Episodit
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健康診断、３年めのタックスリターン、グリーンカード取得、万年筆と競技ペン回しについて雑談。文献紹介は、RNAで認識部位をプログラム可能なリコンビナーゼ、プローブのPhotoswitchingによるアーティファクト、軸索ミトコンドリアはATPを消費する、のプレプリント (3/10収録)
Show Notes (番組HP):
たち：白子 (英語メニューだとSoft Roeって書いてあってFish Spermじゃないんだな、と思うなど) コメント募集！のGoogle Form Querie.me 3年めのJ1ポスドクのタックスリターン IRSのExemption 記述その１ vs 記述その２ SPRINTAX ReturnsとCalculus 税金計算ソフトのチャットボット間違えまくり、の記事 7000ドル追加徴税の回 日米租税条約第２０条廃止について：1,2年めも米国源泉所得がある場合は徴税対象っぽい？ JHUがまとめたフェローシップリスト NIHグラントのEligibility USCIS: 米国市民権・移民業務局のこと Jetstreamの芯が国際規格に ６年前でした 宮脇が使っているLAMY の万年筆 Faber‐CastellのE-Motion all black 萩原さんが想定していたLAMYの万年筆 (サファリ) ゲルト・ミュラーがデザインしたBraun sixtant SM 31とLAMY 2000 ペン回しの技一覧 さらさら系のJetstream対抗馬はゼブラのサラサでした。 ぺんてるのシャープレット クリップを取り外せるのはシャープレット"2"でした。文献紹介パート
一報目：Bridge RNAs direct modular and programmable recombination of target and donor DNA Arc Institute Patrick Hsu Silvana Konermann 西増先生 マイクロスケール熱泳動 Evo 二報目：Comment on ‘Accumbens cholinergic interneurons dynamically promote dopamine release and enable motivation’ Nicolas Tritsch Mohebi et al のAccumbens cholinergic interneurons dynamically promote dopamine release and enable motivation Frenemy Bernardo Sabatini とTritschのb2b nature Dana et al.,のjRCaMP1a, bとjRGECO1a Fig2-Supple3,4がPhoto-switchingのFig Erratum (出版社側のミスの訂正)というよりはCorrigendum(著者側のミスの訂正)でした SchultzのRPE メンデル捏造？に関する議論のまとめ 赤色dLight Mohebi & Berke のNature論文 Azcorra et al., Awatramani と Dombeckの論文 内田さんの論文 最近Stephan Lammelが出したNature Neuroの論文 一人で訂正これでこれを訂正したと思っていましたが、 自己訂正というよりかは、StuberとDAT-Cre vs Th-Cre でやり合っていた感じでした Voltage IndicatorのPhotoswitch IRを一緒に当てると褪色が遅くなる Kaede CAMPARI X-CAMP R RCaMP3 Nature Methodsに掲載 (3/21) 初代mScarlet Kaesarのドパミン軸索でのaction potential initiation by Cholinergic input Stephanie Cragg 三報目：Most axonal mitochondria in cortical pyramidal neurons lack mitochondrial DNA and consume ATP 平林先生 Bio-stationさんのポッドキャスト Franck Polleuxラボ 田尾さんのミトコンドリア局在と軸索分岐の論文 もう一報出てたやつ：Polleuxラボからでした 本来のScanning Ion Conductance Microscopy SypHer iATPSnFREditorial Notes:
ボストン唯一の万年筆専門店がつい最近閉業したらしい。惜しい (脇) 引越し全部自分でやったので結構大変でしたが無事終わりました。まだ新居全然片付いてないですが、広くなって嬉しいです。万年筆を眼球に..はジョジョ3部ですが誰にも伝わってなさそう(萩) -
北京脳科学研究所の大久保達夫さんゲスト回。工学部からシステム神経科学に進んだきっかけ、FeeラボPhD時代、WilsonラボPD時代、現在のデータ解析を中心とした働き方の狙い、専門の分業に関するディスカッション、等 (12/30 収録)
Show Notes (完全版):
大久保さん個人HP 吉良さん@Chris Harvey Lab 計数工学科 Michael Fee lab FeeラボでのNature論文 の日本語版解説 FeeラボでのNeuron論文 の日本語版解説 Rachel Wilson lab Neuron論文 Pattern RecognitionとMachine Learning (PRML) パターン認識の教科書の表紙 Parallel Distributed Processing (PDP): 並列分散処理で認知機能を説明しようとする1980年代に流行ったUCSDを中心とする認知科学のグループ。 Paul Churchland の本The Engine of Reason, the Seat of the Soul Patricia Churchland Mark Churchland Anne Churchland Terrence Sejnowski The Computational Brain Dmitriy AronovのScience論文（HVC破壊してもSubsongは残る） COSYNE Temperatureのやつ 鳥の歌生成に関わる脳領域、RA、HVC、LMAN の関連など Jesse GoldbergのDopamineがPerformance errorをコードしている論文 親の歌を聴かせなかった時のHVCのシーケンス活動 Galen達がミニスコープを作ってカルシウムイメージングを始める Genetic Dissectionのレビュー論文 2008 Andreas Luthiと David Anderson のb2b 2010 ハエはニューロンが個体を越えてIdentifiable: 仕事としては逃避を司るgiant fiber interneuronというのが古くから知られていて一番有名ですが、このニューロンは巨大なので例外で、ほとんどのタイプはsplit-Gal4のラインが整備されて以降（ここ10年）解析できるようなってきました。以下の仕事が代表的な例として挙げられます。 麻生さんのキノコ体の神経解剖、光遺伝学の仕事 並木さんの下降性ニューロンの仕事 実際split-Gal4作りがうまくいくと（２つのGal4ラインのうまい組み合わせが見つかると）、麻生さんの論文のFig. 2のように左右に一つずつあるニューロンが綺麗に取れてきます。一旦split-Gal4ラインができてしまえば、GFPを発現させてパッチしたり、オプトで活動を操作したりと、単一ニューロンレベルで解析できるのが良いところです。もちろん一つのセルタイプに複数のニューロンがあることもあるので、その場合は同じセルタイプ内では区別はできませんが（大久保） ちなみにこのビデオがhemibrainというEMのデータから再構築されたニューロンのギャラリーで、一個のcell typeに名前がついていて、ユニークな形をしているのが分かりやすいと思います。このユニークな形のおかげで、EMのデータとsplit-Gal4を作る際に撮った光学顕微鏡のデータのマッチングは非常にうまくいっていて、同じニューロンを両方のデータで見つけられます（大久保） 髭さんのキノコ体の電気生理の仕事 並木さんの下降性ニューロンの仕事 ハエのConnectome論文 Central Brain Whole Brain 大学院生がやった行動実験の仕事（嗅覚と風を検知する機械受容覚にコンフリクトがあった場合、機械受容覚に従う） Vivek Jarayaman の仕事 ハエDual Patch, 隣の大学院生がやった運動に関するニューロンのdual patchの仕事 ハエのTriple Patch: このWilson研の大学院生の仕事のFig. 4ではシナプス結合している３つのニューロンからのin vivo同時記録という超絶技巧あり！ Janeliaがハエのラインをリリースした（Split-Gal4） 風間さん Wade Regehr Bernardo Sabatini Chris Harvey Michael Greenberg 北京脳科学研究所の組織図 メンフクロウの音源定位のレビュー この頃のScientific Americanは分野の第一人者が平易な文と分かりやすい図でレビューを書いており、素晴らしいです。 鳥と哺乳類で音源定位の神経回路は似ているか？ 小西正一先生のobituary Matt Wilson Josh (Siegle) CIBRでのPI公募 The Transmitterの神経科学における専業に関するオピニオン記事 Jakob Voigts Open Ephys DeepLabCut (DLC) Advanced Technology Team Image Analysis Collaboratory @ HMS Institutional Knowledge Instrumentation Core @ HMS 北京脳科学研究所のInstrumentation Core AquiNeuro Cyril Herry Fixstars OpenScope Jérôme Lecoq Mark Schinitzer 異なる個体においてもニューロンの集団活動のダイナミクスが似ている Segment Anything (Zero-shotで画像のセグメンテーションを行うモデルの例） DeeperCutEditorial Notes
この度は貴重な機会を頂き、有難うございました！過去のNeuroRadioのゲストの方の中には一緒に語り合った仲間も多く、こういった形で近況アップデートできて良かったです。自分は、様々なタイプの科学者のちょっとした出来事に垣間見られる「現場でのプロフェッショナリズム」に大きく影響を受けてきました。そういった学会発表や論文からはなかなか見ることのできない科学者の人物像に関するエピソードを盛り込むようにしましたが、少しでも雰囲気が伝われば幸いです。後半の神経科学におけるコラボレーションの議論では、Allen InstituteやWyss Instituteでの様子も聞けて、色々と参考になりました。 (大久保) 自分もなるべく生データに近い所で働きたいです。新しい研究所で新しいキャリアの在り方を作るのは大変そうですがハマれば理想的ですね (宮脇) 生理実験がまあまあ得意、というのに要所要所で支えられてきましたが、実験はできるだけ早く引退したい…(とはいえ解析だけで生きていけるほど解析能力が高くないのであった) (萩原) -
Puuttuva jakso?
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新年のんびり雑談回。去年の振り返りと今年の抱負、おたより回は実現可能なのか。後半は2023年お気に入りアルバム10選、お気に入りYouTubeチャンネル5選。(1/11収録)
Show Notes (番組HP):
震災関連の寄付窓口まとめ 最近のエピソード 〇〇を救いたい NeuroRadioへのお便りフォーム Querie Tips 研エンさん の、おたよりフォーム Overleaf DiscoverabilityとEnforceabilityについて言及した記事 Science Advancesにのったやつ について扱ったNeuroRadio回 ニコラス就職 K99/R00 去年の年始回2023年宮脇お気に入りアルバム 10選
Favorite Album 2023まとめツイート Sufjan StevensのJavelin Illinois Apple Music Spotify Call Me By Your Nameで使われてた歌 ギランバレーになった 10: Deena Abdelwahed - Flagranti (EP) Flirt Heba Kadry YMOのAbsolute Ego Dance Jbal Rrsas 9: Ricardo Dias Gomes - Muito Sol Menos Joao Gilberto Stan Getz Nara Leao 8: Laurel Halo – Atlas Apple Music Spotify Late Night Drive Hyperdub Lucy Railton James Underwood Ryoji Ikeda Alva Noto 7: Headache - The Head Hurts but the Heart Knows the Truth Bucket Listener Vegyn Frank OceanのBlonde Blonded Radio PLZ Make It Ruins 6: Model/Actriz – Dogsbody Amaranth Steve AlbiniのBig Black Rapeman Shellac Arca 5: Sanam - Aykathani Malakon Bell CAN Faust 4: Ali Sethi & Nicolas Jaar – Intiha Muddat Nicolas JaarのTelas Apple Music Spotify Ziggy Stardust Apple Music Spotify 3: Goat - Joy in Fear プロモ映像 Kraftwerk Man-Machine Apple Music Spotify Weired Fishes / Arpeggi boomkat KakuhanのMetal Zone Apple Music Spotify 2: Titanic – Vidrio Anonima Mabe Frattiの作品 ラジオのように Life Without Buildings 1: Bendick Giske – Bendick Giske AppleMusic Spotify Rush Beatrice Dillon Steve ReichのIt’s gonna Rain Pharaoh Sanders Albert Ayler その後につづいたシングル 曲も良いですが “See on both sides like Chanel” が秀逸すぎてハマりました Dissect podcastのBlondeに関するシリーズ2023年萩原おすすめYouTube 5選
1: パワーチューブ おすすめ動画: 2023年最新！ベンチプレスの【基本】はこれで分かる！日本王者解説！ 牛山選手 SBD が主宰するシェフィールド 2: Jeff Nipperd おすすめ動画：How To Train Like A Minimalist (More Gains In Less Time) Broscience Progressive Overload 今古賀翔 走ることについて語るときに僕の語ること 3: 散財小説ドリキン おすすめ動画：「本日最終日！ゼンハイザー e935 vs e945 vs Shure MV7 仁義なきサイドバイサイド比較」第2086話 おしりが洗えるシャワー を取り上げたNR回 U87Ai, SM7B, Beta58A, EarPods Rebuild.fmどりきんさん回まとめ 4: ReHacQ−リハック− おすすめ動画：【最先端！快眠の科学】Google賞金4.5億！天才睡眠学者が登場【常識覆す研究】 日経テレ東大学 菅前総理回 国民民主党の党首回 新NISA回 山崎元氏による新NISA解説 5: 小倉知巳のイタリアンプロ養成講座 おすすめ動画：ミシュラン1つ星イタリアン店の「スパゲティ・カルボナーラ」【#イタリアンプロ養成講座 vol.8】 Regalo 落合務のパーフェクトレシピ 戸羽シェフのチャンネルに首つっこんだ回 ステッカー試作品Editorial Notes:
今回からマイクがYetiからSM7Bになりました (脇) 2024年はとりあえずZAZEN BOYSの12年ぶりの新譜を座禅して待機しています。そういえば向井秀徳がスティーブ・アルビニみたいな音像にしたくてデイブ・フリッドマンをエンジニアにしたとか言ってた (萩) -
有識者会議、Seattle Hub for SynBio、マイク談義、理論系とのコラボについて雑談。論文紹介は、性周期に依存した報酬予測誤差シグナルの違い、Cas9 RNPそのものを細胞内に導入する手法、マウス用VRゴーグル、細胞種特異的なmiRNAをbulkのRNA seqで読む手法、ヒトからラットへの恐怖伝達、など (12/10 収録)
Show Notes (番組HP):
雑談パート
グローバル・スタートアップ・キャンパス構想に関する有識者会議 齋藤さんNR回 1 2 使った発表資料(pdf) Nature Biotech のChurchラボに関する記事 (pdf) ヴィースのHow We Work ヴィースのしくみに関する記事 Business Development人材のリスト Allen +UW+CZIのSeattle Hub for Synthetic Biology Jay Shendure David Baker Rui Costa 浜崎さん 林さん 浜崎さんの歴史的な仕事 コンデンサマイク vs ダイナミックマイク Blue Yeti Brooks Brothers破産 今年のBlack Fridayはそんなに良くない？：10月からの割引が結構あったという話らしい？ Shure MV7 Shure SM58 Shure Beta 87A イアンの回 昔の北沢さん回 MOTU M2 Shure SM7B (Geforce RTX) 3090 Neumann U87 Ai U47 Frank OceanがBlondeのレコーディングで使用 Jeremiah Cohen UWのEric Shea-Brown 豊泉さん Stefan Mihalas MindScope終了 Shaul Druckmann 最後の方の稲垣さんの仕事 Sandro Romani M3 Pro Max論文紹介パート
論文１：Estrogenic control of reward prediction errors and reinforcement learning Christine Constantinopleラボ Randy Brunoラボ Brunoラボ時代の仕事 Thalamo-cortical Axonのターゲットlayerは皮質によって異なる (モダリティではなく一次/二次感覚野の違いでした 脇) Bruno、ポスドク時代の超絶技巧 Larkumラボ の上だけ止めるmanipulation：たとえばコレのBaclofen局所投与 Brodyラボ Brodyの所で出した論文 1 2 塩野七生 ローマ人の物語 コンスタンティノープルの陥落 中島さんのCellの仕事 さやかさん回 1 2 3 4 タスクの詳細が載ったNature Communicationsの仕事 Silvia Arber optogenetic activation assesses what a neuron can do, but not what a neuron does do さやかさんの論文 AllenのABC Atlas GPCRのInternalizationによる不活性化 DATのアンタゴニストGBR 12909 柳下さんの一連の仕事 – Slice: 1; Behavior:2 George Augustine Erwin Neher 細胞内カルシウムのモデリングの仕事 論文２：Engineering self-deliverable ribonucleoproteins for genome editing in the brain Doudnaラボ SV40 NLSをつけるとそのまま入る、の論文 Cell Penetrating Peptide に関するレビュー 筆頭著者が同時に出していたLNPによる投与のプレプリント Broadの人達がやっているデリバリー 1 2 3 論文３： Full field-of-view virtual reality goggles for mice Daniel Dombeck David Tank ２光子顕微鏡の下でマウスを走らせたNeuron論文 (2007) 海馬での応用が2010 NN Chris Harveyの仕事 Moserとかがオーサーに入ってる、VR使用時の注意点ディスカッション Zemax 論文４：Mime-seq 2.0: a method to sequence microRNAs from specific mouse cell types Loisa Cochella Mime seqその１ in Nat Meth miRNAによるAstrocyte以外でのTransgene分解 glycolRNA Cell 2021 Bertozzi 筆頭著者のRyan Flynn 続報プレプリント Bertozziは元々糖鎖合成の化学者でした 論文５：Rats respond to aversive emotional arousal of human handlers with the activation of the basolateral and central amygdala ハンドラーの性によって行動が変わる、の論文 ラット、かくれんぼする ラット、くすぐられて笑う Brecht Contributed Submissionがなくなった? ->嘘でした、まだあります。Editorial Notes:
マイク沼、CPU/GPU沼、対物レンズ沼は奥が深そうで怖い (脇) 昔はひたすらマーガレットおばさんのシャツとニットを着てましたが、体がデカくなって着れなくなったので全部捨てて、以降ほぼ全部ユニクロ(か山系)です(萩) -
University College London/Sainsbury Wellcome Centre 博士課程の黒田澄哉さん(@_sumiyakuroda)、中野誠大さん(@_mnakano)がゲスト。UCL/SWCでのPhDコース、Tom (& Tim) ラボでの仕事の様子、PhDアプリケーション時の話、ロンドン生活について伺いました (11/10収録)
Show Notes (番組HP):
中野さん 黒田さん Optical BiologyのPhDプログラム SWCのPhDプログラム Tom Mrsic-Flogelラボ Tim Behrensラボ 1 2 Lucy (Rotten Tomatoes) 黒田さんがラマンをやっていたところ USMLE 水島研 大木研 Elective Clerkship（エレクラ）体験談いろいろ Matteo Carandini Kenneth Harris Cortex lab Isaac Bianco Florian Engert Andreas Shaefer クリック研究所のNeuroscience King’s College London Jeffrey Erlich Carlos Brody Athena Akrami LabVIEW Bpod (中身はただのTeensy的なマイコン) PyBpod (全然メンテされてなくて微妙) Bonsai Harp Gonçalo Guioma Allen が引き抜いたBruno Cruz の論文とか Ivan Voitov Ivana Orsolic et al., 2021 Neuron Teensy (Arduinoの.inoスケッチで動くマイコン。CPUがArduinoに較べて謎に強力) Aruduino Maxime Rio IBL IBLのHarpによるBehavior control Champalimaud (IBLの出資元) SLM (Spatial Light Modulator) 解説 Michael Häusser Adam Packer 2015 Deisserothが使っているAll Optical Physiology用顕微鏡 Thomas Akam Mohamadyによるプレプリント Timが最初にやったNose Pokeの仕事 Cambridge Probes GPCRのInhibition PdCO 2p SLMでのGtACRを使ったinhibitionは一応あるがまだbiologyには繋がっていない 服部さんのpaAIP使った仕事 古館さん回 1 2 Sonja Hofer SWCの顕微鏡チーム Troy Margrie Rob Campbell Bruno Pichler の会社INSS COSYS のDaleさん Tiago Branco SWCのウイルスのコア SNTN (Systems and Theoretical Neuroscience) 20/21年版 Marcus Stephenson-Jones Tom Otis Angus Silver KennethのNeuroinformaticsコースClass Page Ken Harris のnonsense correlation イメージングとTranscriptomeの対応 Yoh Isogaiラボ (現Allen) Gatsy Computational Neuroscience Unit Peter Latham Maneesh Sahani John O’Keefe Tiago のSynaptic Threshold Goal/Subgoal SC Georg Keller Karl Lashley (タスクが難しすぎる&マルチモーダル過ぎたのが敗因と解釈されることが多い) Rainer Friedrich 元々DTIをやっていた Mark Walton Tolman-Eichenbaum Machineの論文 James Whittington 金森さん 2011年のHo Ko論文 Ho Ko lab Andy Murray lab デスク含め全てが波打っている SpareRoomEditorial Notes:
LUCY観た人いたら連絡してください笑（中野） Georg推し人間みたいな感じになってしまいました（黒田） ２人とも今すぐポッドキャストのホストできそうな感じで面白かったです（脇） 新海は言の葉の庭(を含む)以前派です。黒田さんがPAWorks推しと認識してるのですがShirobakoの話するの忘れました（萩） -
UF Scripps服部亮磨さん (@ryhattori, gmail) がゲスト。PIとしてフロリダで働き始めた様子、OFCメタ強化学習論文の紹介、今後の展開・手術ロボット談義など（11/10 収録）
Show Notes (番組HP)
服部ラボHP 服部さん過去NR回 最近のMetaRL論文 DEA：麻薬取締局のこと(Breaking Badのハンクが働いてるところ) 服部ラボ求人広告 Florida Atlantic University のHonor college（FAUの成績優秀者が通うキャンパス）がUF Scrippsの隣にある U-HAUL 大手引っ越し業者 U-box 2P-RAM Diesel2p First Author の Che-Hang Yu INSS Bruno Pichler COSYS Spencer Smith さん達の会社 フロリダの魚 数回落ちてる過去出演者 SFARIのエリジビリティ 小宮山先生 最初のCell Ken Harrisの nonsense correlation PatchWarp 論文 Community Review (今はMulti-Journal Submission) Heliyon 確認したらHeliyonはCommunity Review / Multi-Journal Submissionの対象外でした。 by 服部 Cell Reportsシリーズ：一応Cell Reports（生物学的発見）でカバーされない分野の論文のためのジャーナルらしい。Physical ScienceとかSustainabilityとか「細胞」関係ないやんって思いますが by 服部 これより前のNeuron論文 Matthew Botvinickが提唱したMeta-reinforcement learning UC バークレーのグループによるもの A2C Jeremiah Cohen Yasuda先生のラボ が開発したpaAIP2 サットン本 Deisseroth のOFC論文 StuberのOFC論文 JeremiahのNeuron論文 (Bari et al) JeremiahのbioRxiv論文 SfNのDeisserothラボ左右Foraging David Sussilo D-labのRetrosplenial論文 NeuroSarの手術ロボット RWDの手術ロボット Mackenzie Mathis フロリダ大学のスパコン NVIDIA A100 GPUが1,120枚入っているのでAIのトレーニングに便利です by 服部Editorial Notes:
また呼んでいただきありがとうございました。後半のサイエンス部分は近い分野以外の人からしたらワケワカランかもですが、マニア向けということで・・・。ポスドク希望の方はメールでお問い合わせください！(服部) 手術ロボットの最適化、ある意味で強化学習の強化学習って感じがします (脇) 僕は爬虫類やや苦手です(萩) -
Lake Conferenceレポート、DJ Clubなどについて雑談。論文紹介は、intrabodyベースの順行性モノシナプティックトレーサ、CSとUSが離れた味覚嫌悪条件づけの神経基盤、授乳期の骨形成を担うホルモンの発見、ライティング時の注意に関するエッセイ (10/14収録)
Show Notes (番組HP):
Lake Conferences トゥーンでの開催 ASCONA Pico Caroni Silvia Arber Rainer Friedrich 元ボス ゲオルグ Rui Costa DeepLabCutのMathis Brain Behavior Observatory (BBO) IBL Enhancer-AAV その１ その２ その３ 千歳さん 第一回論文紹介 SfNでの発表 トーラスの発達含め他のポスター群も面白そう 脇 エントライナルを潰しても場所細胞は残る by ロイトゲブ・ロイトゲブ ムシモルじゃなくてNMDA lesionでした 萩 エントライナルのグリッドの形成が場所細胞の形成より遅い Leutgebのレビュー NR(Nucleus Reuniens)からの場所情報コード acuteでのdisruptionはリマッピングにしか影響なさそう 脇 Ilana Witten AndreasラボのCTA論文 Zimmermanさん Scott Sternson Yuki Oka Zachary Knight 一番搾りの写真 五十嵐さん 吉良さん Hide Inagaki氏 Rajesh Raoさん Predictive Codingの伝説的なNN論文 古館さん回 1 2 Arisの論文 2012 Neuronはゲオルグ筆頭のやつでした… 脇 DJ Club 新築の建物 Dissect Podcast In Rainbows High and Dry 実際の歌詞は don't leave me high/dry なのですが、なんか通じましたね笑 -確かに！ Don’t let me downのルーフトップコンサート Let it beセッションの収録だがGet backのB面 SpotifyでPodcastの中に音楽埋め込みができる Spotifyのドキュメンタリードラマ 戦場ポスドク氏回 Ofer Yizher のTwitterで外人ポスドクがEvacuateしている様子 Harvardが声明文出すの遅くて抗議されていた論文紹介パート
論文１：ATLAS: A rationally designed anterograde transsynaptic tracer Don Arnoldラボ AAV1 YFV-17D NeuroRadioで扱った回 Intrabodyとは 10th Fibronection Type 3 mRNAディスプレイ(in vitro virus)の根本先生による日本語解説 FingR論文 使われているAnti-Creの抗体 AAV2-rgのトロピズム、これのTable S2 論文２：A neural mechanism for learning from delayed postingestive feedback Richard Palmiter Parabrachial CGRP がCTAに効いてるというNeuronの仕事 慈恵の渡部さん の仕事 Hailan Huの2報 1 2 (と言ってたら10/18に続報がまたNに) リチウムはこれとHailan Huが混乱してた感じが 萩 ジョセリンのexcitability-based allocation selection 同じ路線の質問応答をマークのポスドクとイラーナがtw上でやってた。cAMPはありそう。萩 Mark Andermann MarkAndermannの興味が(Sリバレスとのコラボで)そちらに向いてた 遅れて反応するVTA細胞もいるというZachKnightの仕事 論文３：Brain-Derived CCN3 Is An Osteoanabolic Hormone That Sustains Bone in Lactating Females Ingrahamラボ Amrosiラボ Ingrahamラボの前報 冬眠っぽい表現型が出るセルタイプ 宮道先生 のグループによるARC Kiss1の閉経後ダイナミクス 苅郷さん 論文４：Point of View: Beware ‘persuasive communication devices’ when writing and reading scientific articles 日本の時にやってた仕事 Orchestrateしてるかは怪しい仕事 RabiesのSci Adv論文、supplementary notes Natureのアブストの書き方指南 この前の北沢さん回Editorial Notes:
風邪治りたてで喉がダメでした…すみません。15 Stepって一発録りだったんですね（脇） 爆発音ビビりました。銃声より全然デカかった。記念に残してます。(萩) -
定期ゲスト北沢さん (@kitazawa_taro) のデンマーク・DANDRITE生活１年目の振り返り、ラボ立ち上げ・プロジェクトの経過、Fosの発現メカニズムに関するJC、など (10/1 収録)
Show Notes (番組HP):
北沢さんラボ 北沢さん過去エピソード 1 2 3 神経科学学会2023 FMIでの仕事 新潟の脳研 とのシンポジウムで帰った時の写真 DANDRITE 竹内さん 米原さん 三國さん 佐藤大祐さん 蚊のラボ(熱帯医学講座) Sadegh Nabavi 最近のスイスの滞在許可の言語要件 北沢ラボ研究テーマ：vivoのmemory formationを最新ゲノミクスで+ゲノミクスの最新技術を作ろう スナップショットを越えようとする例。その１ その２ その３ その４ Erin Schuman Chao Sun Chao Sun 論文、シナプスシングルタンパク質イメージング Brain Prize 2023 Michael Greenberg Erin Schumanの歴史 Npas4は両方やってそう これですか？ Arcもやってそう: vivoではArcは一度上がったらずっと上がっているかも Bito先生あたりで一度言われていた Thomas Kim Seth Blackshaw Sageghが出してた Frontier Molecular Brain BioRxivに出ている OptoでLTPのnature Fens-Kavli scholars FKNEのコミュニティサービス業務の一つ:PhD awardにギリで落とされた萩原 Denis Jabaudon Johannes Gaeff Guillermina López-Bendito Flavio Donato Tomas Ryan 収録後に実際にボルドーのFens-Kavliカンファに参加して、Keynoteで来ていたSheena Josselynともちょっと仲良くなりました！ FENS (Federation of European Neuroscience Societies) ボルドーニューロキャンパス ボルドーの高橋さん Julien Julienの2022Science Cyril Herry Filippo Rijli Nikolas Karalis ParisBrainInstitute オーサーシップの複雑なScienceAdvances論文 Breathingの仕事ジャーナルクラブ: Neuronal FOS reports synchronized activity of presynaptic neurons
前回のJCで読んだGreenberg Harveryの仕事 のNR回 Thomas Oertner DRGをモデルにつかった古典の例 あと、これとか 2013年の最初のTRAP論文 カルシウムから転写までのシグナルに触れたレビュー。その１ その２ TTX存在下でのHigh Kによる転写制御のGreenbergランドマーク的論文 その１ その２ 収録中Fig4でのロジックをどうしても解読できてなかったのですが、収録後になんとなくわかりました。活動・カルシムの下流のシグナルを阻害してもFosが変化しないので活動が自律的にFosを誘導していないという風な文脈なんですね。ただ、阻害されたシグナルが活動特異的なものでは特になく、しかも活動の下流を全部つぶしたわけではない(CamKとか)ので、データだけフラットにみると有名なシグナルをcherry pickにいくつか阻害したけど結論が出ませんでした的な感じの印象が強くなってしまいました。活動だけで特異的に駆動されるシグナル (のモジュール) とかがあると助かるんですけどね。。。 (北沢) Gi-DREADDの作用機序は結構複雑:Rothのこのreviewがわかりやすくまとまってる リリースを阻害するテタヌストキシン軽鎖 (TeNT Light Chain) Francesco Ferraguti Fred Gageのところで作られたDGとCA1をFACSで分けるプロトコル Kaz Tanaka / Tom McHughの仕事が引かれていない DavidのGeorgの海馬の方 (4年くらいbRに放置) DavidとGeorgのV1の方 (reviewを経て謎の新興ジャーナルに) 北沢さんらがミスったbioRxivの引用 (3人目以降のオーサーが落ちるのが共通?) Bito先生がDeisserothと昔やった仕事 Richard Tsien CREB周りは、0.1Hzでのリン酸化CREBの免染をしてくれるだけでだいぶ理解が深まるのになーということをコメントしようと思っていて忘れていました。MAPKやCamKシグナルに関しても同様なのですが。北沢 CREB屋さん、JosselynEditorial Notes:
文献検討を加えたことでだいぶ中身ができましたねー。Fens-Kavliネットのハイライトはシーナジョセリンとの初邂逅でしたが、実は彼女は僕がDANDRITEポジションに応募した時のプロポーザルを外部レビューしていて、僕の方向性はしっかり把握していたことが発覚。ERCのプロポーザルはヨハネスグラフに回っていたし、基本的に情報は漏れまくる覚悟が必要ですね！(北沢) BTSPの刺激プロトコルより長いタイムスケールの人工的な刺激でこういうことが起こるの面白いですね。ところでSanta CruzポリクローナルのFos抗体って一回ディスコンになったはずですけど復活したんですかね…？Fig. 5,6 でSynaptic Systemsの異なるFos抗体２種類を使ってるのも若干気になります (脇) 北沢娘から2人称「あなた！」で呼ばれてたのを思い出して懐かしい気持ちに。多分”You”の直訳なんだと思う。Fosの抗体に関してはディスコン直前に買い込んでたらしい。で、使い切ってSySyのrat?に切り替えたとの談。僕は253に切り替えたけどそちらもディスコンだろうか...(萩) -
Washington University in St. Louis でそれぞれ独立PIになる井上昌俊さん（@feynman1104）と井上清香さん（@s_k_inoue）がゲスト。最新ジョブハント事情、パートナーとのジョブハント、WashUでの研究プランなど（9/5 収録）
Show Notes (番組HP):
ジョブハント編
アメリカでPIになる: 井上さんによる就活日記。これを開きつつ聴くのを推奨 井上さんNR過去出演回 1 2 3 尾藤研 Deisseroth lab（D-lab） 昌俊さん過去の仕事 森憲作先生 Nirao Shah lab 清香さん過去の仕事 WashU, Radiology, Biophotonics Research Center WashU, Psychiatry Rent vs Buy 苅郷さん（NR出演回は上述の過去出演回３） 加藤さん のNR出演回 ChRmine論文 R1大学 全米大学協会 言い忘れてましたが、主にMSTPプログラムがあるところに応募しました オススメ日本の就活YouTubeビデオ：コレやアレ (注)あくまでも息抜きに見てください。 オススメ英語の話し方YouTubeビデオ：この方のチャンネルは、アメリカでのキャリアディベロップメントに役立つスキルが沢山学べます。(清) 2nd authorになってるやつ HarvardでAffirmative actionが違法に StanfordのDEI関連ポスドクコミュニティ NeuroMatch Academy Stanfordで教育の活動、BioBuds：自分の研究について1コマ喋ることができる、シラバスにも載っているプログラムがあります。(清) Bay area近辺の小学校に行っていた活動：SiE Stanford, 中学校でやるやつの募集：Stanford Brain Day Talia Lerner Taliaのtips 内規、例えばコレとかソレとかアレ。WashUのSchool of Arts and Sciences WashUのNeuroscience Community 新しく作られるNeuroscience Building ステロイドホルモンが神経回路にどう影響するか、どう薬に応用するか？ Active Researchはこちら ”中西部サボテン”の回 (誤った認識に基づいた偏見です、本当にすみません… 脇 ネタとして楽しんでます…清) WashU 日本人Alumni: セントルイス・ワシントン大学の教員 廣川先生 早石修先生 追悼インタビュー 岡崎令治先生 岡崎フラグメント 1 2 Arthur Kornberg新ラボ宣伝編
WashU RadiologyでPET scannerが開発された (昌、追記) WashUはPET開発が盛ん ChRmine, ratでtranscranial stimulation Photoacoustic imaging, 脳への応用は例えばこれ Shapiro lab マウスの更年期障害モデル 井上さんがやっている摘出系 宮道先生が最近出された年齢を重ねるにつれてARC kissのActivity dynamicsが変化する、の仕事 Ageに伴いEstrous cycleがAcyclicになっていく(Fig2)。この1つのFigだけでも仕事量がすごい。(清) FDA approved 産後うつ治療薬 Zuranolone (SAGE-217/BIIB125) WashUのInternal Funding これでも一部なのです！(清) Photoacousticのコアの装置 装置開発しているラボ＠biomedical engineering Wash U のNeuroscience Retreat Unitedの上級クレカ 追記（昌）、Green card holderなら、Priority passとGlobal entryペアがベストではと思います。 モンサント シグマアルドリッチ セントルイスの水運と発展の歴史 WashU 1853年創立 Weee!（まささんreferral） セントルイスの治安、エリア別 北側と東側が街全体の犯罪率を釣りあげている セントルイスは住みやすい 2010年とやや古い資料ですが、羊土社のWashU在籍日本人ポスドクへのアンケート バドワイザー セントルイスピザ 彼を知り己を知れば百戦殆からず：Future PI SlackJob Applications 2022-2023 North America only NeuroJobsEditorial Notes:
自分のを改めて聞きましたら、緊張のせいか（？）あまりにも淡々とした生真面目なトーンすぎて、これではPrescreeningインタビューでの通過が怪しい感じが…。次回以降も呼ばれるようにYoutubeを見て話術を鍛えなおします。(昌) NRのお二人は本当に良いコンビで、またまた楽しくお話しさせて頂き、ありがとうございました 。Faculty jobを得るまでには、本当に多くの方々よりアドバイスやサポートを頂きました。心から感謝するとともに、自分も恩送りをしたいと思っています。お気軽にご相談ください。またS Inoueラボは絶賛ラボメンバー募集中です！興味がありましたら、こちらもお気軽にご連絡ください。(清) ワシントンが偉人すぎて地理的感覚が…ちなみにマサチューセッツ州にもワシントンがあります。初期ゲストが伏線回収していく姿を収録できて感激です、ありがとうございました！またよろしくお願いします。 (脇) UWはユーワシュじゃなくてユーダブです、紛らわしい。ちなみにDEIの話とかしてるのにケビン・スペーシーはどうなのよ...という感じですが、American Beauty派です (萩) -
UF Scripps Institute で独立する服部亮磨さん(@ryhattori, gmail)がゲスト。Harvard MCBでのPhD生活、UCSDでのポスドク生活と研究内容の概説、ジョブハントの話、独立後の研究方針、ブリッジンググラント情報など（8/27 収録）
Show Notes (番組HP):
服部さんGoogle Scholar UF Scripps Institute Neuroscience Department HP Takao Hensch lab Takaki Komiyama lab FビザのOPT 坂野仁先生インタビュー 中島さんNR回 Venkatesh Murthy Catherine Dulac Nadine Gogolla Armenise: ハーバード医学校の神経科学のラボが多く入ってる 森下さん Tania Barkat bioRxivになっているCross Modality その１ その２ Uchida先生 Daniel Polley Adam Kepecs 牧野さん のNN論文 Simon Chen のNN論文 2017 Nature Communications, Eun Jung Hwang et al 最初に出しているInhibitory Neuronに関するレビュー論文 小宮山ラボでのCell 2019論文 牧野さんが最後の方にやってた課題 Schnitzer研のCrystal Skull 服部さんの手術法論文 ガラスを曲げていない分、ガラス窓はSchnitzer研のものより小さいです by 服部 サットン本 基礎は本で勉強（例１、２、３、４） PatchWarp論文 牧野さんのNRインタビュー 小宮山ラボでのNeuron 2022論文 Harris, Steinmetz, Stringer, Pachitariuらの分散論文1、2 Anne Churchlandの分散論文 Meta-learning論文：in press の OFC論文のこと 2019年のBari et al. Jeremiah Cohen dPCAを使った論文 bonsai Dale則 AutismのCareer Transition Award (Simons Foundation) J1 Waiver: J1 VISA2年戻らないといけない義務を免除する手続き （日本人の場合、J-1ステータス中に海外学振等のgovernment由来の助成金を受給した人が対象） San Diego のスクリプス研究所 UFによる＄100でのフロリダキャンパス買収 UFの病院組織の関連施設という位置づけでの合併なので、UFのメディカルスクール等の傘下に入ったわけではなく、研究所としては変わらず独立して運営されています by 服部 スクリプスのPhDプログラムの詳細 フロリダ大学のAI研究・教育への取り組み強化に関する記事 Stefan Leutgeb 佐々木先生 MPFI Fitzpatrick UCSDのスクリプス海洋研究所 パッチ: Patch-foragingと呼ばれる、よりethologicalなexplore/exploitation課題のこと Cindy Poo Chris Harvey 吉良さん Carlos Brody David Tank ヒヨコによる数認識 ミツバチ等の虫による数認識 サル・カラスによる数認識 Unity 人気のゲーム開発エンジンの一つ（使用例） UnityはAIベンチマークによく使われる ScrippsのStipend リンク先には2023年度のStipendレートがのっていますが、2024年度は収録内で言及したレートにする方向で調整中らしいです（まだ確定ではないと思いますが）by 服部 Warren AlpertのAward Warren Alpert, 服部さんのページ SimonsのAutism （補足：リンク先では給料が７０ｋになっていますが、２０２３年度からは８５ｋです。応募資格や募集領域は、各財団で年度ごとに変更される可能性があります。応募を考えている方は最新の情報を各財団のHPで確認してください。 by 服部） SimonsのSystems Neuroscience, Computation Neuroscience SimonsのAging, Plasticity Burrough wellcome fund (ヨーロッパの財団かも？って言ってたのは、ばっちりアメリカの財団でした by 服部) Branco Weiss Fellowship (これはブリッジングというよりはPDでも独立後でもどっちもいけるタイプ 萩)Ediitorial Notes:
長い時間インタビューしていただきありがとうございました！大学院時代とポスドク時代を振り返る、良い機会になりました。大学院やポスドクでの留学、アメリカでのジョブハント等を考えている方々の参考になれば幸いです。フロリダでのラボメンバーも大募集中なので、興味のある方はできるだけ早めにメールでコンタクトをとってくれると嬉しいです！ポスドク募集の詳細はこことかここを参照してください。フロリダは日本の沖縄みたいな気候・環境でディズニー等も近いので、私生活も結構楽しめると思います。僕は生き物が好きなので、面接中に研究所内のヤシの木にグリーンイグアナがへばり付いているのを見て感動しました。（服部） チャールズリバーにかかる橋を自転車で渡るのは爽快で気に入ってます（ただし夏に限る）。冬はケンブリッジキャンパスとメディカルキャンパスを繋ぐシャトルバスが出ていて便利、大学のIDが無いと使えませんが (宮脇) そのまま東大に残って生物・神経系に進んでいたら服部さんと同期だったようです。僕も理1ドイ語クラスで毎日ビブってましたが、(根が真面目な訳ではなく)7:3くらいで再受験用の受験勉強していたので人生の暗黒期でした。(萩原) -
古館昌平さん(@ShoheiFurutachi, e-mail) ゲスト回、サイエンスメインの後編。感覚予測誤差タスク時のV1 L2/3活動とVIP＋LP (Pulvinar) 入力の協調的な影響を調べた最新プレプリントについてのディスカッション、今後の展望など（9/2 収録）Show Notes (番組HP):
予測誤差タスク時のV1神経回路活動に関する最新プレプリント SWCのブログ記事 予測符号化に関するKellerとMrsic-Flogelのレビュー Kellerのnn 2016 Tian et al. Tirin Moore Robert Wurtz LatencyによるAttentionがかかる議論の具体例1 (by Wurtz) と例2 (by Desimone) Floris de Lange はPrediction-ErrorはHigherだって言っている Alex Attinger Lisa Giocomo Uchida lab Kim et al., Cell 2020 Sensory Prediction Errorの際のReceptive field を見る（ArisじゃなくてPowelでした） Oddball 課題 Marinaのタスクでもオフレスポンスを見ていた (Cortical top-downはL1aとb両方でした by 古) Randy Bruno の仕事 あとBurkhalterのL1 inputsのsegregation論文もありますね。(古) Alison Barth の仕事 Carl Petersen の仕事 Rabiesの仕事 SST44, Chris Harveyのヤツ Nuno Macarico da Costa AllenのEM, VIPは一部のSOMにしかいってない Scanzianiのスライスのデータ（Inhibition of inhibition, nn） Marina Garrett の論文がNatureに送られた Crick Institute OxfordのDPAG (Department of Physiology, Anatomy & Genetics) Bob Datta ロブションのマッシュポテトのレシピ Distributed decision making Neuroscience Needs Network Science (Pan-)Expansion Microscopyを上手く使えば？ R. Clay Reid Ilana Witten 藤島さんの回 齋藤さんめっちゃ活躍してる 五十嵐さんのNR回 1 2&3 4Editorial notes:
NRをお聴きの方々にとって有益な情報を盛り込めた気は全くしませんが、収録はとにかく楽しかったです。こいつなんか楽しそうにやってんなーぐらいに思っていただければ本望です。(古) 予測誤差シグナル研究中に予想とは異なるデータが観測されるの、目の前の研究が自分の脳の理解に直接つながる感じがして楽しそうです (脇) しょーへー氏的にはダークナイトなんだろうけど僕はメメントとインセプション派。まあトランセンデンス以外は全部好き。まだオッペンハイマー観れてない...のでImaxがすくのを待ってます (萩) -
Sainsbury Wellcome Centreの古館昌平さん(@ShoheiFurutachi, e-mail) ゲスト回、雑談メインの前編。留学時に分野を大きく変えた動機とそれに伴う苦労、PI（TomとSonja）のスタイル、SWCの雰囲気やロンドン生活について伺いました（9/2 収録）
Show Notes (番組HP):
古館さん Prediction-Errorに関する最新プレプリント Tomラボ Sonjaラボ バイオステーションポッドキャスト 続編 (先にこちらから聴くことを推奨) Jan Gründemann 長谷川さん Thalamusやってる Rippleとか David Foster的な Tim Behrens的な Loren Frank的な Sam Gershman Matthew Botvinick Kim Stachenfeld の仕事 Nelson Spruston Mesoscope (2P-RAM)でとった仕事 動画 NeuroPixels 2.0 の 4-shank Grosmark + Losonczy 対側でLFP記録 VRだとPlace Cellが疎になる Ivan Voitov の論文 Hippocampus Book 坂野仁先生インタビュー 「天が己をして何をなさしめんとしているか」にはシビれます (古) AxelがやってるOlfactionのNovelty Coding Georg Keller のPrediction Error (Fiser et al., 2016) MorganeがやってたPulvinar 後藤先生 喜田先生 北沢さん NR回 1 2 3 齋藤さんNR回1 2 米原さん NR回 1 2 YunyunのNature論文 Astorocyteのトレーシングやってた Adil Ho Ko のConnectivity 論文 その１ その２ 金森さん Liqun Luo 宮道さん NR回 中野さん Petr Znamenskiy の論文 (Ivana et al.) Ann Duan Carlos Brody Tiago Branco Yoh Isogai Bernardo Sabatini eLifeのGtACR論文 eOPN3 PdCO eNpHR3.0 JAWS Ed Callaway サグラダファミリア 登さんの回 1 2 Lake Conference Ascona Circuits Meeting Adam Packer 五十嵐さんの回でもあった Marcus Stephenson-Jones Tom MischEditorial Notes:
ライミングを含め色々猛省します! (古) 合同セミナーでの「発表前に靭帯切れてG先生ブチ切れ」というイントロを謎に覚えています（脇） 一度は住んでみたい土地: ロンドン・京都 (萩) -
一時帰国とオフ会、オフィスのデスク削減方法、総合誌に載るマニアックな論文談義。論文紹介は、磁場によるタンパク質の蛍光強度調節、マウスの眼優位性カラム？、新タイプの近赤外Caセンサー、等 (8/27 収録)
Show Notes (番組HP):
オフ会：#NeuroRadioオフ会 検査のspecificityと言ってしまってますが、陽性的中率が正しい Hoteling desk HHKB 白/無刻印 Grubhub: ウーバーイーツみたいなもの マイナスのチップ AwatramaniとDombeckのドパミンサブタイプ論文 in NN のプレプリント版を読んだNR回 Sabatini (弟) のN Nicolas TritschのN論文紹介パート
その１：Magnetic control of GFP-like fluorescent proteins Calico Maria Ingaramo Andrew York リボフラビン、FAD、FMN FlavinTag 鳥の磁場感知 by ErCRY4 磁場感知のラジカル仮説 Magnetogenetics使えるとか使えないとか Adam Cohenの磁場感受性小分子 Snouty その２：Ocular dominance columns in mouse visual cortex Max Planck Institute for Biological Intelligence, Martinsried, Germany Hübener Bonhoeffer Amiram Grinvald 猫カラムIntrinsic Imaging BonhoefferのPinwheel論文 二光子イメージングでPinwheel 大木先生2006N Mrsic-Flogelの2007 Neuron 2005年の大木先生の仕事 2005年Callosal projection neuron @ Binocular Region に Ocular dominance column?
2015年を言い間違えました 萩 Olavarria Category representationがPFCにある Nature, NN Georg Keller Tobias Rose TwitterアカウントのFree Moving二光子動画 Tara Keck マウスだとLGNで右と左が結構まじっている し、V1でLGNのAxonをimagingするとOD plasticityが見える マウスのレチナの錐体細胞には色選択性があり、局在も違う 400 nmの刺激でバイアスを消せる 萩原の2021年のODを調べた仕事 Callawayがやりだしたシリンドリカルな補正 (MovieS1がわかりやすい) Horton 新世界ザルのOcular Dominanceは個体によってまちまち その３：A modular chemigenetic calcium indicator enables in vivo functional imaging with near infrared light Eric Schreiterラボ トリプトファンでJF dyeをクエンチするハロタグ変異体 光誘起電子移動による蛍光プローブの設計（PDF） jGCaMP8論文 iGECI論文 iGlucoSnFr論文 GPCRベースのアセチルコリンセンサーがそのままFLIMイメージングに使える IR-FPが光るためにはBiliverdinがいる Voltageセンサー、Voltronとか CaMPARIEditorial Notes:
PETによるイメージング、学部で習ってたっぽいですね。N先生すみません！ (脇) 日本の夏は白桃が最高でした。体重はもう戻りました。(萩) -
登達也さん(@nobolly, @tnobo_ktcs)ゲスト回、後編。Cell-type談義、あったら嬉しいツール談義、Assistant Features エディター経験、ジョブハント、新しく開くラボについて。(6/22収録)
Show Notes (番組HP):
青葉市子 その１ その２ その３ その４ ユザーンとのコラボ コーネリアスと坂本慎太郎とのコラボ ユザーンと環ROYと鎮座ドープネスのコラボ STUTS w/ 松たか子 PUMPEE Cell Typeについて議論したNR中島さん回 ドーナツが浮いてるマップ Single Action Potentialをdetectするマウス Medullaのdissection by Jean Legallois その１ その２ pre-Bötzingerの同定 Cell TypeとCell Stateの違い in 植物 例えば細胞周期 葉っぱの表と裏でEpidermisのマーカー遺伝子が違う 隣の所長(Hong-kui Zeng)が書いたレビュー U WashのJay Shendure が書いたCell Type分類やめようのパースペクティブ Jay ShendureがChurch研で出した仕事 その１ その２ その３ その４ Combinatorial indexingのscRNA seq（プレートベース、sci-RNA-seq）その１ その２ その３ リネージトレーシング（ゲシュタルト） Alex Schier (今はBasel Biozentrum所長) のゲシュタルト応用 (ZebraでDevelopmentalな情報も載せたトランスクリプトーム) その1 その2 マウスは無理では、と口走ってますが、それこそJay Shendureがそのうちやってしまいそう... 転写因子が細胞間を移動して根の分化を促す その１ その２ In vivo RNA seq: Live-seq について紹介したリサチャ回 CRISPRを使ってスクラッチパッドに書き込む：DNA typewriter そういうことをやりたいと言っていたPIのNR回 その１ その２ その３ fMRIの再現性問題 GCaMP in 食虫植物, in オジギソウ, in シロイヌナズナ オプトジェネティクス的なことを植物で、のレビュー、ChR2の適用 ナノマテリアルで植物にCRISPR関連マテリアルをデリバリー その１ その２ その３ 登さん as an Assistance Features Editor (AFE) 現在募集中！ 他の雑誌の似たポジション その１ その２ Plant Cell のeditorial board アメリカ植物生理学会 ASPB 登さんが書いたIn Brief 1 2 3 4 5 6 The Sainsbury Laboratory TSL group leaders (過去のグループ) Norwich (ノーリッジ) DANDRITE ERC Advanced K99 New HampshireのGRC 齋藤さん NR回 その１ その２ 最近出したN論文 Researchat.fmの野崎さん 話したTSLシニア研究者 TSLのコアファシリティ 移転します(場所はほぼ変わらない) 隣にある大学, University of East Anglia ケンブリッジの方：Sainsbury Laboratory Cambridge University Sainsbury Wellcome Centre Gatsby FoundationのFocus Areas 一緒にドライブしたヒト 給料上げろというUCSDの運動がうまく行った UWもやってる Precision Breeding, 最近の動向, TSLの記事Editorial Notes:
分野の垣根を越えて色々お話できて楽しかったです。ラボ立ち上げメンバーを募集してるので少しでも興味のある方はぜひご連絡ください！韻は踏めなくても大丈夫です。（登） 鎮座ドープネスから草は繋げられましたね…アラビドプシスじゃなくてカ◯ビス(脇) 次回以降の宮脇ラップに乞うご期待だYo (萩) -
Salk Institute のEckerラボ で宿主-微生物相互作用研究とゲノミクス技術開発を行っており、来年夏からイギリスのThe Sainsbury Laboratoryで独立予定の登達也さん(@nobolly, @tnobo_ktcs)がゲスト。植物を研究対象としたきっかけ、マックスプランクでのPhD3部作、ポスドクでの3部作の解説、近年のSpatial Transcriptomics技術開発トレンドに関するディスカッション。後半に続く (6/22収録)
Show Notes (番組HP):
登さんHP NRのトランスクリプトーム回 EP4 EP5 Eckerラボ オンライントーク その１ その２ その３ (おすすめby登) 津田ラボ（現華中農業大学大学） 津田先生 放射線植物生理学研究室 セシウム蓄積に関する研究 その１ その２ その３ フランス政府の給費留学 留学したフランス原子力庁のラボ Max-Planck Institute for Plant Breeding Research Köln (Cologne) ケルシュ PhD時代の植物-微生物相互作用三部作その１：植物免疫による微生物への影響、RNA版 登さんによる植物の免疫系に関するレビュー その1 その2 IlluminaのRibo-Zero (ディスコン：植物用のものが製造終了) 根腐病 PhD三部作その２：Multi-omics版 PhD三部作その３：異なる微生物への植物の応答と、微生物への影響の違い 野性のシロイヌナズナから単離した微生物のコレクション 植物と動物のマイクロバイオーム 鉄（栄養）を使った免疫 葉っぱは疎 細胞壁 III型分泌装置 植物の共生 EMBOの新米PI用ワークショップ Eckerラボからマウス脳でsingle nucleusメチローム、Science 2017 ポスドク応募時に書いたメールについて 脳メチローム その１ その２その3 その4 その5 他多数 UPennでやったエチレン研究 その１ その２ その３ 他多数 シロイヌナズナ全ゲノム解読論文 植物へのMicroarray シロイヌナズナのT-DNA変異体ライブラリ、Salk Line Eckerキャリアインタビュー（2007年時点） ゲノムワイドなメチル化アッセイ in 植物 In Human ENCODEでのJoeのトーク Ecker in HHMI Ecker in BICCN Ecker in BICAN プロトプラスト Full ProfessorのStudy Salk InstituteでのSymphony ポスドク三部作その１：Seed-to-seed single nucleusatlas ポスドク三部作その２：感染時の植物のMulti-omics + MERFISH ポスドク三部作その３：PHYTOMap Bing Renラボ のBICCN論文 転写物分布だけで細胞のセグメンテーション、先行研究 植物の細胞セグメンテーション vizgen MERSCOPE SeqFISH Long Cai BacteriaをターゲットにしたSeqFISH STARMap Xiao Wang Sten LinnarssonではなくMats Nilssonでした！ HybISS Sequence-by-ligation、例えばこれ Sequence-by-synthesis アムホテリシンB Expansion Microscopy +Spatial Transcriptomicsの仕事 FISSEQ Harvard Fellow NanoString 10x Genomics EASI-FISH Paul Tillberg EEL-FISH 各神経の投射をバーコードで標識してSpatial Transcriptomics Slide-seq Evan Macosko Fei Chen Slide-Tags INSTA-seq Je Lee (現Ultivue) DBiT-seq CUT&Tag 開発したRong Fan 最近の無双 Spatial ATAC-seq, Spatial CUT & Tag, Spatial CITE-seq Pixel-seq Stereo-seq 最近NanoStringを10xが訴えた 登さん新ラボのアナウンスメント from TSL Janelia Fluor Quantum DotEditorial Notes:
これまでの短いキャリアを振り返って、月並みですが人・環境に恵まれていたなと感じさせられました。宮脇さん萩原さんともそのうちリアルでお会いしたいです。ケルシュ飲みいきましょう！（登） 次会えそうな時は感染症に気をつけます！ (脇) そういえばNanoString本社の隣に住んでます (萩) -
ラボマネ・プロマネ事情、クラウドでのデータ管理・解析、マウス/キーボード談義。論文紹介は、AAV搭載可能な最小プロモーター、AAVのBBB通過に関与する受容体の同定、高所恐怖症の回路、嗅内皮質活動の回転対称性の変化、必要十分の不必要性、について (6/25収録)
Show Notes (番組HP):
Jimさん BICCNのNatureの1st AWSのS3 Code Ocean DataJoint Andreas Tolias DeepLabCutのMathisのとこ Data Joint使ってるラボ一覧 Logitech MX Master 3S LogitechのVertical MacのMagic Mouse TrackPad 40%のErgoのキーボード、Cornelius (一体型) Rebuild.fmの人も40% (Atreus) について話した回 セパレートのやつ(Corne) 今使ってる75% Keychron K2 Pro 60%配列、たとえばPolaris Appleの指紋認証キーボード (Magic Keyboard with Touch ID) 青軸、茶軸、赤軸 ８月頭の日本の神経科学会論文紹介パート
論文１：Strong ubiquitous micro-promoters for recombinant adeno-associated viral vectors ITRにもプロモーター活性がある degradationのターゲットになったりする CaMK2aプロモーターの長さによる違い 論文２：Primate-conserved carbonic anhydrase IV and murine-restricted LY6C1 enable blood-brain barrier crossing by engineered viral vectors LY6C1について指向進化したプレプリント from Devermanラボ AAV-F AAV9Pシリーズ 肝臓のdetargetingをEngineeringでやった仕事 (CAPシリーズ) M-CREATE AlphaFold-Multimer APPRAISE-AAVのプレプリント 論文３：A non-image-forming visual circuit mediates the innate fear of heights Sudhof Peng Cao (曹鵬) Looming刺激に対するSC関与の仕事＠Science Tiago Blancoの仕事 １ ２ Bo Liラボのマウス絵 vlPAGがFlight-Freezingに効く ipRGC (Intrinsically Photosensitive Retinal Ganglion Cell) はサーカディアン系に投射を送る、Pupil Sizeのコントロールも、その一部はGAD2+でGABAergic. Ventral LGNはipRGCから入力を受け取っている 論文４：Altered grid-like coding in early blind people developmentalに視覚障害をした場合でも情報量は落ちるが残る場所細胞、HD cell fMRIでグリッドらしき活動が取れる from Niel Burgessラボ 4-fold symmetryが見えた先行研究その１、仕切られた空間の移動 その２、アバターのトレース ヒトにおけるGridモジュールの距離：Nature Neuroで電極刺した仕事 暗くした場合はGridの表象は落ちるがモジュール内の活動相関は残る 論文５：‘Necessary and sufficient’ in biology is not necessarily necessary – confusions and erroneous conclusions resulting from misapplied logic in the field of biology, especially neuroscience Dayu LinラボからのAntagonistic circuits mediating infanticide and maternal care in female miceEditorial Notes:
Dayu Linラボ関係者におかれましてはすんません。内容は全然いいんじゃないでしょうか。読んでないけど。 (萩) 自作ワークステーションに愛着が湧いてクラウドに移行できない (脇) -
Pieribone + Chen の in vivo 膜電位イメージング論文を題材に、遺伝学的膜電位センサー(GEVI)、広視野+高速２光子顕微鏡、U-Netベースのノイズ除去手法について掘り下げました (4/30収録)
Allen Institute for Neural Dynamics の SAC クラカウア―のアンチreductionistペーパー 題材とした論文：High-speed low-light in vivo two-photon voltage imaging of large neuronal populations Vincent Pieribone Jerry Chenラボ
Show Notes (完全版)：GEVIパート
黎明期のプローブ
FlaSh (Siegel and Isacoff 1997) SPARC (Ataka and Pieribone 2002) VSFP1 from Knopfelラボ (Sakai et al.)ただし、黎明期プローブは膜上に移行しづらく使いにくいという問題があり、使いづらかった。
GEVI開発で気を付ける点は以下（St-Pierreによるレビューを参照）
細胞質ではなく膜上にセンサー分子がある局在する必要があるため、センサーのTraffickingが良く無ければいけない 膜状にしか存在できないため、利用可能なセンサー分子の数が少ない。暗いし、SN比の要求が高い 上の問題に付随して、照射強度を強くする必要があるため、褪色が速い 脱分極に対して蛍光が増えるか減るか 二光子励起ができるか2005年に岡村先生が報告したホヤ(Ci)由来の電位依存ホスファターゼ（VSP）の電位感受ドメイン（VSD）は膜移行性が良く、これを用いたプローブが2007年から出てきた。また、2011年にはロドプシンが電位依存的に蛍光を変化させるタンパク質として使えることが報告された。現在では、この２つの電位センシングモチーフが主に使われている。
1. Voltage sensitive phosphataseのVSDを使った系列
1-1: VSDの末端に２つの蛍光タンパク質をつけてFRETするタイプ
VSFP2 Mermaid VSFP-Butterfly 1.2 Mermaid2と2βただしkinetics遅め
1-2: VSDのC末に蛍光タンパク質を入れるタイプ（特にpHluorine改変体）
ArcLight ArcLightメカニズム論文 Marina 正の方向への変化VSDのC末に入れるタイプは、FRETもArcLightもキネティクスが遅い。しかしArcLightについては未だにGEVIの中で一番大きい蛍光強度変化を示す。
1-3: VSDの細胞外ループにcpGFPを挿入するタイプ
ASAP1 from Michael Linラボ, NN 2014。Francois St-Pierreが筆頭。VSDベースでキネティクスが良いモノを作るのが目標。VSDは4回膜貫通型タンパク質であるが、そのHelix３-４間のextracellular loop のうち、A147-T148の間) に円循環変異を施したsfGFP-OPTを入れる。 ASAP2s ASAP2f ASAP3 ASAP4 正の方向への変化 JEDI-2P 二光子でスクリーニング SpikeyGi1&2 今回の論文予備知識：
GFPが光るしくみ：Ser65–Tyr66–Gly67が自己触媒反応（特にArg96とGlu222に依る）を経て蛍光団HBIを形成し、チロシン由来フェノール基が脱プロトン化されると励起可能になる。脱プロトン化に主に関わる残基はHis148, Thr203, Ser205（GFPの構造論文）。 ちなみにGCaMP2では、GFPで言う203番目のthreonine側鎖の方向が本来あるべき位置に近づくこと、His148の代わりにCaMのArg377が水分子を介してHBIと水素結合を形成すること、が発色団の脱プロトン化に重要らしい（GCaMPの構造論文） cpGFP：GFPの円循環変異では、N末・C末をリンカーで繋ぎ、144番目の残基と145番目の残基新しくC末・N末としているものが主流。つまり、GFPのHis148はcpGFPではHis4となる。2. ロドプシン系列
予備知識：
ロドプシンのPhotocycle（神取先生レビュー）：ground state→L→M1→M2→N→Ｏ 電位依存的に光る仕組み：Ｎの時に540 nmの光を受けるとQというstateに代わって、Ｑの時に570 nmの光を受けると強い蛍光を発する。 DTDモチーフ：シッフ塩基からプロトンを受け取る細胞外側のD（ArchだとD95、Ace2だとD81）や、脱プロトン化されたシッフ塩基に細胞内側からプロトンを渡すD（ArchだとD106、Ace2だとD92）を含むモチーフ。2-1: ロドプシンそのものの蛍光を見る
PROPS from Adam Cohen ラボ Arch QuasAr1,2 QuasAr3, paQuasAr3 Archon from Boydenラボ QuasAr6a,bただしロドプシン系は二光子では使えない。
2-2: ロドプシンのC末端に蛍光タンパク質/色素を融合し、ロドプシンとFRET
ロドプシンのC末端に蛍光たんぱく質をつけて励起。電位依存的な構造変化が起こって、蛍光たんぱく質がロドプシンに近づいた時にFRETが起こり、暗くなる。つまりロドプシンが電位センサーかつFRETアクセプターとして働く。ロドプシンより励起に必要なレーザー強度が少なくて済み（1/50~1/100程度）、ロドプシン単体のものほどではないがキネティクスが速い（ASAP系よりも速い）。
Ace2N-mNeon from Schnitzer lab VERNAM 赤 Ace-mNeon2, VERNAM2 pAceとpAceR 上と同じ論文中で。正の方向への変化 Voltron JaneliaのEric Schreiter lab Janelia Fluorの利用 Positron 正の方向への変化おまけ：
第三の原理：hVOS Yuste達がside-by-sideで比較した論文 StayGold顕微鏡パートJerry ChenのCRACK。とそれを読んだNR回。
Elly Nedivi, Peter Soとの共著の仕事。抑制性シナプスのクラスタリングを見たもの。広域顕微鏡開発で使われたTemporal Multiplexing
Jerry Chen, Fabian Voigt, Helmchenの広域顕微鏡 Spencer SmithのTrepan2p
単純な仕組みとはいえ、<10nsの時間解像度でシグナルを処理するFPGAの設計は結構トリッキーらしい(Kaspar談)。
2x4x
Chen, Spencerの広域顕微鏡 SpencerのDiesel2pSpatial MultiplexingはそれこそPeter Soが先駆け
GFPの蛍光が2~3nsなので8nsのtemporal delayではcross-talkないのでは...と言っていますが、これは光子数が1/eになる時間なので、e^3~=20から、ざっくり全蛍光の5~10%くらいは漏れ込んでもおかしくないことになります。Denoisingパート
Self-supervisingの説明を簡略化のためにDeepCADを例に用いて行いましたが、DeepVIDではspatialなinterpolationも行われています。ターゲットにするフレームの10%(この値はハイパーパラメタサーチの結果empiricalに決めている)をblindにしておいて、L2の計算をこのblind pixelsのみに対して行うことで、spatialな情報も利用するようになると考えられます。Shot-noiseはtempora/spatialともに独立なノイズになりますが、signalはspatialにもlocal correlationが高いことが多いので、ノイズだけが主に消えることになると考えられます。
元になったアーキテクチャ・フレームワーク
RonnebergerらによるU-Netと3D-U-Net
U-Netを元にしたノイズ処理の元ネタ: Noise2VoidEditorial Notes:
タンパク質構造予測でドッキングシミュレーションとかまでできるようになってきたみたいですが、構造のデータに基づいて、rationalに、センサーのリンカーはどのくらいの長さでどの配列が良いのか、とか、どこにどういう変異を入れるとどういう性能が上がるか…みたいなのは予測できたりするんでしょうか。Lin Tianのは配列データだけで構造の情報はあんまり使えて無さそうだし。それはさておきQuasAr4,5をご存知の方はこっそり教えてください笑（脇） VoltronシリーズのEricがオプシンベースのやつも2p励起で動くとか最近のオプティカで言ってたらしい。タイトルはBando, Yusteのreview、"...in a way a “holy grail” of neuroscience, could be carried out by imaging membrane potential."より。 (萩) -
理研BDR宮道ラボの田坂元一さん aka 戦場ポスドクさんがゲスト。Adiラボ＠ヘブライ大学での仕事の背景、イスラエルでの生活、最新プレプリントのディスカッション (5/8 収録)
Show Notes:
田坂元一さん 最近の子育て学習におけるSMT→OFC→VTA回路の働きを報告したプレプリント 宮道ラボ 戦場ポスドク – エルサレム通信 掲載号 根岸ラボ紹介 Adi Mizrahiラボ コペンハーゲンのFENS 2016 遭遇したテロ Small GTPaseの軸索伸張に対する影響を調べた大学院でのお仕事 Carl Petersen lab KomiyamaさんのNature Paper Georg Keller, Mismatch Neuronの発見 Awakeのin vivo targeted patch clamp recording from Petersenラボ Johannes LetzkusのDisinhibition論文 Patrick Kanold lab (現JHU) 2010 Nat Neuroのb2b, Patrick Kanold と Adi Mizrahi Andrew King Kerry Walker 2011のAdiの所からNeuronに出たPupの匂いを嗅いだらAuditoryのTuningが変わる、の論文(Lior Cohen et al.) Rob Froemkeラボ STDPの仕事 Bianca Jones (Marline) ラボ のFroemkeラボでの仕事 DukeのLarry Katz Obituaryその１ その２ Israel (Eli) Nelken ラボ Mickey Londonラボ Michael Hausserラボ Ami Citri ラボ Robert Malenka Inbal Golshen ラボ Liqun Luoラボ 2013年に出たAdiの仕事 in Liqunラボ 初期のTRAP論文 Howard HughesのCollaborative Grant Karl Deisserothラボ Ed Callawayラボ 2018年のAdiラボでの一発目の仕事 TBのマウス： Cre依存的にCAGプロモータの制御下で発現するtTA(T)とhistone-BFP-myc (B)をH11という遺伝子座に入れたマウス セカンドのCasey (Guenthner, TRAP論文の1st) 2015年のBotond Roska Mayfordのfos-tTA TRE3G元論文 Adiはコカローチでキャリアをスタート Richard Mooney ラボ Yoav Livneh @Weizmann Andermann lab Lindsay Schwartz＠St Jude Laura DeNardo＠UCLA 2020年NeuronのTemporal Association(TeA)論文 2006年とか2007年とか EmoryのRobert LiuとかがPlasticityって言ってた A1がPlasticって言われていた2011年のNeuronは上記のLior Cohen et al. FroemkeにもらったBehaviorデザインの論文はJenniferのものです (by 田坂さん) USVに対してPreferenceを示す論文（菊水さんがコレスポの2007年の論文） A1だとLeftの方がresponsive?の論文 Oxytocin Receptorの染まりが違う@JN イヌとかでも左右差ある リトラクトではなく左右が逆だった 銃弾の痕が残る門 ヘブライ大学キャンパス イスラエルの地理 イスラエル-パレスチナ問題の歴史とか バンクシーの世界一眺めの悪い部屋 迎撃システム（アイアンドーム） Tel Aviv大学 Weizmann Institute 川島さんラボ 乗合タクシー（シェル―ト） 水関先生 NeuroRadio宮道先生回 インスコ（ピクス社のnVista） Patrick KanoldのOFC論文 OFCはReversal Learningに必要 Pup retrievalはホルモンと関連付けられている（上記Bianca Jonesの仕事） Virgin Femaleでも学習することができる from Froemkeラボ(Nature 2021) Rbp4 Creという良いドライバーライン Vijay Namboodiri et al., NN 2019 (Stuberラボ) のmedial OFCのConditioning時の活動変化 Allenのペーパー、Rbp4-creの投射パターン(IT/PT)を見た論文：Tasic et al., Nature 2018 （Extended Fig. 8） 宮脇が想定していた論文（このデータからすると宮脇さんのIT寄りという指摘は正しい気がします。ただしL5そのものがITを多く含んでいそうなので、Rbp4-CreでラベルされるPopulation内のPT・ITの割合はL5をそのまま反映しているのかもしれません。補足させてもらうと、我々はOFCのOutputに着地したかったのでSubcorticalにProjectionしているNeuron群から記録したいという思惑が最初にありました。このTasic et al., Nature, 2018のFig3cでALMのL5 PT cellがSubcorticalに投射している一方で（mPFCではありませんでした、すいません）、L2/3、L6からは投射がなかったので、L5のPTを含むPopulation markerとして手に入りやすかったRbp4-Creを使いました。by 田坂さん） Mini 2p Stephen SeaのNeuronのやつ MD: Mediodorsal Thalamus イアン・シュミットさんの仕事 中島さんの仕事 稲垣さんのペーパー SMTはpainのリレーの箇所 SMTを潰すと逆転学習がしづらい その１ その２ フランスのWolff Johannes Kohlラボ 的なStage Specificトレーシング 宮道ラボでのstage specificなトレーシング Acute vs Chronic の代償機構、例えばGoshen et al. 2019年のKeystone@Allen InstituteEditorial Notes:
久々にお話できて楽しかったです！飛行機が着陸する際に皆で拍手をする謎の風習など、意味不明なイスラエルの風習や事件簿をもっと紹介したかったのですが、あっと言う間に収録が終わってしまいました（笑）。次回また呼んでもらえるよう頑張ります！（田坂） イスラエル、食事が美味しいというのは本当で、連れていってもらったYehuda市場の雑然とした飯屋と、テルアビブのMiznon(いまや国外進出してるらしい)のカリフラワーとピタを食べに再訪したい。(萩原) エピソードが面白すぎて収録中笑い堪えるのに苦労しました笑 イスラエル絶対に一度は行ってみたいですが、やはり単身で乗り込むのは勇気がいる印象。。。学会で行ける機会を伺います（宮脇） -
NYUでResearch Associate, 秋から米国PhDコースの藤島悠貴さん(@yfujishima_) がゲスト。RA応募時のこと、現在行っているSinging Mouseの研究、PhDアプリケーション全敗から２年間のRAを経てオファー大量獲得へと至った経緯、思考プロセス、得たノウハウ等を伺いました (4/5収録)Show Notes:
藤島さんHP PhDアプリケーションについてのブログ記事 by 藤島さん RAアプリケーションのブログ記事 by 藤島さん Michael Longラボ Darcy Kellyラボ NYUのRAプログラム Max Planck FloridaのRAプログラム Kevin Spencer Joseph LeDouxの本, 例えばThe Emotioal Brain GREいらなくね？の記事 Alston’s Singing Mouse (Scotinomys teguina) の解説 Michale Fee ラボ 2019年に出た始めてのSinging Mouse論文 (pdf) UT AustinのSteven Phelps 鳥の歌学習過程における神経シークエンス変化を追った論文 Deer mice の歌についての論文 ダウンスイープで歌う…の動画 表紙になってた 去年の一月に出た、人間の会話メカニズムについての論文 MikeはZebra FinchのMotor Productionに興味がある: Publication listはこちら OMC V5 における歌表象プレプリント (収録の時言葉足らずになってしまいましたが、songの一つ一つのnoteに併せてmodulateされてるunitはほとんどなく(一部あるのはsensory feedbackぽい)、songの長さで調整してみてやるとtrialごとに揃っていることから(それぞれのunitのfiring patternは多様(Fig.4))、noteではなくてsong全体を操っているのではないかということで、そういうmodelingをすると、2019年論文でやったcoolingでの結果も併せてpredictできたよということでした。coolingで脳活動を遅くしてあげると、曲の長さが伸びますが、そのときnoteの長さが伸びるのではなくて、曲の伸びた分より多くのnoteで埋められます by 藤島さん) Arkarup Banerjee lab at CSHL Dmitriy Aronov の 論文 Dmitriy Aronov lab Buzsaki lab DmitriyのCaching論文, 例えばこれ Andreas Bendensky lab Hopi Hoekstra lab Betta Fish の仕事、例えばコレ New York, New York SoP (Statement of Purpose): アプリケーションの時に使うエッセイのこと Bence Ölveczky lab Richard Axel Vikram Gadagkar lab Jesse Goldberg lab Charles Zuker lab Zuckerman Institute Center for Theoretical Neuroscience Larry Abbott Ken Miller Jonathan Pillow lab Alex Willams lab Eve Marder lab Surya Ganguli lab Scott Lindaman lab Margot Elmaleh MargotによるRAシリコンプローブ記録の仕事 Liam Paninski Katherine Nagel lab Eero Simoncelli lab Annegret Falkner lab Dayu Lin lab Illana Witten lab Mala Murphy lab UCLの研究に特化したMaster Course (MRes) Marc Howard COSYNE2023 WES (World Education Services) によるGPA変換 Havard のGPA推移 Dukeによる受かったヒトGPA平均の公開 マーク小西 Obituary Fernando Nottebohm lab Allison Doupe Michael Brainard YusteラボでのDmitriyとJesseのコラボ論文 Neural Mechanism of Acoustic Communication の Gordon Conference Yuki Haba さん Princeton学生によるアプリケーション添削 NYU学生によるアプリケーション添削 XPLANE UJA（海外日本人研究者ネットワーク） の早野さん UJA海外留学支援制度データベース 福留さん XPLANEさんのPhD奨学金リスト Richard (Dick) Tsien lab HarvardのResearch Associateプログラム、PiNBAC Eric Kandel, MD Richard Axel のエピソード（ノーベル賞のbiographical） “I was allowed to graduate medical school early with an M.D. if I promised never to practice medicine on live patients” 安部公房、人間の妊娠期間エピソードの真相（象…？） 砂の女 Torsten Wiesel, MD Thomasさん@Buzsakiラボメンバー African Nile Ratsの生態など TingleyさんによるGlucose Level とHippocampal SPW-Rs論文 Flatiron Institute Bob Datta のツール、例えばコレ NY家探しブログ記事Editorial Notes:
憧れのお二人とお話できるとのことで舞い上がってペラペラと話してしまいました。この数ヶ月間すごい研究者たちと沢山会って自分もすごくなった気がして調子乗ってましたが、夏からはペーペーの1年生ですので、気を改めてエンジョイしつつがんばりたいと思います。NYCに遊びに来られる際はお声がけください。（僕が最初に読んだLeDoux先生の本はAnxiousでした。パニック発作持ちだったので。）（藤島） そういえば、九大医3年生の時に当時神経解剖学教室・小坂研にいた福田孝一先生（現・熊大医）からLeDouxのSynpticSelfを借りパクしたのがAmygdala-fear systemとの出会いでした。去年(10年以上経ってから)お詫びのメールを送ったら「そのまま持ってていいよ」とのことだったので、この場を借りて感謝です。「まずはカンデル本通読して・ニューロルシダで形態トレース、話はそれから」とか言われたのでその後解剖に寄り付かなくなって生理に行ったわけですが...。(萩原) これ学部時代に聴いてたら米国RAに飛び出していたかもな～と思いました（脇） -
納税フラグ回収、同僚とのバックカントリー、Ben Barres自伝、フリーアドレスについて雑談。論文紹介は、学習時の場所表象変化、Disynaptic specificity、ConVERGD、非モデル生物Caイメージング、発達期の心臓の相転移、など (2/25収録)
Show Notes:
AIBSのイメージングディレクター、Jack Waters Kaspar Podgorski iGluSnFr3 カスパーのブログ 滑落はニュースにもなってる 友人の友人が紹介してたブログ記事 １報目：The formation of an expanding memory representation in the hippocampus Adam CohenのところでAll-optical physiology ２報目：Disynaptic specificity of serial information flow for conditioned fear Stuberとか Kay Tyeがやり始めた”projection target specificity”の流れ 萩原さんによるTweetrial MiyamichiさんがLuoラボで立ち上げてたTRIO 2015年(?)のPAG論文 (すんません2016年です) CeAのCRF/SSTのFlight/Freezing論文 (すんません2017年です) David Andersonラボと出したPKC-δ論文 CAR論文 CAVとHSVを混ぜた系。なんか片方だとpreの細胞の場所が偏るとかよくわからないトロピズムがあって混ぜたということらしいです。 Nikolas Karalis 米原さんのGCaMP6sの初出 ３報目：A Novel Single Vector Intersectional AAV Strategy for Interrogating Cellular Diversity and Brain Function AllenによるLCのin vivoキャラクタライゼーションpreprint 波形で２種類あるのは分かっていた ４報目：Cortical activity emerges in region-specific patterns during early brain development in pouch エレポはメソッド論文が先に出ていた ５報目：Functional organization of visual responses in the octopus optic lobe ブタ2P論文 ６報目：A bioelectrical phase transition patterns the first beats of a vertebrate heart イジケビッチ本：Dynamical Systems in Neuroscience (PDF)Editorial Notes:
どうも最近記憶してるreferenceの年が1-2年ズレる。単に歳なのか、paperpileが便利すぎて文献整理に記憶を必要としなくなっているからなのか(萩原) イカ養殖手法開発がBSIディレクター就任に繋がるとは(脇) - Näytä enemmän
