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Virginie Courtier-Orgogozo
Biodiversité et écosystèmes (2022-2023)
Collège de France
Colloque - Integrating Evolutionary Genetics and Ecology : The Genetics of Super-Organismal Adaptation
Yannick Wurm, London, Queen Mary University of London, UK
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Virginie Courtier-Orgogozo
Biodiversité et écosystèmes (2022-2023)
Collège de France
Colloque - Integrating Evolutionary Genetics and Ecology : An Ancestral Balanced Inversion Polymorphism Confers Global Adaptation
Since the pioneering work of Dobzhansky in the 1940s, many chromosomal inversions have been identified but how they contribute to adaptation remains poorly understood. In Drosophila melanogaster, the widespread inversion polymorphism In(3R)P is involved in climate adaptation, exhibiting non-neutral latitudinal clines on multiple continents. Here, I summarize new results suggesting that this chromosomal rearrangement represents a long-term (equilibrium) balanced polymorphism of ancestral African origin and that it harbors alleles that are maintained by balancing selection on several continents. Our findings indicate that In(3R)P spread out of its ancestral subtropical/tropical range and then become latitudinally along similar but independent climatic gradients, always being frequent in subtropical/tropical areas but rare or absent in temperate climates.
Thomas Flatt is Full Professor of Evolutionary Biology and Head of the Department of Biology at the University of Fribourg, Switzerland. Thomas' research interests are the genomic basis of adaptation, population genetics, and the evolution life histories and aging, mainly using Drosophila as a model system. He received his M.Sc. from the University of Basel in 1999 (supervisor: Prof. Stephen Stearns), for work done at the University of Sydney with Prof. Richard Shine, and his Ph.D. from Fribourg in 2004 (supervisor: Prof. Tadeusz Kawecki). Between 2004 and 2008, he was a postdoctoral researcher at Brown University with Prof. Marc Tatar and a visiting postdoc with Prof. Neal Silverman at UMass Medical School, funded by fellowships from the Swiss National Science Foundation (SNSF) and the Roche Research Foundation. Prior to taking up his position in Fribourg in 2017, he was a SNSF Professor in the Department of Ecology and Evolution at Lausanne (2012-17), a Fellow at the Wissenschaftskolleg Berlin (2012), a faculty member of the Vienna Graduate School of Population Genetics and a tenured group leader at the Institute of Population Genetics in Vienna (2009-12). Between 2018 and 2021 he held a DFG Mercator Fellowship and Visiting Professorship at the University of Münster. He has been serving on numerous editorial, advisory and reviewing panels and, with Josefa Gonzalez (Barcelona), co-leads an international consortium of researchers, the European Drosophila Population Genomics Consortium (DrosEU). He currently serves as an elected member of the National Research Council, the scientific body of the Swiss National Science Foundation (SNSF).
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Biodiversité et écosystèmes (2022-2023)
Collège de France
Colloque - Integrating Evolutionary Genetics and Ecology : How Do Genomic Architecture and Ecological Processes Interplay during Evolution? The Example of Chromosomal Inversions in Seaweed Flies
Claire Mérot, université de Rennes, Rennes, France
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Virginie Courtier-Orgogozo
Biodiversité et écosystèmes (2022-2023)
Collège de France
Colloque - Integrating Evolutionary Genetics and Ecology : The Genomic Basis of a Repeatedly Evolving Sexually-Selected Syndrome in Mediterranean Wall Lizards
Traits can only function together if expressed together, but the evolution of such phenotypic integration remains poorly understood. In this talk, I will present our recent work on the evolutionary origin and geographic spread of a sexually selected syndrome in wall lizards. Climatic effects on the strength of sexual selection causes a mosaic of phenotypic variation across the landscape, and promotes asymmetric introgression into a distantly related lineage. The phenotypic integration of color, morphology, and behavior persists throughout a hybrid zone, pointing towards a genetic architecture with a single or few major loci. Analyses of genomic data supports this hypothesis and reveals a single candidate region with striking structural variations. I discuss how this genomic architecture can orchestrate the expression of color, morphology, and behavior, and what it can teach us about the evolution of complex phenotypes.
Nathalie Feiner is currently a researcher at Lund University, Sweden. After completing her PhD on comparative vertebrate genomics at the University of Konstanz, Germany, she conducted postdoctoral research at the University of Oxford, UK, as a Humboldt fellow and at Lund University as a Wennergren fellow. Since 2021, Nathalie Feiner is a group leader at Lund University and pursues research at the intersection of developmental biology, phenomics, genomics and ecology. A major them in her research is the question of how developmental processes shape evolutionary outcomes, and why evolution tends to repeat itself.
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Virginie Courtier-Orgogozo
Biodiversité et écosystèmes (2022-2023)
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Colloque - Integrating Evolutionary Genetics and Ecology : How Do our Garden Birds Adjust to Life in the City? Insights from Evolutionary Ecology
Anne Charmantier, Centre d'écologie fonctionnelle et évolutive, Montpellier, France
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Virginie Courtier-Orgogozo
Biodiversité et écosystèmes (2022-2023)
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Colloque - Integrating Evolutionary Genetics and Ecology : Genomic Basis of Repeated Adaptation Varies with Divergence in Arabidopsis
Repeated evolution tends to be more predictable. The impressive spectrum of recent reports on genomic parallelism, however, revealed that the fraction of the genome that evolves in parallel varies greatly, possibly reflecting different evolutionary scales investigated. Here, we demonstrate divergence-dependent parallelism using a comprehensive genome-wide dataset comprising 12 cases of parallel alpine adaptation and identify decreasing probability of adaptive re-use of genetic variation as the major underlying cause. This finding empirically demonstrates that evolutionary predictability is scale dependent and suggests that availability of preexisting variation drives parallelism within and among populations and species. Altogether, our results inform the ongoing discussion about the (un)predictability of evolution, relevant for applications in pest control, nature conservation, or the evolution of pathogen resistance.
Magdalena Bohutínská
I am interested in understanding the genomic basis of adaptive evolution. I study plant evolution after a dramatic mutation, whole genome duplication, and in challenging high alpine environments. I am especially interested in the mechanisms governing repeatability of adaptation.
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Virginie Courtier-Orgogozo
Biodiversité et écosystèmes (2022-2023)
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Colloque - Integrating Evolutionary Genetics and Ecology : Diversity and Evolution of Visual Systems in Frogs and Toads
Organisms rely on their senses—touch, hearing, vision, smell—to interpret their surroundings to find food, avoid predators, find mates, regulate temperatures, and follow their circadian rhythms. These complex traits are fascinating to study because they are under strong selection and give us a glimpse as to how other organisms experience the world. Frogs are compelling models for investigating the diversity and evolution of sensory systems because they have adapted to live (and sense) in a wide variety of environments, from tropical rainforests to deserts, and underground (fossorial) to tree-dwelling (arboreal). While some species are active during the day, others come out at night. Some frogs are completely aquatic and of course, many frogs have a major transition in their development as they metamorphose from an aquatic tadpole to a terrestrial adult. In this seminar I will share some of our current research combining spectral, morphological and genomic approaches to understand how frog visual systems have evolved in response to different environmental and behavioral contexts.
Rayna Camille Bell received her Ph.D. in Ecology and Evolutionary Biology from Cornell University in 2014, and was awarded a University of California Chancellor's Postdoctoral Fellowship in the Museum of Vertebrate Zoology at the University of California, Berkeley. In 2015, Rayna joined the National Museum of Natural History as Curator of Amphibians and Reptiles where she remains a research associate. In 2019, Rayna moved to the California Academy of Sciences where she is the Assistant Curator of Herpetology. Rayna's research focuses on the ecology and evolution of amphibians and reptiles with an emphasis on island biogeography, hybrid zones, and coloration phenotypes.
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Virginie Courtier-Orgogozo
Biodiversité et écosystèmes (2022-2023)
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Colloque - Integrating Evolutionary Genetics and Ecology : Introduction
Virginie Courtier-Orgogozo, directrice de recherche au CNRS, professeure associée à l'École polytechnique, professeure invitée du Collège de France
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Biodiversité et écosystèmes (2022-2023)
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Penser le vivant autrement
Séminaire - Baptiste Morizot : Quel langage pour penser autrement le vivant ?
Pour parler de ce qu'il faudrait « protéger » dans la « nature », le terme « biodiversité » élaboré en 1983, est devenu hégémonique dans la biologie de la conservation, puis dans les politiques publiques, et enfin dans les médias. En lui-même, c'est un concept intéressant et opératoire, lorsqu'il est appliqué dans les contextes pertinents. Mais lorsque la biodiversité devient le nom hégémonique du monde vivant, et plus un instrument de mesure, le concept bloque les possibilités de pensée et d'action nécessaires pour l'avenir – parce qu'il masque ce que le vivant est vraiment, et qui nous sommes en lui. Quand cette unité de mesure prend la place de ce qui est mesuré, cela transforme le vivant, puissance quotidienne de terraformation qui rend la Terre habitable, nous façonne et nous irrigue de l'intérieur, en liste d'entités apathiques, fragile et en attente de notre gestion toute puissante. Pour changer de projet de société, nous avons besoin de penser le monde vivant comme ce qu'il est vraiment : quelque chose d'actif, d'organisé, de constitutif, de jamais en attente, tramant toujours l'habitabilité de ce monde en nous et hors de nous.
Baptiste Morizot est écrivain et maître de conférences en philosophie à Aix-Marseille Université. Il est l'auteur de nombreux ouvrages, parmi lesquels Les Diplomates. Cohabiter avec les loups sur une autre carte du vivant (Wildproject, 2016), Sur la piste animale (Actes Sud, 2018), Manières d'être vivant (Actes Sud, 2020) et Raviver les braises du vivant. Un front commun (Actes Sud, 2020). Son dernier livre, intitulé L'inexploré, est paru chez Wildproject en avril 2023.
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Biodiversité et écosystèmes (2022-2023)
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Penser le vivant autrement
Séminaire - Anne Atlanr : Protéger la nature ou protéger les animaux ? La gestion des chats à la croisée des éthiques environnementales
La protection de l'environnement et la protection des animaux se rejoignent lorsqu'il s'agit de considérer la faune sauvage indigène, mais entrent en opposition dans la gestion des prédateurs introduits qui constituent une menace pour les espèces locales. L'objectif de protection de la biodiversité, qui implique d'éradiquer ces prédateurs, se heurte alors à l'objectif de défense du bien-être animal, particulièrement lorsqu'il s'agit d'espèces sensibles comme les mammifères. Le chat Felis catus jouit du statut et de la protection d'un animal domestique, mais c'est aussi un redoutable prédateur, qui s'attaque aux oiseaux, petits mammifères et batraciens. Il cumule ainsi un fort potentiel de nuisance pour la biodiversité et un fort attachement affectif de la part de la population. Nous utilisons une approche socio-écologique et juridique pour analyser différents cas de gestions des chats, et illustrer comment les éthiques environnementales permettent d'appréhender l'articulation entre protection de la nature, protection des animaux et acceptabilité sociale.
Anne Atlan a une formation initiale en sciences de l'évolution. Ses thèmes de recherche ont évolué, d'une approche centrée sur la génétique des populations et l'écologie évolutive, vers une approche interdisciplinaire de la biodiversité qui intègre les sciences humaines, principalement la sociologie de l'environnement, mais aussi l'éthique environnementale et la géographie sociale.
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Virginie Courtier-Orgogozo
Biodiversité et écosystèmes (2022-2023)
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Penser le vivant autrement
Dépasser l'approche phylogénétique
Aujourd'hui, les distances phylogénétiques sont souvent utilisées comme un critère objectif universel. Or, dans certains cas, d'autres modes de classification du vivant peuvent être plus judicieux.
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Virginie Courtier-Orgogozo
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Penser le vivant autrement
Séminaire - Vincent Devictor : Variations sur le thème du vivant moribond : appropriation, domination, exploitation
« Cachez-nous ces causes de la crise que nous ne saurions voir ». Je vous propose d'examiner ensemble une autre manière de lire la crise écologique. Non pas en exposant les symptômes que l'écologie scientifique s'efforce de scruter depuis des décennies, mais plutôt en identifiant ce qui structure le rapport social et économique de destruction de la nature contemporain. Nous chercherons à comprendre comment l'appropriation, la domination et l'exploitation de la nature font obstacle à l'émergence d'une pensée écologique et à son incarnation dans des orientations sociales et politiques. Nous proposerons de voir la crise écologique ni comme un grand désastre inéluctable ni comme l'annonce d'une grande réconciliation, mais comme un champ de bataille philosophique et politique.
Vincent Devictor est directeur de recherche au CNRS. Il mène ses recherches sur les causes et les conséquences de l'érosion de la biodiversité. Il étudie plus spécifiquement les manifestations du changement climatique ou de la perturbation des milieux par les activités humaines sur la dynamique des espèces. Il mène depuis dix ans une recherche interdisciplinaire mêlant philosophie des sciences, écologie politique et écologie scientifique sur les raisons profondes de la crise écologique.
Il a écrit deux livres : Nature en crise : Penser la biodiversité (Seuil, 2015) et Gouverner la biodiversité ou comment réussir à échouer (Éditions Quae, 2021).
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Virginie Courtier-Orgogozo
Biodiversité et écosystèmes (2022-2023)
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Penser le vivant autrement
Comment les séquences d'ADN ont modifié notre vision du monde vivant
Le séquençage et la comparaison des séquences d'ADN ont permis de découvrir des phénomènes importants liés au vivant qui étaient restés jusque là cachés à nos sens. Reconstitution des liens de parenté entre espèces, biogéographie, évolution des traits de caractère. Les points chauds génétiques de l'évolution convergente. Hybridations, transferts horizontaux de gènes. Diversité nucléotidique et histoire passée des populations.
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Penser le vivant autrement
Séminaire - Thomas Lenormand : Chance et contingence en évolution
Le débat sur le rôle de la stochasticité est central en biologie de l'évolution, souvent résumé par la question de savoir si l'évolution est prévisible ou répétable. Pourtant cette « répétabilité » ou évolution parallèle a été utilisée comme « preuve » d'affirmations contradictoires : que le darwinisme est erroné (la répétition indique une forme de dessein intelligent), que la sélection est toute puissante (dans la synthèse moderne), que la synthèse moderne est incomplète (évo-devo), que le hasard compte (l'évolution parallèle révèle que la mutation est limitative), ou que le hasard ne compte pas (l'évolution parallèle révèle que l'évolution est répétable). Dans ce séminaire, je reviendrai sur cette question en montrant ce que l'évolution parallèle (ou son absence) nous apprend sur les processus évolutifs. Je distinguerai trois types de stochasticité : la stochasticité des mutations et des variations, des histoires de vie individuelles et des changements environnementaux. Je montrerai ensuite comment la stochasticité peut être importante en l'évolution, en distinguant quatre grandes situations. (1) La stochasticité contribue à la maladaptation ou limite l'adaptation ; (2) elle conduit l'évolution sur des paysages de fitness plats (« liberté » évolutive) ; (3) elle peut favoriser les sauts d'un pic de fitness à un autre (« révolutions » évolutives) ; (4) et elle peut façonner les pressions de sélection elles-mêmes. La stochasticité, en orientant directement l'évolution, est de fait devenue un ingrédient essentiel de la théorie de l'évolution, au-delà des débats classiques de Wright-Fisher ou de celui entre les neutralistes et les sélectionnistes.
Thomas Lenormand est directeur de recherche CNRS au CEFE (Montpellier). Généticien de l'évolution, il allie théorie mathématique, développements statistiques, expériences de laboratoire et travail sur le terrain. Ses travaux traitent d'un large éventail de questions à l'interface de l'évolution, de la génétique et de l'écologie. Il s'intéresse principalement à l'adaptation, à l'évolution des systèmes génétiques (sexe, asex, méiose, recombinaison, chromosomes sexuels), et à l'effet des mutations. Il a été éditeur et éditeur associé de plusieurs journaux de biologie évolutive, lauréat de l'ERC, et Harvard Radcliffe fellow. Il a reçu plusieurs prix, notamment le Dobzhansky Prize de la Society for the Study of Evolution.
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Virginie Courtier-Orgogozo
Biodiversité et écosystèmes (2022-2023)
Collège de France
Penser le vivant autrement
Le rasoir d'Occam ou principe de parcimonie s'applique mal à l'étude du monde vivant
Dans le monde vivant, il existe de nombreuses interactions à tous les niveaux. L'esprit humain est tenté de décomposer en éléments, mais les éléments du vivant sont extrêmement interconnectés. Prendre en compte ces interactions est indispensable pour comprendre le vivant et pour prédire sa dynamique future. Origine des mitochondries et chloroplastes, Wolbachia, holosymbiontes. Réticulation du vivant. Dépendances métaboliques.
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