学で借りて読んだ本。 進化する階層―生命の発生から言語の誕生まで … 大学生の時に読んだジョンメイナードスミスの本。他の本は数式だらけでわけわかめだったがこの本は読みやすくて色々考えた気がする(違ってたらすいません) 進化の特異事象 … 大学生の時に読んだChristian deDuveの名著。進化について考える時にはこの本を読むとかなりガイドになると思う。高校生でも読める、とおもう。 ワンダフルライフ … グールドの本。古生物学にかなり興味が湧いた。 A Genetic Switch … 転写制御の第一人者であるMark Ptashneが書いた本。1st Editionが良いと聞く。結構薄くて大学で初めてちゃんと読み切った洋書。 利己的な遺伝子 … ドーキンスの本。周りのみんなは結構読んでいたが実は大学院生ぐらいまで読んでいなかったのだった… Garg and Martin. GBE (2016) … “Mitochondria, the Cell Cycle, and the Origin of Sex via a Syncytial Eukaryote Common Ancestor” tadasuが最近面白いと思っているmitosis, meiosis, mitchondria, sexの進化についての考察。meiosisはmitosisよりも起源が古いのか。mitochondriaはmeiosis, sexの誕生に必要なのか、それともvice versa。Editorial Notes Researchatに出してもらうなんて光栄すぎて改めて感謝です。ただの趣味で問題解いてる人間なので間違った説明などしてたらごめんなさい。共通テストは楽しいぞ!!!(まいん) 高校生マジですごい。自分が高校生だった時だったら絶対に解けないです。受験生のみなさん勉強がんばって!問題見ながら話すの以上につかれました…後半ガス欠。まいん先生ありがとう!(tadasu)
  • 塊根植物の栽培とDIY温室、家庭菜園と害獣、クラシックなInstagramの使い方について話しました。Shownotes コーデックス … 塊根植物とも。名前の通り根っこや幹が膨らんでる。みためがかわいい GORE-TEX 塊根(かいこん)植物・コーデックスとは?特徴や育て方・代表的な種類も紹介します アデニウム … 学名:Adenium, その他の名前:砂漠のバラ 科名 / 属名:キョウチクトウ科 / アデニウム属 メガニウム … チコリータの最終進化系。ポケモン第二世代で登場。 ガジュマル 貧者の薔薇(ミニチュアローズ) … 人間の底すらない悪意(進化)を!! ぷらんちゅ … “植物を同定して進める恋愛ゲームです!” 是非プレイしてください。 ぷらんちゅの配信 by Researchat.fm … “分子生物学者がプレイする「植物同定恋愛ゲーム ぷらんちゅ」ぷらんちゅの作成者のまいんさんをお呼びし、ポッドキャスト番組Researchat.fmのメンバーで実況プレイしました。” レッドリスト ワシントン条約 オペルプリカリア パキプス … コーデックスの一種 コーデックスの種 … いくつか買って種から育ててみた。なお収録中に言及した、実生が実際にレッドリストに登録されている植物に与える影響はcoelaの独自見解です。 DIY温室 … こちら(https://mkskblog.com/caudex-onsitu/)のサイトなどを参考に作成してみました SwitchBot 温湿度計 ドラセナ ドラコ … 樹液が赤いことから竜血樹とも呼ばれる。いちいち名前がかっこいい。 マンドラゴラ(マンドレイク) コミフォラカタフ … これに関しては正直ノリで種を買ってみたのでどんな植物か正直良くわかってない(coela) researchatのインスタグラム ユーフォルビアステラータ … 和名(でいいのか?園芸名?)だと飛龍 リオレウス … モンハンの代表的モンスター ユーフォルピアイネリウス … 和名(?)だと九頭龍 竜舌蘭 … アガベ ディオスコレア エレファンティペス … 和名だと亀甲竜 チューリングパターン 近藤滋 フィボナッチ数列 ガンダムのヒロインとトマト … ガンダムTVシリーズ最新作「水星の魔女」のヒロインがトマト育ててます(参考) フェノール入り -> フェノールフタレイン ツイン・ピークス … みんなコーヒー、ドーナッツ、ダイナーにあこがれたよな? Instagram (Wikipedia) … インスタグラムは2010/10/06らしいので本当に多分石黒は古参とのことですが、確認したら最初のラーメン画像の投稿は、2011年3月21日でした。インスタの日本語サービスが2014年に始まる随分と前ですね。この頃はインスタ映えみたいな感じじゃなかったな。 yorufukuro 中吊り広告 … old media 根津のたい焼き屋 CPANEditorial Notes かつて無いほどにアライグマが嫌いになりました (soh) いつまで続くか正直謎ですが、インスタグラムアカウントもよろしくおねがいします!!(coela) 植物に覆われていく…!(tadasu)

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  • Researchat.meetup vol.0の感想とポッドキャストオフ会について話し合いました。Shownotes 153. Researchat.meetup vol.0 (Researchat.fm) Side by Side Radio … “Side by Side Radioは、元プロロード選手の西薗良太 (Ryota Nishizono) がサイクリング全般のことから、サイクリングに関係がないことまで、お話するPodcastです。中でもロードレースやシクロクロス、スポーツサイエンスのことが多いです。” 研エン x sxsradio @ 2022 researchat meetup vol. 0 … “2022年12月に行われたresearchat fmのミートアップイベントにて、研エンの仲からAyakaさん、Ryoheiさん、Ogawaさん sxsradioからざいこうさん、西薗が出演した公開収録の模様です。” 研エンの仲 … “「研エンの仲」は、神経科学の研究者 Ayaka (@kayautoka) とソフトウェアエンジニア Ryohei (@fushimir)の2人によるPodcastです。科学やエンジニアリング、日常の話題についても話しています。” #91 Experimental Supermarket (研エンの仲) … “雑談回です。researchat.fm さんのオフ会に行ってきた報告、Side by side radio さんとの公開収録、Podcastプレイヤーのライブコーディング、パパパパパイン、エクスペリメンタル・スーパー・マーケット、Ayakaの博論提出報告 (お疲れさまでした!)、予定調整の難しさ、などについて話しました。” #6 SESSION from雑談 … “雑談が発信するポッドキャスト”#from雑談” 今回のSESSIONでは #Researchatfm (Tadasu / Coela) & Side by Side Radio(#sxsradio) 西園良太さんとの雑談をお届けします。" 雑談 … “「雑談」は、音声コンテンツ制作会社である「株式会社雑談」が 2022年8月31日(水)にオープンした、オフィス兼タップルーム付スタジオです。北新宿エリア、東中野の風情ある商店街の入り口に構えた「雑談」は、オープンスタイルのポッドキャストスタジオであり、厳選されたクラフトビールとソーダが堪能できるタップルームを併設する、日本初の「雑談ビアサロン」です。” researchatLT vol1 … YouTubeへの登録もよろしくお願いします。 researchatLT vol2 researchatfmのステッカー@東中野雑談 … researchatfmのステッカーを東中野雑談で手に入れることができます! Sticker Mule … Researchat.fmのステッカーはここで作っています。日本に送れるかはよくわからない…Editorial Notes 第2回やります (soh) まさか我が家に旗を飾れる日がくるとは・・・!(coela) 次回のオフ会に期待!(tadasu)

  • 暑さがまだ残る季節に、アニメ版平家物語、清原なつの、言葉の魂の哲学、ゆっくり解説などについて話し合いました。Shownotes 残暑! … またやっちまった! 126. The act of recommendation (Researchat.fm) … 前回のデュエル回 121. Panpanya (Researchat.fm) … panpanya回 中山功太 とろサーモンのラジオ とろサーモン ジャック・ラカン 疾風怒濤精神分析入門:ジャック・ラカン的生き方のススメ…ジャック・ラカンの精神分析の入門書 アニメ版平家物語 古川日出男 平家物語 - 古川日出男(翻訳) 京都アニメーション(京アニ) 山田尚子 けいおん! たまこまーけっと たまこラブストーリー…ラストの切れ味が素晴らしい傑作 響け!ユーフォニアム 高野文子 絶対安全剃刀 清原なつの…高校でなく浪人生のときにデビューでした(参考)夏貸文庫 家族八景 作画サークル…手書きの原稿を綴じた「肉筆回覧誌」を製作 飛鳥昔語り…りぼん新人漫画佳作受賞の実質的デビュー作「チゴイネルワイゼン」収録 じゃあまたね 花岡ちゃんの夏休み 春の微熱 パラダイスアベニュー 桜の森の満開の下 私の保健室へおいで… とり・みき 山本直樹 花の24年組 千の王国百の城…「アンドロイドは電気毛布の夢を見るか」収録 ヤマトナデシコ日和 千利休 花図鑑 一度きりの大泉の話 エクゾディアデッキ ユーディット・シャランスキー キリンの首 ルートヴィヒ・ウィトゲンシュタイン 古田徹也 言葉の魂の哲学 あひるにもうさぎにもみえるあれ 小笠原鳥類 CRISPR … みんなご存知 エピジェネティクス … これを説明するのはかなり難しい。”DNAの一次配列の変化を伴わない後天的な修飾により行われる制御機構” と私の卒論に書いていますが、これはかなり一面的ですね。 後成遺伝学 … epi + geneticsの日本語訳 ブラックホールもダークマターもなんかかっこいいもんね Our Father 哲学読書会 … dessanやyamakenさんがあつまってやっている怪しい会合 ゆっくり解説 俺の世界史Ch … 世界史が学べるゆっくり。最高。 第74位:ハンニバル 世界史上最強の戦術家 世界史に影響を与えた人物ランキング … coelaさんの言いたいことがわかってきた!ハンニバル! ゆっくりアドベンチャー ゆっくりまうんてん … 山岳まとめ最高!ニルマル・プルジャ最高! ゆっくり宇宙ハンター voiceroid … いろんなのがあるな 一人称のやつも違和感なくなった (tadasuの感想) 解脱に向けていく必要がある。 audible 宇宙やばいラジオ Coefont … 意外とすでにすごかった。ひろゆきさんに「リサーチャットがおもしろい?それ、あなたの感想ですよね。」って言わせてみてください。 赤江珠緒 平山夢明 … 冨樫展の最後が夢さんのコメントでびびった。 東京ガベージコレクション よみあげくん 大塚明夫 Planet Biology…やまけんの初めて公開したSF小説Editorial Notes 今回も音質悪くてすいません!マイク買います! (dessan) お父さん、バイオ何してるかよくわからないマティシャンで食っていこうと思うんだ……。(yamaken) 残暑すいませんでした!今回も暑すぎたぜ!(tadasu)

  • Researchat.meetup vol0の閉会時に収録した音源です。Shownotes Researchat.meetup vol.0の詳しいまとめは後のエピソードで語ります。Side by Side RadioのRyota Nishizonoさんとざいこうさんには会場の予約・収録機材で特にお世話になりました。ありがとうございました。会場にお越しくださったみなさま、辿々しい運営だったと思いますが、ありがとうございました。Editorial Notes 新鮮な体験ができて嬉しかったです!!Researchatを聞いてくださっている方々がいらっしゃることを実感できて感動しました。(coela) Researchat.meetup vol.1を開催できる日が来るのを楽しみにしています。(tadasu)

  • いただいたお便りをベースにいろいろ話しました。Shownotes 148. The Mountain is Calling You (ASMR)(Researchat.fm) … ASMR回 ネアンデルタール人は私たちと交配した … Researchat.fm ep12で紹介しました。 スバンテ・ペーポ … 上記の本の著者。2022年ノーベル医学・生理学賞受賞! Blue Microphones Yeti USBマイク ZOOM H6 福岡の屋台動画 … わくわくする 吉野家の牛丼を再現するレシピ YOSHINOYA America … アメリカの吉牛 YAYOI … YAYOI…ねぇ… Ootoya America … 西の人間優遇されすぎじゃね? Santouka … 初めて日本で食べた時は感動したのだが… 今は全く美味しいとは思えない。 Oryza sativa Japonica group バーミキュラ … 噂の高級調理器具。土鍋の方が普通に美味しかったがいかに。 69. Pro tips for tips (Researchat.fm) … kyonちゃんがきて飯テロした回 In defence of passion (Andrew Murray)) … tadasuは大学院生時代、これをデスクに貼っていた。 總持寺 阿字観 … 消してリライトしない方。總持寺の瞑想は静、阿字観は動というような感じを受けた。ゴールは近くても方法論が全く異なるのがおもしろい。 ケモインフォマティクス 山越うどん … 釜玉を発明したといわれる名店。個人的には釜玉よりもかけの方が山越は美味しい気がする… うどんバカ一代 … カルボナーラうどんとかが有名な店。ここも普通のうどんの方がおいしい気が… 丸尾の醤油 … 某うどん店でも外に山ほどここの醤油の段ボールが積んでいた。 山越の醤油 … 最高や! 鎌田のだし醤油 … 鉄板 コーレーグース … 最強の調味料。なんでみんな使わないの…人生変わるよ? ソーキそば … うまい 泡盛 … 酒はもうこれだけでええ。 OIST … OISTで研究しながらソーキそば食べて泡盛飲むだけの生活したい。 萬座 … 恩納村(OISTがあるところ)の泡盛。ここの一番普通のやつが臭くてコーレーグース用にちょうどいいと島唐辛子と泡盛が送られてきたのが色々の始まり。地元の人も敬遠すると聞いたが普通にうますぎる。鼻が壊れてるのかもしれない。 残波 … 飲みやすすぎるのでまずはここから。 大上先生の学振本 … まずはここから。 J1 two years rule … 結構大事なので気になる人はチェック 133. The longest self-introduction (Researchat.fm)) … mazさん回 “mazさんをゲストに迎え、自身の研究の変遷を軸に、バイオメカニクスのおもしろさを話していただきました。” mazpod.fm … maz (@dynamicsoar) が淡々と論文を紹介していく podcast, になるかもしれません。専門からわりと近くないと難しいので、たぶん生物飛行やその周辺。ハッシュタグは #mazpodfm あたりがいいんじゃないでしょうか。 #73 論文の未来を語ろう (🔬おすすめ回) … 研エンの仲 まじおすすめです。というか今年収録した中ではトップにおもしろい回 タコ娘さん ざっかけないマンガたち (by タコ娘さん) … 『自治体による「ごみ屋敷」対策』序章 1. 600 tabs in your browser (Researchat.fm) … ゴミ屋敷やタブの話をしている回 ギャルと恐竜 チェンソーマン 研究者たちが語る食欲 … 気になるな Researchat.fmのinstagram … なにかそのうちに投稿します。 Researchat.fmのyoutube … 目指せ1000人。登録よろしくお願いします!Editorial Notes (soh) 日本に行った感想回もすぐだします!みなさん2023年もよろしくお願いします。(tadasu)

  • Kosuke Fujishimaさんをゲストに迎え、これまでの研究人生に触れながら研究雑談しました。Shownotes このShownotesは藤島さんからのコメント・修正を受ける前です。またコメント・修正を受け取り次第更新いたしますのでご了承ください。 (by tadasu) Kosuke Fujishima Fujishimaさんの一つ前のエピソード テラフォーマーズ 冥王代 tri-split tRNA RNA world仮説 目ブラスト 貴家悠 藤島さんと貴家さんの対談 高井研 vs 貴家さん 減数分裂 東京喰種トーキョーグール レベルE 44. XXXXXYYYYY (Researchat.fm) … レベルE解説エピソード Lynn J. Rothschild 火星のマグマは噴出するか? … Nature Geo Science? 火星の海 テラフォーマーズ20巻 … どこに藤島さんいるのか正直特定できておりません… ロスチャイルド家 エンケラドゥス 質量分析 衝突マス Eリング decadal survey from NASA 高速衝突実験装置 ISS アストロバイオロジーの三大研究 … 生命の起源、生命の分布、人類の宇宙進出 東大の工藤先生 全自動メダカ飼育装置 宇宙メダカの論文 宇宙メダカ選抜テスト 某ショット … 人類は月には何年前に到達したんだっけ? ケンタウルス座アルファ星 ブレイクスルー財団 鉛の板 Yuri Milner ブレイクスルースターショット計画 イーロン・マスク … ep19 Neuron Maskを参照のこと SpaceX The Martian … いわゆるオデッセイ Andy Weir 過塩素酸 Soda Lakes 過塩素酸入り培地で育つ微生物 ATGCU … DNA/RNAの塩基 111. Mirror Image Biology … 鏡像異性体の回 鏡像異性体は味がするのか? ラセミ化 深海の微生物にはラセマーゼが多い ホモキラル EBI … European Bioinformatics Institute Joana Pereira タンパク質の配列空間 … よく使うフレーズなのですが、適切な名前が思い浮かばない (tamaki) ふじしまさんが載っているJAXAの宇宙飛行士募集ページ … 「宇宙飛行士に転職だ」 宇宙飛行士選抜テスト こまささん … 藤島さんのお友達 「大西宇宙飛行士に、OB訪問だ。」JAXA宇宙飛行士候補者募集スペシャルムービー … ふじしまさんがOB訪問という形で大西宇宙飛行士インタビューしていますEditorial Notes (fujishi) 実は今回は高校生の皆さんにリーチするという野望があったのですが、届いたのだろうか・・・(coela) おもしろすぎました。完全版shownotesはそのうちに(tadasu)

  • Kosuke Fujishimaさんをゲストに迎え、アストロバイオロジー、生命の起源などについて話しました。Shownotes このShownotesは藤島さんからのコメント・修正を受ける前です。またコメント・修正を受け取り次第更新いたしますのでご了承ください。 (by tadasu) Kosuke Fujishima Kosuke [email protected] Kosuke Fujishimaさんがバイリンガルニュースに出た回 アストロバイオロジー … 宇宙生物学 アストロバイオロジー 米国航空宇宙局(NASA)エクソバイオロジーとアストロバイオロジーの歴史 … アストロバイオロジーの説明漫画 NASA ESLI SFC … 慶應義塾大学湘南藤沢キャンパス 冨田勝 金井明夫 アーキア(古細菌) RNA 藤島さんのtri-split tRNAの論文 … “Tri-split tRNA is a transfer RNA made from 3 transcripts that provides insight into the evolution of fragmented tRNAs in archaea” 別々に転写された3つのパーツからtRNAが合体して機能する!! 慶應義塾大学先端生命科学研究所 海外学振 あのクマムシ博士 … クマムシ博士、我々はいつでも出演していただけるのを待っております!(by Researchat.fm一同) クマムシ博士の「最強生物」学講座 私が愛した生きものたち クマムシ?!―小さな怪物 AMES Research Center クマムシさん 腸内細菌 リボソーム … 高校生物IIでは習うはずです by tadasu 細胞はリボソームを作るマシーンである RNA, アミノ酸、タンパク質、それぞれの構造の複雑さと組み合わせの複雑さ、そして粒度などなどを考えていく必要がありますね (by tadasu) 翻訳 … セントラルドグマの方のやつ リボソームRNA tRNA アミノ酸 分子生物学 スーパーサイエンスハイスクール(SSH) バイオサミット ミトコンドリア ネアンデルタール人 … ノーベル賞取った! シアノバクテリア LUCA以前の話とネアンデルタール人、隕石とかの話はごちゃごちゃにするとわかりにくい気がする。そもそもその時代の選択圧とは。 進化の特異事象 … この本を再履修するか… (by tadasu) 深海熱水噴出孔 バキ … 柳は死刑囚編に登場 柳龍光 … 「この地球上で最も強力な毒ガスとは何かわかるかね?」 クローバーリーフ構造 … tRNAの取る二次構造 コドン 原始代謝系 グリシン  Alpha helix Beta sheet LUCA … Last universal common ancestor 冥王代 はやぶさ pre-biotic chemistry ユーリー・ミラーの実験 デカフェ ハーデース … ギリシャ神話は聖闘士星矢とFGOで勉強しました by coela 外惑星 JAXA 超臨界 JAMSTEC しんかい6500 アスガルド古細菌 高井研 … 大尊敬する大先生 ケプラーミッション ハッブル ウェッブ Craig Venter Mycoplasma laboratorium Synthetic Biology アストロバイオロジーキャンプ- たとえcoela氏が大学入学前に情報を持っていたとしても何もしていないんじゃないかなぁ by tadasuEditorial Notes どんどん話題が移り変わっていく感じで自由に話すことができて非常に楽しかったです。若年リスナーの好奇心を少しでも刺激できているといいな。(fujishi) 藤島さん出演ありがとうございます!!!ロマンがある話がたくさんできて楽しかったです。(coela)

  • kagayaさんをゲストに迎え、シャコパンチの話題を中心に色々話しました。Shownotes Katsushi Kagaya 140. Recurrency (Researchat.fm) … “kagayaさんをゲストに迎え、アメリカザリガニの自発性行動開始の脳研究における単一ニューロンの膜電位活動の記録とその形態染色技術の話、超高速パンチをするシャコの研究、リカレントニューラルネットワークの機械学習フレームワークであるリザバーコンピューティングについてお話をうかがいました。 (w/ mazさん)” kagayaさんの(Self-organized criticality 自己組織化臨界)SOC論文 準備電位は自己組織化臨界状態で生じる神経雪崩と呼ばれるスケールのない、冪則に従う神経活動であるという主張の論文 https://doi.org/10.48550/arXiv.2209.09075 リザバー … リザバー・コンピューティング(recurrent neural networkの機械学習法のひとつ) Researchatfm sticker リザバーハンドブック … Hands-on reservoir computing: a tutorial for practical implementation リザバーのコード … Simple Echo State Network implementations で、Echo State Network のミニマルな実装が、R、Julia、Python、MATLABのそれぞれの実装が公開されています。 Herbert Jaeger かがやさんの文章 … 超高速運動から個性そして多様性 ゆるふわ生物学のシャコパンチ回 シャコパンチ … 主にパンチして貝殻を割って食べるタイプのスマッシャーシャコの打撃運動のことをシャコパンチと言っているが、突き刺すのが得意なスピアラーシャコもパンチをする。スピアラーシャコに破られた水槽 Sheila Patek The shrimp with a kick! … Sheila Patek先生のTED テラフォーマーズ 海の牙 … 勝手に拝借失礼いたします。星野之宣先生の作品のようです。 えびボクサー … “邦題は『えびボクサー』で公式ポスターにもエビが描かれているが、実際に登場するのはシャコである。” Mantis shrimp … シャコの英語での一般の呼び方。 Roy Caldwell … シャコ界のゴッドファーザー 133. The longest self-introduction … “mazさんをゲストに迎え、自身の研究の変遷を軸に、バイオメカニクスのおもしろさを話していただきました。” ハイスピードカメラ Malcolm Burrows スピアラー・スマッシャー … 機能的に主にこのふたつに大別される。中間タイプもいる。 水槽を割るスピアラー 自分の指が刺さっている論文 … The mechanics and neural control of the prey capture strike in the mantid shrimps Squilla and Hemisquilla 刺されたところ 顎脚 Patekさんの最初の論文 … Deadly strike mechanism of a mantis shrimp スピアラーを測った論文 … Strike mechanics of an ambush predator: the spearing mantis shrimp 空気中でパンチが遅くなる … Medium compensation in a spring-actuated system キャビテーション シャコパンチが光る動画 テッポウエビ ヨコエビ テッポウエビの2000年の論文 … How Snapping Shrimp Snap: Through Cavitating Bubbles テッポウエビの動画 Kaji-sanの論文 … Parallel Saltational Evolution of Ultrafast Movements in Snapping Shrimp Claws 「回転中心乗り越えて」 … 意味不明だったと思います。「作用点がもと回転中心だったところを乗り越えて」に訂正します。 シャコパンチの4棒リンク機構モデル 「スピード優先」 … スマッシャーは速いのですが、このリンク機構だけの説明では「フォース優先」としないと間違い。変位が小さくなるとスピード小さくなっちゃうので。 筋肉の並列構造 カニの筋肉の羽状配置 Animal Physiology: Adaptation and Environment (休憩) ザリガニをサクリファイスしていた話 … Researchat.fm ep140でお聴きになれます。 (Probability of success)(Value)/Time = PV/T Kagaya and Patek, J Exp Biol (2016) … “Feed-forward motor control of ultrafast, ballistic movements” ダーウィンが来た! EMG … electromyography 筋電図 混合分布モデル 確率分布を混合した分布 … 「モデルの中では」と言っていますが、データでモデルを学習する段階では5個体分かれているけど、予測のときには(全体の線をひくときには)分かれてないということを言うべきでした。lme4 Stan … “Stan is a state-of-the-art platform for statistical modeling and high-performance statistical computation. Thousands of users rely on Stan for statistical modeling, data analysis, and prediction in the social, biological, and physical sciences, engineering, and business.” シャコのブラッシング、グルーミング シャコの眼 … 偏光が見える・感じられる シャコの「驚異の色覚」は幻想だった? Kagaya and Takahata, Science (2011) … “Sequential synaptic excitation and inhibition shape readiness discharge for voluntary behavior” SKK ritualized behavior … Contests with deadly weapons: Telson sparring in mantis shrimp (Stomatopoda) meral spread … 上の論文の図版 Kagaya and Takahata, Science (2011) … “Sequential synaptic excitation and inhibition shape readiness discharge for voluntary behavior” 白眉プロジェクト 神経系はなぜ東なのか 下澤楯夫 並列構造 … e.g., 神経の束、イオンチャネルなど コオロギのセンサー コオロギやゴキブリの仲間にある尾葉という気流感覚器 ハマホト … 浜松ホトニクス ザリガニのジャイアントニューロンと逃避行動 2本の腹髄の横断面をみると二対の巨大軸索が見える。外側と内側にそれぞれ lateral giant と medial giant と言われるニューロンがある。それぞれ後方と前方からの脅威(水流刺激)に一発のスパイク応答を示して脅威から遠ざかる逃避遊泳を「司令」するため、コマンドニューロンとも言われた。コマンドという、ニューロン活動と行動が一対一に対応するという概念は感覚における「おばあさん細胞」のいわば運動版である。 「神経系は東」タグ mazpod.fm … mazさんのポッドキャスト mazpod.fmEditorial Notes こちらこそ楽しく自分のお話させていただいてありがたいです。シャコやカニを食べる時、その筋肉繊維の向きを見て思い出していただければ幸いです。(kagaya) メチャクチャ楽しく聴けました。シャコ、今度日本に帰ったら食べます(違(tadasu)

  • BC州に広がる大自然の音をお届けします。Shownotes Elaho River (Wikipedia) … BC州は険しい山々を擁し、手つかずの大自然が広大に広がっています。Elaho川には2,000m級の山々と夏場でも雪が溶けない氷河から豊かな水が流れ込みます。険しい山道を川沿いに50km以上も北上し、辺り一帯を探索しキャンプしています。もちろん一人の人間もいません。 Exploring Elaho river in BC (Google Photo) … sohが撮った写真です。雪山、天の川銀河まで見える満点の星空、激しい岩肌がお気に入りです。 TheStoryTillNow (YouTube) … BCに住むYoutuber。彼の映像を見てBCに広がるバックカントリーの美しさや激しさに引き込まれました。 The Road To Paradise, Epic Jeep Gladiator and EcoDiesel JL Off-Road Adventure TheStoryTillNow (YouTube)Editorial Notes 途中、なにを料理している音かわかりましたか?好評ならこのシリーズを続けたいです。感想あれば嬉しいです (soh)

  • コロナの終わり、植物や星の名前、アメリカやカナダの捉えきれない広大さ、新しいポッドキャストについての雑談です。Shownotes Monkeypox Signs and Symptoms ぷらんちゅ うずまき猫のみつけかた 村上春樹 Seattle Mariners 10 Fascinating Facts About The Moab Desert バーニングマン (Wikipedia)Editorial Notes 編集をながらくさぼってすみませんでした… もうカナダは冬に突入しています (soh)

  • 昔使っていたウェブブラウザ、使いにくいあのシステム、パスワードのふりがな、最先端のチェックテクノロジー、学振の黒三角形の思い出等について話しました。Shownotes Opera Internet Explorer Sleipnir Netscape Google Chrome Microsoft Edge Firefox Safari 1. 600 tabs in your browser (Researchat.fm) Infoseek … 今は楽天なのか… ドリームキャスト scam … 詐欺 Google Pixel 例のイルカ Dunkin’ TurboTax Multi-factor authentication (Wikipedia) 携帯の解約問題 (Togetter) 沈黙 (Wikipedia) 在ボストン日本国領事館 … いつもお世話になっております。 ゴルゴ13の漫画 (Twitter) … みんなSNSで報告するやつ 割印 アメリカも読んだ確認のために謎のイニシャルだけを書いていくやつあります。最近はイニシャルを登録するとクリックするだけで勝手に入れていってくれる… 公益社団法人 全日本印章業協会 … 公益社団法人全日本印章業協会は、個人、法人の財産を守る印章の重要な役割を啓発し、日本の文化に根を下ろし、社会において重要な役割を果たしている印鑑登録制度の健全な発展に寄与することを目的としています。 学振の三角形 (Twitter) … 調べると落合先生も最近書いてくださっていた。 学振の三角形 … もともと三角はプリントされていて、余白の部分を含めて枠の外を塗るのだった気がする。 日本で獲ったPh.D.がアメリカでも通用することの証明 … Ph.D.は世界共通じゃなかったのか!!! researchmap … researchatと少しかぶるやつ NIHのbiosketch ファクシミリ (Wikipedia) ピーヒョロローは違う? … 昔のインターネッツだよな スマートスピーカー (Amazon.co.jp)Editorial Notes これは本当にありそうな夢の話です (soh) ドリカム(coela) 夢が揃いすぎてびびりました。アメリカはアメリカでビビるほどダメなシステムあります。(tadasu)

  • 遠藤礼子さんをゲストに迎え、アメリカのスタートアップ(Biobot Analytics)での仕事、下水疫学とCOVID-19、マラリア研究のためのエチオピアでのフィールドワークと大学院留学、自分を成長させる方法、故郷・山形への熱い思いと将来の目標について話しました。Shownotes 遠藤礼子(Noriko Endo)さん … 今回のゲスト。tadasuがこいつ強すぎるぜぇ…と思っている一人。今回は出演していただき光栄です。 解答のない参考書 - 人生をデザインするための12人のインタビュー - #01遠藤礼子さん … こちらに遠藤さんの経歴がまとめられています。 山形東高校 … 東北の名門 山辺町 … 今の町長さんも遠藤さんだけど遠藤礼子さんとは関係ないらしい。 MIT Biobot Analytics TIME100 MOST INFLUENTIAL COMPANIES OF 2022 … Biobot AnalyticsはTIME誌が選定したMOST INFLUENTIAL COMPANIES of 2022に選ばれました! The 10 most innovative biotechnology companies of 2021 … こちらにもBiobot Analyticsは選ばれています! オピオイド public health(公衆衛生) overdose …過剰摂取 policy intervention … 政策介入 legal consequence … 法的効果 Duvallet et al. ACS EST Water (2022)) … “Nationwide Trends in COVID-19 Cases and SARS-CoV-2 RNA Wastewater Concentrations in the United States”: Biobot Analyticsのチームによる論文 Pepper mild mottle virus(PMMV) Cambridge Covid19 Weekly Municipal Wastewater Sampling Data 下水疫学 … Wastewater-based epidemiology CDC(Centers for Disease Control and Prevention) Biobot Analyticsによる測定値 … 見るだけで楽しい。 下水シグナルとクリニカルシグナルのラグが14週間と言っている部分がありますが、14日間の間違いです。(by 遠藤さん) Oct-Nov 2020 in Cambridge … Cambridgeでは綺麗にBiobot Analyticsの測定値が患者数のearly indicatorになっていたのだが、今となって見直すともう数が違いすぎて何が何だかわからない笑 Endo 2017 … 遠藤さんのD論:Malaria transmission around the Koka Reservoir in Ethiopia : field observations, model predictions, and strategies for prevention コカ貯水池 マラリア hydrology … 水文学 hydraulics/hydrodynamics … 水理学/水力学 エチオピア ナイル川 ルネサンスダム Civil and Environmental Engineering @MIT Earth Science @MIT Political Science ハマダラカ デング熱 ジカ熱 undergrad … 学部生 世界銀行 アジア開発銀行 depression … 鬱 高校浪人 … 留年じゃなかった…日本語だめだ… 左沢線 COTEN RADIO … 遠藤さんが好きなポッドキャストEditorial Notes 話すのって難しいですね。複数での話すから必ずしも思い通りの章構成にならないし、書くときと違って文単位の校正できないし、そもそも日本語で話すことに慣れていない。聞きずらかったらすみません。今年1年日本で働くので精進します。(noriko) 遠藤さんにゲスト出演していただき感動です!2.5年ぶりに対面収録したのでtadasuの声がボエボエになってしまいました…遠藤さんの声は綺麗に撮れているから許してください。次回はもっと綺麗に撮れるようにがんばります!そして最後のコメントまで成長の鬼だった…(tadasu)

  • 植物の名前がわからない問題、スポーツ・ゲームのいいプレイとは何かについて議論しました。Shownotes ぷらんちゅ … “君と植物を同定して紡ぐ恋愛物語。植物を同定して進める恋愛ゲームです!植物の同定に自信がない方も、問題なくプレイできますのでぜひぜひプレイしてみてください!勿論自信がある方も挑戦してみてくださいね!” ぷらんちゅ IN Singapore … “植物同定恋愛ゲーム第二弾!今回の舞台はシンガポールです。シンガポールにある植物を、沢山知ることができます。同定に自信がない人も、シンガポールの植物を知らない人も、こんなものがあるんだ~と楽しんで頂けたら幸いです!きっとあなたもシンガポールに来たくなる!” まいん先生 … ゲーム開発者と化したまいん先生 ぷらんちゅ実況動画 by Researchat.fm … 開発者のまいん先生を迎え、ぷらんちゅをプレイしました。 ぷらんちゅ IN Singapore 実況動画 by Researchat.fm … 開発者のまいん先生を迎え、ぷらんちゅ IN Singaporeをプレイしました。 nanopore Street Fighter V Street Fighter 6 弟切草 … 花言葉は、「復讐」。 researchat.book … 出ることのない幻の本 ポについて話した回 ポ画ZINE … ポ絵かきの同人誌が出る?PDF版もあるっぽい? ポ絵かき テスタメント 過去の攻略回 … ep53 とか ep109 とか 2006年インターハイ剣道 水戸葵陵初優勝 … tadasuは小6の時に同級生の遅野井選手を2001年の正月に松山でみてちびったんだよ。まじで。こんなにつえーやついんの?って。撮影したビデオを本当に擦り切れるまで見返したんだよ。遅野井選手はIH優勝も輝かしいけれども、魁星旗2005の決勝逆4タテはマジで痺れた。とかいいつつ、我々はこの動画の準優勝の成田選手率いる桐蔭学園にフルボッコに予選でされたわけですが笑 今同世代の筆頭といえば西村選手ですが、成田選手も本当にちびるぐらい強かった。北海道の神童村上選手もチームにいるし、東京出身の最強一年生田島選手、宮城の若松兄弟もいて、山形の野口選手もいて、本当に当時の桐蔭学園は泣くほど強かった…オールスターだった。 1986年の高校剣道,伝説のPL学園鍋山選手 … だいぶ雰囲気違いますね。鍋山選手、そのあとの活躍も凄まじい。数少ない玉龍旗が関門海峡を渡った優勝のうちの一つ。 梅ヶ谷選手の伝説のやつ … 東京ポッド許可局でもマキタ局員が熱く話していたあれ。 梶谷彪雅一本集 … 本当に気持ち良い。 梶谷選手のYouTube … 爆誕していた。というか気づいてなかった…試合の解説や選手間での対談もあってうれしい!最高! 第69回全日本選手権 一本集 … 本当に気持ち良い。 高校剣道 一本集 8 - Highschool Kendo Ippons 8 … 動きが速すぎるんよ。どうなってるの? 剣道の技術革新 … あまし技とか(抜き技の変形)? 剣道のレッドブルアスリート … 公務員以外での剣道プレイヤーの爆誕に期待したい。梶谷選手みたいにYouTubeでぶん回していくのも楽しみですね。 秋田面 … 昔、秋田面という肩で抜く伝説の技一本で全国トップまで上り詰めた選手がいたという。秋田出身で東京教育大学で名を馳せたらしいが詳細不明。知っている人、ご連絡ください。 おれは鉄平 … tadasu(& coela?)のバイブル。本当に好き。風車だった気がする。 巻技 … 竹刀飛ばすやつ。有名なのだとこの動画とかかな? 警察剣道のルール … けたぐりじゃなくて足払い・足がらみですね、正確には。失礼しました。大昔のルールだったらOKだったので、tadasuが子供の頃には足がらみ・足払いしてくるおじいちゃん先生たくさんいました。 皇宮警察 伊藤くんの剣道 … 推しの伊藤くん、貼っとくな。彼の剣道本当に好き。これからの活躍にも期待したい。 全日本剣道選手権 戸田忠男先生 … 今回話した話は、tadasuの経験談以外どこまで本当なのかは知らない…さすがにハエの話は創作だと思う(宮本武蔵・宇野金太郎の逸話)。電話の話は本当っぽい。柏手の話は、禅の公案である隻手の声を引用したものな気がします。 上段時代の戸田忠男先生の動画 二刀流時代の戸田忠男先生の動画 高鍋進先生 剣道八段 … とりあえず合格率が1%を切ってる。 ハイスピードカメラと剣道 … それまでは何が起こっているのかわからなかったのだよ。 フェデラー ダーツのルール … よくわからん。 ウメハラ 背水の逆転劇 … いわゆるレッツゴージャスティン! 背水の逆転劇 … wikipediaにプレイの解説がある! EVO Moment37 … いわゆる背水の逆転劇。英語版は数字で呼ばれていてかっこいいなー。 ブロッキング ウサイン・ボルト 「二人の出会い」 智弁学園和歌山高嶋監督と明徳義塾馬淵監督 スペシャルトーク Part.1 … 現代高校野球の名将といえば! ヤン・ウェンリー Barbara McClintock Mendeley 統一hogehoge … いい研究とは二種類しかない。教科書を薄くするか、新しい教科書を書くかだ。って昔だれかが言ってた(ようは教科書を分厚くするのではないってこと) 人類史上最高の研究とはなにかにつながる。やはり分子細胞生物学であればMeselson and Stahl 1958を推したい by tadasu 誤配 … やっぱり誤配なんですよ。 Listen Notes 渡辺明名人の【作戦術】 … AIの活用法 渡辺明名人】将棋AIによる序盤研究とは?名人による将棋AI活用法【水匠/dlshogi】 AF2 Researchat.fmのおすすめ回を紹介します。後編(研究とゲームのはなし) … 今回のいいプレイ論は、雛形さんのブログを受けての回となりますのでそちらもご参照ください。Editorial Notes 数年間眠っていたネタを話せて嬉しかったです。格闘ゲームにも通ずることなのですが、きれいに整備されたチュートリアルが分野の発展には必要不可欠だと思います(coela)。 剣道全然強くないので色々ドヤ顔で話してしまいイタいやつでしたね…はずかしい…(後輩たちが活躍しているのでOK!) けれども剣道のこと書く機会もないのでたくさん書きました。聞き直すと結構話噛み合ってなかった気がする… 頭が回ってない!笑 んー分野毎にそれぞれレビュー書いたりしてる人はいるけれども日本語だとそれを集積するところが必要という感じなのかな?んーわからん笑(tadasu)

  • ヒトの細胞で人工的なクオラムセンシングの構築を目指した論文を紹介しました。Shownotes Synthetic mammalian signaling circuits for robust cell population control. Cell 2022 … 今回sohが紹介する論文です The Elowitz Lab at Caltech Quorum sensing (Wikipedia) 80. Guest explains everything (Researchat.fm) … Pomeさんをゲストに迎え、CAR-T治療などについて教えていただいた回 Nishimura et al. Nature Methods 2009 … “An auxin-based degron system for the rapid depletion of proteins in nonplant cells” Blasticidin S DamIDEditorial Notes 随分と収録から公開の間が空いてしまいましたが引き続き論文を紹介していきます (soh) Quorum sensingおもしろいなぁ(tadasu)

  • 研エンの仲の二人(ryohei, ayaka)が大学に訪問されたので記念収録しました。(w/ miyawaki)Shownotes 研エンの仲 Neuroradio Harvard Museum of Natural History Glass flowers and plants Aye-aye (アイアイ) … お猿さんなのか??? Science Center … 有名な建築家が作った建物 MBTA redline … ボストン周辺は電車が結構走っているので住み良いです(なお家賃… Amtrak … アメリカの鉄道。ボストンからフロリダまで行けるらしいが乗ったことはない。Peterpan busなどの格安バスでもNY-Boston間は移動可能(もちろん、車、飛行機も可能)。名古屋-東京間ぐらい? Gordon Research Conferences The Power Hour ハーバードの古いコンピューター … Howard Aikenが作ったMark IがScience Centerには展示されていた。今は他の場所に移動。 Harvard Yard Nicholas Bellono … この会合の時に話したtadasuがたまげた研究者。Editorial Notes 環境音が乗ると Vlog (Alog?) 感があって新鮮ですね。ボストン案内していただきありがとうございました! (ryohei & ayaka) ゲリラ収録面白かったです。三番組のパーソナリティが対面で集まった時の定番になったりして笑 またなんかやりましょう!(miyawaki) ポッドキャストのつながりでお会いできてよかったです!miyawakiさんも来てくれてありがとう!博物館では刺激をいただきました(tadasu)

  • 春の訪れ、Daylight saving time、ペッパーランチの思い出、マリトッツォって何、磁力を使って生きた細胞の中のクロマチンを動かす論文、種間で寿命のばらつきが非常に大きい(11-200歳)根魚のゲノム解析論文について話しました。Shownotes Daylight saving time … いわゆるサマータイム ソメイヨシノ … ソメイヨシノ研究といえば遺伝研の竹中要先生。 Daylight saving timeを一年中使うことの議論 ペッパーランチ 超高級食材でペッパーランチ作ったら美味すぎて言葉を失いました… (by ヒカキン) … 飯テロ許すまじ! Pepper Lunch in Vancouver Yoshinoya Yayoi BOSSO … Harvard Buisiness Schoolを卒業した人が始めたラーメン屋さん。唐揚げが一番おいしかった。 mochi doughnuts & Taiyaki … ポンデリング系ドーナッツ(mochi doughnuts)とタイ焼きの口からアイスが突っ込まれているタイ焼きアイスクリームのヒットについてはまた話したい。 Tsurumen davis … Researchat.fm ep5で登場した1000日しか営業しないラーメン屋さん。ついに1000日を迎え、営業を終えた(らしい) マリトッツォ … 名前だけ聞いたことがある伝説上の食べ物 BOOK OFF NY Keizer et al. bioRxiv (2021) … “Live-cell micromanipulation of a genomic locus reveals interphase chromatin mechanics” John Gurdon Egli et al. Nature (2007) … “Developmental reprogramming after chromosome transfer into mitotic mouse zygotes” 体細胞の染色体スワップではなかったです… 光ピンセット(Optical tweezers) 磁気ピンセット(Magnetic tweezers) Atomic Force Microscope (AFM) Tetracycline (Tet) Inducible Expression mCherry Yang and Shah Front. Oncol. (2020) … “Nanobodies: Next Generation of Cancer Diagnostics and Therapeutics” Ferritin パーマロイ … ニッケル鉄の合金 Kolora et al. Science (2021) … “Origins and evolution of extreme life span in Pacific Ocean rockfishes” 根魚 Lu et al., Science (2021) … “Long-lived fish in a big pond”Editorial Notes 今年のカナダは歴史的な降水量で雨ばかりの日々でしたが、先週から1ヶ月遅れでようやく夏が来ました (soh) 時節の話なんかするものだから季節外れの話になってしまいました。タイトルにはTweezersを入れましたが、magnetic tweezersの論文ではないです。Rockfishの寿命論文はオープンアクセスではなかった…すいません。(tadasu)

  • kagayaさんをゲストに迎え、アメリカザリガニの自発性行動開始の脳研究における単一ニューロンの膜電位活動の記録とその形態染色技術の話、超高速パンチをするシャコの研究、リカレントニューラルネットワークの機械学習フレームワークであるリザバーコンピューティングについてお話をうかがいました。 (w/ mazさん)Guest (加賀谷の研究履歴)アメリカザリガニの自発性行動開始の脳機構研究(高畑雅一lab) 行動が外部感覚刺激ではなく自発内発的に生じるとき、その開始が起こる脳内機構を調べるため、ザリガニ脳内の単一ニューロンの膜電位活動を記録、形態染色の技を卒論時から9年間継続してようやく特定のニューロンが見つかった。 シャコの超高速運動の研究(Sheila Patek lab) 神経系が身体機構を通して環境に働きかけるメカニズムの研究として、超高速パンチをするシャコを研究。 カニの行動の個性の研究(Seto Marine Biology lab) 京大白浜水族館の飼育員の原田桂太さんがカイメンで帽子をつくるカニをシャコ水槽の隣でされていて、体のわりに小さすぎる帽子をつくってるカニがいたりして、行動実験とデータ解析を計画。ベイズ統計による解析。 ソフトロボット研究(中嶋浩平 lab→國吉中嶋 lab 2022-) 科研費の新学術領域ソフトロボット学に公募班で採用されて、ソフトロボット的研究開始。中嶋さんとは京大白眉、この領域でお世話になり、現在中嶋ラボへ。Shownotes Katsushi Kagaya maz Researchat.fm mazさん回 (ep133) … “mazさんをゲストに迎え、自身の研究の変遷を軸に、バイオメカニクスのおもしろさを話していただきました。” ゆるふわ生物学 の シャコパンチ回 カニの行動の個性の研究 ソフロボ:ソフトロボット、新学術領域ソフトロボット学 リザバー: リザバー・コンピューティング(recurrent neural networkの機械学習法のひとつ) 中嶋さんの総説 北大水泳部 kagayaさんの輝かしい水泳の記録 … 勝手に貼ってすいません!(tadasu) 北大理学部生物学科 山本貴司さん 千葉すずさん イトマンオーストラリア遠征:年に一度、全国のイトマンスイミングスクールから選抜され豪州遠征があった。近大附属高校:近畿大学附属高等学校。当時、普通科、理数科、国際科のほか、水泳をはじめスポーツによる活動を重視するクラスもあった。 「鳥が飛ぶようにヒトは言語をつかう」Steven Pinker, Language Instinct 高畑雅一 (たかはたまさかず): kagayaの北大在籍時の先生 アメフラシの神経:キャンデル神経科学のエリック・キャンデルのアメフラシの神経系で学習の分子機構の研究 イカの神経: ホジキンとハクスレーはじめとする活動電位の発生メカニズムの研究が念頭にありました シナプス統合作用:中枢ニューロンは、複雑な形状をもった樹状突起をもって多くの他のニューロンとシナプスを形成する。細胞でのシナプス電位の空間的時間的分布は、シナプス部位からの解剖学的距離だけでなく、三次元構造、膜・細胞質の電気的性質、電位依存型イオンチャネルによるコンダクタンス変化などの影響を受ける。シナプスでの電流が細胞内をどう拡散していくかと合わせてこれらが「神経計算の実体」に大きな影響を与える。この入出力関係(計算)を決めている諸過程をシナプス統合作用という。 ザリガニの脳:kagayaが学部4年生のときに作成したザリガニの脳の組織切片の染色像 ザリガニ論文1:Kagaya & Takahata, 2010 ザリガニ論文2:Kagaya & Takahata, 2011 細胞内記録(イントラ):ガラス管微小電極を細胞に刺入し、主にカレントクランプで細胞内外の電位差を測る。ガラス管内に蛍光色素を充填して細胞内染色をすることが可能。 マイクロエレクトロード(ガラス管微小電極):シャープエレクトロードともいう。クラシックな手法。パッチ電極では細胞膜を密着させるが、自然に膜がシールするのを待つ。膜が破れて細胞を破壊してしまうことも。 カレントクランプ:電流固定法。電流を固定して、電位を測る。 細胞外記録(エクストラ):ほぼスパイク(イントラの記録の活動電位だけフィルタされた電位記録)だけの記録。電極と細胞との位置関係、その他もろもろの複雑な細胞外液の状況に依存した記録になるのでスパイクのタイミングだけをデータとすることが多い。また、近くに複数の細胞があれば複数のスパイクが混じるので一つの電極に複数のユニットが混じるのでスパイク・ソーティングする必要がある。一方、イントラではシナプス活動と同時に活動電位も記録できる。が、細胞の刺さる場所が軸索だとスパイクしか見えない。ザリガニでは樹状突起の肥厚部が主なシナプス統合部でここに刺さればシナプス活動が見える。 パッチ電極をつかったパッチクランプ イオンチャネル ルシファーイエロー 下村脩 … Researchat.fm ep112を参照 下村脩先生がクラゲを採っていた様子 … 家族とクラゲを採っていた下村先生。写真に映っているお子様の一人は伝説のハッカーTsutomu Shimomuraさんである。 下村先生のクラゲ漁の伝説 … “海岸で朝6時から夜まで毎日、家族総出でクラゲを取り続け、17年間で85万匹も捕獲し分析。ごく微量しか含まれないGFPが光る仕組みを突き止めた。” コマンドニューロン: ザリガニコマンドニューロンのレビュー “Fifty years of a command neuron: the neurobiology of escape behavior in the crayfish” アメフラシの水管刺激によるエラの引き込み反射 光遺伝学 神経軸索:シナプス活動によって生じる活動電位は、脊椎動物の運動ニューロンでは軸索の起始部で生じる。ここは活動電位を発生するための電位依存型イオンチャネルがたくさんあって閾値が低い。脊椎動物の細胞ではシナプスからこの部位までに細胞体が介在する。一方、ザリガニなど節足動物では細胞体はこの流れから離れたところにあってシナプス統合に関与しない。よって、統合部位として肥厚した樹状突起に電極を狙って刺入してシナプス統合作用を調べることになる。シナプス統合、つまり神経計算の結果発生した活動電位は軸索を伝導する。 下行性ニューロン:脳内に細胞体と樹状突起をもっていて脳を出て胸部へと軸索を伸ばしていく。 腹髄、囲食道縦連合:梯子型神経系の腹側を通る縦連合を腹髄という。囲食道縦連合は、食道を囲んでいる縦連合。左右をつなぐ連合を横連合という。 神経計算の実体:アナログ的な神経膜電位活動の記録について、 田渕さん並木さんの比較生理2019「神経回路の自発活動パターンとその機能的役割」に詳細にまとめられています キイロショウジョウバエ:いわゆるモデル生物のひとつ。 コネクトーム HHMI Janelia デンドライトdendrite: 樹状突起のこと。 ウチダザリガニ … ウチダザリガニと染色体の話は記念すべきResearchat.fm ep1で話しています。Researchat.fmはウチダザリガニと共に始まったと言っても過言ではない。 氷冷麻酔: 昆虫ではCO2が(も?)よく使われる印象がある (maz) クチクラ:外骨格表面 おおらかな指導:先生ははじめから10年かけてもいいとは思われてはいなかった、はず。 identifiable neuron、 identified neuron 同定(可能)ニューロン: Scholapediaに期待したらまだ書かれておらず「どなたかご存命の方に書いて欲しい」というようなことが。別の個体から得られたニューロンどうしであっても生理学的、形態学的に似ていて同一視できるニューロン。運動ニューロンだと筋肉との関係で厳密な意味で同定ニューロンになる。介在ニューロン、とくに中枢のニューロンになってくると生理と形態の情報の再現性の問題で同一視しづらくなる。なお、同定ニューロンであっても個体間変異が生じる。 Leland H. Hartwell … 出芽酵母を用いた細胞周期に関する研究により、2001年度のノーベル生理学・医学賞を受賞 Leland Hartwellの動画 … 観察から細胞周期に関する因子を同定していく様の解説。 Leland Hartwellの動画 … インタビューワーはResearchat.fm ep107で紹介したBungo Akiyoshiさんの指導教官であるSue Biggins先生。 仮説生成型 vs 仮説検証型: Researchat.fm ep127のHARKingも参照。 Strong inference の翻訳 … めちゃくちゃいいので必読!kagayaさんご紹介ありがとうございます。今度これについて話したいです。(tadasu) Ronald Hoy 柳田敏雄 研究をすすめる「よりどころ」、inflection point(変曲点): mazの脳内では横軸が時間、縦軸が成果みたいなものとして、最初はあまり成果が伸びないが途中からぐいっと上に曲がるような曲線が想像されていた【maz】 ポール・グレアム: 本人の公式ページ・英語版ウィキペディア Y Combinator ハッカーと画家 … オーム社による和書あり。 早すぎる最適化:これは Donald Knuth 博士による記述 早すぎる最適化 … ANRIの江原ニーナさんによるハッカーと画家と早すぎる最適化に関する記事 (関係ないですが、江原ニーナさんのポッドキャスト、復活希望です。) Researchatのポールグレアム回 (ep87) スケールしないことをしよう … FoundXの馬田さんによる解説記事 naoya_tさんによるポール・グレアムの日本語翻訳記事まとめ Coffee machine: いわゆる「コーヒーメーカー」だが英語版ウィキペディア記事では冒頭文(定義文)で “A coffeemaker, coffee maker, or coffee machine” と並列されており英語では同義語のようだ。 雲のツイート 自由意志:「で、ザリガニに自由意志はあるの?」ってPaul Katz氏に聞かれたのが思い出されます。 ヒトであれば内省、内観を言葉で伝えることができるが(リベットの実験)、そうでない動物では行動や生理現象を分析するにとどまる。 運動準備電位: Kornhuber & Deecke, 1965 コンフォーカル:共焦点走査型顕微鏡 ブラックホールの観測: Researchat.fm ep8でも話していました。  スーパーカミオカンデとニュートリノの検出 スーパーカミオカンデとニュートリノの検出 重力波の初検出 シャコパンチ 冨菜雄介さん … (関係ないですが、researchmapのIDがlobsterなのいかつすぎますね) シーラ・パテック:シャコパンチはじめ、生物と物理の境界を研究されている。kagayaのシャコパンチ研究のメンター。シーラのTED Talk The Patek Lab キャビテーション はてブ:はてなブックマーク Comparative Biomechanics:「比較」は多様な生物種を対象とするニュアンスがある。 SICB: Society for Integrative and Comparative Biology というアメリカの学会。毎年1月に年会があり 2011 Annual Meetingで Kagaya と maz はニアミスしていた。非ヒトのバイオメカニクス研究発表の場としてはこの SICB とヨーロッパの SEB (Society for Experimental Biology) が代表的と思われる【maz】 リザバー計算 (reservoir computing) 中嶋浩平さん Kohei Nakajima 京大の白眉プロジェクト シャコパンチ論文 リカレントニューラルネットワーク:回帰的神経回路網 RNN。典型的なRNNとしてはランダムにそれぞれが結合した echo state network (後述)がある。スパイクニューラルネット型もある。 Herbert Jaeger リードアウト:リザバー計算の典型的設定のパラメータチューニングはこの線形読み出し器部分だけなので学習にかかる計算コストがとても小さい。 echo state neural network:シンプルなPC上での Echo State Network (ESN) による計算の例 spiking neural network たこあし、シリコンたこあし計算機:中嶋さんの royal society interface に掲載された論文のひとつ Wolfgang Maass ブラックボックスを解剖する研究 Echo State Property: “Intuitively, the ESP states that the reservoir will asymptotically wash out any information from initial conditions.” 流体構造連成: ある物体、たとえば布みたいなものに風があたって力(いわゆる揚力や抗力)が生じて、形が変わったとする。そうすると、形が変わったことで揚力や抗力が変わるので、また変形がおきる。この繰り返しで振動的な挙動が生じたりする。このように、流れと物体変形の相互作用現象(問題)を流体構造連成 (fluid-structure interation, FSI) と呼ぶ【maz】 双子渦(カルマン渦?): 円柱などの物体の後方には、流れのスケールで決まる無次元数である Reynolds 数に応じて左右対称な双子渦や左右交互の周期的な渦放出(Kármán 渦列)ができる。このうち双子渦を利用してリザバコンピューティングをしようという発想がある (Goto et al., 2021). なお双子渦ができるのは Reynolds 数が低いときで、つまり { サイズが小さい OR 流れが遅い OR 流体の粘性が高い(ねばねばしてる)} ような状態で、具体的には40程度まで。たとえば直径 2 cm の電線を風が 1 m/s でゆっくりと吹きすぎるような場面ですら Reynolds 数は 1300 程度で、双子渦はできない。興味深いことに、上記論文では双子渦からカルマン渦に遷移する直前の Reynolds 数で最も成績がよいという結果が出ているようだ【maz】 カオス的遍歴, “Chaotic itinerancy as a dynamical basis of hermeneutics in brain and mind” 井上さんの論文: Inoue, K., Nakajima, K., & Kuniyoshi, Y. (2020). Designing spontaneous behavioral switching via chaotic itinerancy. Science advances Unconventional Computing Diagital Computing, “Towards a generalized theory comprising digital, neuromorphic and unconventional computing” 大自由度力学系 E-kagen: 鈴森康一「新学術領域研究「ソフトロボット学」 ルースカップリングとタイトカップリング … 柳田敏雄先生による一分子研究の歴史とその解説 モルフォロジカル・コンピュテーション Kunt Shmidt-Nielsen 下澤先生:下澤楯夫先生Editorial Notes ザリガニ研究は出てから10年以上たってからのもので、あまり外で話す機会がなくなっていたので、今回紹介する機会をいただけて感謝です。シャコパンチを詳しくはまた別の機会に(?)(kagaya) ほぼ聞き役でした。シャコパンチや関連して高速運動・超高速運動の面白さみたいな話はもうちょっとしたかったけど、それやったらたぶんリザバまで行かなかったですね… (maz) kagayaさんとmazさん、お忙しい中、ご出演いただきありがとうございます。全然掘りきれていませんが、また次回よろしくお願いします(シャコとカニの個性!気になる!)。それにしてもkagayaさんのキャリアの変遷は面白すぎて今回お話できて良かったです。リザバーの部分については更なる自身での理解が必要だと思いました。完全版は+40minぐらいあるのですがまたいつか。(tadasu)

  • F1好きなゲストを迎え、2021年にF1で起きたニュースを取り上げ、F1という競技の面白さや複雑さ、国際情勢とスポーツの関係などについて話しました。Show notes 研エンの仲 - A podcast on Anchor … “「研エンの仲」は、神経科学の研究者 Ayaka (@kayautoka) とソフトウェアエンジニア Ryohei (@fushimir)の2人によるPodcastです。科学やエンジニアリング、日常の話題についても話しています” 93. Language Is Not Required … Researchat.fmのF1回をsohが一人で話しているエピソード。 128. Let’s start a science podcast … Researchat.fmと研エンとのコラボ回 130. SOMEBODY TO LOVE … Researchat.fmと研エンとのコラボ回 Radio port F … F1のレギュレーションを読むポッドキャスト番組 国際モータースポーツ諸規則 FIA REGULATIONS … ここから100ページ以上に及ぶF1のレギュレーションを読むことができます(英語) 2021 F1 ABU DHABI GRAND PRIX - REPORT TO THE WORLD MOTOR SPORT COUNCIL - 19 MARCH 2022 … アブダビGPの問題について、何が起こり何が問題だったのか、様々な解決策などが記されている。これが2022のシーズンに実装されることになった。 Race Highlights - 2021 Abu Dhabi Grand Prix (YouTube) … アブダビGP2021年のハイライト動画。 Verstappen Wins Title With Final Lap Overtake! - 2021 Abu Dhabi Grand Prix (YouTube) … MaxとLewisのセーフティーカー明けの伝説的なラップ…このような終末になるとは誰も予想できなかった。 Formula 1: Drive to Survive - Netflix Official Site … ネットフリックスによるF1のドキュメンタリーシリーズ Verstappen & Hamilton Clash at Monza - 2021 Italian Grand Prix (YouTube) … モンツァで起きてしまったMaxとLewisのクラッシュ。優勝を争う二人はシーズンを通して激烈なバトルを繰り広げた。 グラウンド・エフェクト・カー (Wikipedia) Haas part ways with Nikita Mazepin ‘with immediate effect’ (formula1.com) F1 announces termination of Russian GP contract ウラルカリ (Wikipedia) … ロシアの肥料メーカーであり、ハースのメインスポンサーでもあり、そして社長の息子のニキーマゼピンはハースのF1ドライバーだった。 Haas Automation Inc Mathematicians Protest Russia Hosting Major Conference (Scientific American) The future of research collaborations involving Russia (CAREER NEWS, Nature) Formula 1 launches #WeRaceAsOne initiative to fight challenges of COVID-19 and global inequality サウジアラビアにおける女性の人権 (Wikipedia) Sebastian Vettel organised women-only kart race in Saudi Arabia The Hamilton Commission into improving representation of Black people in UK motorsport 22 Yuki Tsunoda … アルファタウリで活躍する日本人ドライバーEditorial notes 2022年のシーズンはすでに開幕し、去年とは勢力図も大きく変わり、面白くなってきましたね (soh) 出演できて嬉しいです。このepを機にtamaki さんtadasu さんもF1にハマってくれたりしないかな〜と期待しています。(nami) Instagramではボッタスだけをフォローしています。ほっこりする近況がたくさん流れてきておすすめです (ryohei) 出演させていただきありがとうございました!シーズン開幕戦直前の期待と不安がつまった収録で、現時点までのレースでもすでに語りたいことが多すぎます笑 (ayaka)

  • あんかけの餡が食べていると分解されてしまう問題、北米のスーパー事情、クルマで国境を超える簡単さ、おすすめの雑誌やマンガを紹介しました。Shownotes TVer かりそめ天国 月曜から夜ふかし (Wikipedia) アミラーゼ (Wikipedia) フールナイト フールナイト 白雷の騎士 男子高校生の日常 BRUTAS マガジンハウス BRUTAS 危険な読書 (Amazon) dancyu 餃子の王道 (Amazon) … 巻頭で紹介されている沼津の中央亭が今でも世界最強だとおもっています。本当にあの餃子を最初に食べた時は衝撃だった。(by tadasu) POPEYE 集英社 すばる 早稲田文学 講談社 群像 … 日本にいたころsohは群像や新潮を毎月のように買って読んでいた… SFマガジン (Wikipedia) Number あの人のノートが見たい … ノートフェチにとっては本当に最高だった。Researchat.fm のノート回も一緒にどうぞ。 将棋世界 日本将棋連盟 kotoba 生命とは何か (Amazon) …Torsten Wieselの良い研究は「対」によって行われるとか、今の研究は星を繋いで星座を作るようなもの、みたいな批判やPaul Nurseの「良い研究者はいくつかの問いを投げ掛ければすぐにわかる」みたいな念能力者の言葉みたいなのがすごいよかった笑 (by tadasu) エルフェンリート (Amazon) なるたる (Amazon) のりりん (Amazon) ぼくらの (Amazon)Editorial notes みなさんはあんかけで困っていますか?(soh) あんかけがびしゃびしゃになる人がいるの本当に目からウロコです。アスパラガス尿なみにびっくり。(tadasu) 俺のアミラーゼ力が足りないというのか…?(coela)