Episodios
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鹿児島大学の菅野康太さん(@canno696show)がゲスト。マウスのコミュニケーション研究をするに至った経緯、地方国立大での研究や心理学教育、サイエンスコミュニケーション活動について伺いました (10/30収録)
Show Notes (番組HP):
菅野さん 個人HP 学部HP 菅野さんラボHP 奥山氏のNR回 1 2 鹿児島大学 法文学部人文学科 心理学コース 鹿児島大学 人文社会学研究科 公認心理師 アカデミックグルーヴ本 から派生した法人 清水修さんインタビュー SYNAPSE lab 臨床心理士 公認心理師と臨床心理士の違い 東大のサイエンスコミュニケーション副専攻 田尾さん 国立大学の中期計画 3期 4期 文系学部不要論の背景(pdf) 文科省の釈明(pdf) 九大のデジタルヒューマニティズ 半分co-メンター：田川さん 早稲田大学人間科学部 山元大輔先生 Satori遺伝子 山元先生達によるSatori関連の続報 長谷川眞理子先生 長谷川寿一先生 山内 兄人先生 性分化の研究 石浦 章一先生 による一般向けの本いろいろ 菊水先生 星野先生 岡ノ谷先生 苅郷さんの NR回 丸山工作先生 遺伝研の小出先生 高橋阿貴さん 武田先生 博士の頃のDAT研究 1 2 3 音声グルーミング仮説 Robin Dunbar ダンバー数 Nirao Shah ICRだと二匹が同時に鳴く、を明らかにした音源定位USVCAM論文 大隅先生 個性創発脳の新学術 揚妻先生 富山大の松本先生 産総研の橘さん と一緒に書いたUSVSEG論文 DeepLabCut 九工大の柴田さん 苅郷さん論文で引用された Social DefeatはIntruderにICRを使う １ 2 エンハンサーAAVの論文群 1 2 3 4 AAV関連の巨大グラント 学生向けのスクラップボックス 石山さん Brecht の研究 1 2 嫉妬？の鳴き声 動物心理学会 タッチモニタを用いたマウス実験系(pdf) 編集長である後藤さん 九州のアミュプラザ 3710Lab SILASU かごしま文化情報センター(KCIC) メディア芸術祭 山口のYCAM ゲンロンのシラス かごしま環境未来館 くらげのTシャツを着た潮合のインタビュー 担当している講義の一覧 スタンフォード監獄実験 ミルグラムの罰を与える実験 注：これら研究に関しては、結果の解釈に異論があったり、不適切な手続きの疑義があったりと、様々な議論があります。また、近年盛んに議論されている心理学の再現性問題との関連では、以下の文献など。心理学のデータと再現可能性（菅野） マンハッタンで暴動 文系のための生命科学 岡ノ谷先生の書籍 渡辺茂先生 脳神経科学イラストレイテッド 脳科学辞典 ベストティーチャー賞 近藤滋先生が自邸で行った研究 高木正勝 風に色が見えるvery uniqueなTakagiさん (appleのクリエイターインタビュー動画) 高木正勝と竹市先生のイベント 坂井克之先生 高木正勝と坂井先生のトークイベント 東北大の長神さん 情報学環の佐倉先生 toe サイエンスアゴラ -
研究所やプロジェクトの外部アドバイザー達とのオンサイトコミュニケーション、SfNポスター、 K99体験談、LLM課金、電子実験ノート談義など。論文はハエ嗅覚系における結合形成作業の“次元削減”、FlyWireの変化球について。 (10/27収録)
Show Notes (番組HP):
NotebookLM 元ラボのポスドクのTweeprintとNotebookLM のBioRxiv Neural DynamicsのScientific Advisory Council Bernard Sabatini Peter Dayan Lin Tian Yao Chen Mark Anderman Jeremiah Cohen Jeremiah が内田さんのところでやった最後の仕事 に対するPeter Dayanの文章："These data nicely muddy the theoretical waters"とかすごい (萩) Schultz と一緒に仕事してる Theoretical Neuroscience: Computational And Mathematical Modeling of Neural Systems SfNにプレリミナリーなアブスト Nathaniel Daw Illana Witten Fedexでポスター印刷するサービス SfNの特別割引がある(pdf) 元D-labの井上さん 千歳さんラボ PO: プログラムオフィサー K99: Pathway to Independence Kグラント Rutgersが燃えていたツイートの一例 五十嵐さんリターン回 毎月ミーティングやってるK99出そうとしている人向けのグループ：k99-peer-mentoring-group[at]googlegroups.com この前録った古館さん回 スクールによってはOpenAIのChatGPT Eduが無料 Cython Mex MatlabはバージョンのアップデートでForループが速くなった PyQt %##じゃなくて#%%ですね汗 Neurodata Without Borders GitHubをラボノートブックに Benchling ELNの議論 最近のEvernote DP2 DP5 DP5はVISAは大丈夫そう論文パート
論文１：Dimensionality reduction simplifies synaptic partner matching in an olfactory circuit Liqun Luoラボ 種による嗅覚系の違いと共通点に着目したレビュー。違いの原因に関するディスカッションは特に見つからず… (脇) 過去のSema2b発現量操作による軸索の投射経路操作の論文 Toll発現量のグラデ―ションに関する論文 この系で使われている軸索の誘導因子の例、例えばTeneurin マウスのHippocampusの激シブdevelopment論文 この先報：Teneurinのやつ 宮道さんの昔の仕事 論文２：The fly connectome reveals a path to the effectome Jonathan Pillow FlyWire祭り Motor Cortex祭り BICCN祭り 2018年にデータ取得は終わっている Davi Bock (今はThe University of Vermont) Clay ReidのところでV1のEMリコンストラクションをやっていた Editorによる序文 Flagship論文 1 2 Neurotransmitterの推定 なぜかCellに先に出てた MorphologyからCell Typeの推定 構造から機能を推定 Sebastian Seung FlyWireのゲーム EyeWire論文 Anthony Movshon にボコられている動画 Samsungにいった? Mala Murthy のトラッキングの仕事、例えばこれ JaneliaのFly Hemi Brain C Elegansのコネクトーム *2万5千はJaneliaのHemi Brain、今回は140,000. 8000個のCell Type *今回のハエはオスでは無くメス Instrumental Variableの論文 2021年のノーベル経済学賞 0.01%の”Pair”なので、ある細胞に対して他のニューロンが繋がっている確率としてはおよそ1%、と解釈するのが正しそう。 (萩) SVDはMatrixがNbyNかつsymmetric (Wij = Wji)のとき、eigenvector decompositionとSVDは数学的に完全に等価になります。なので要はSVD、という説明は間違ってなさそうです。(萩) Light Fieldでハエ全脳の活動を見る BuzsakiのLog-dynamicl brain Songさんのシナプス強度のLognormal分布 線虫で全細胞をイメージングしながらオプトで操作 普通にNatureでした(萩) DMDM IBL David Rowlandのツイート 1 2Editorial Notes:
NotebookLMがXのことをTwitterって言ってるのちょっとおもしろい (脇)
K99は通ったわけではない(おそらく落ちてリビジョンする)ので、内容に関しては話半分できいておいて下さい。(萩)
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¿Faltan episodios?
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古館さん(@ShoheiFurutachi) in-person収録＠Allen Institute。直近の論文リバイズ中の出来事、最近の興味、ネタ被りに関する様々な考え方、ジョブハントの様子、東大での某失敗談の詳細 (10/13 収録)
Show Notes (番組HP):
古館さん 前回のNeuroRadio古館さん回 Part 1 Part 2 古館さんのNature論文 Illana WittenのCognitive Demand論文 茨城県の県立医療大学 パーキンソン病リハビリにおけるキューの利用 (pdf) Mark Andermann Hypothalamusに変なドーパミンニューロンがいて、性衝動のコントロールが知られている Parkinson病患者にL-DOPAを投与すると性衝動が上がる L-DOPAで幻覚 千歳さん のNR回 河西・柳下ラボ Over-Associationを示唆する論文 Georg Keller 自閉症だと自分をこそばせられる 統合失調でした(萩) 自閉症と統合失調症はスペクトラムの逆側？ Positive Prediction ErrorとNegative Prediction Errorについてのレビュー Oliver Sacks 妻を帽子と間違えた男 五十嵐さん Wellcome Career Development Award Dmitriy Aronov Vijay Namboodiri Moserラボ DMDMの論文 のレビュワーコメント(pdf) Karel Svoboda Steinmetzの仕事 尾藤先生 ASCONA Lake Conference Visual CortexのConnectivity 例えば：1 2 FENS Massimo Scanziani Cyril Herry Letzkus 内田さん 天羽さん SfN 2024 PrincetonのTigerBrain SWCもやってるEmerging Neuroscientists Seminar Series Carlos Brody David Tank Jonathan Pillow Nathaniel Daw Annegret Falkner Tatiana Engel グローバルCOE(pdf) 石川冬木らによるテロメラーゼ遺伝子TLP1のクローニング Krakauer Sherringtonian vs Hopfieldianのレビュー UCL Ophthalmology Carandini Andy Peters Ace Hotel Gilles Laurent MPI Collective Behavior Iain Couzin 100匹くらいの魚とか Median Rapheの仕事 Matt Lovett-Baron Deisseroth Losonczy 魚を始めた 伊藤さん Chris Harvey Noah Pettit Selmaan Chettih Christopher Zimmerman Science Eppendolf Prize Zachary Knight CTAの仕事 について話した回 番組で扱ってたのを忘れていた(萩) 宮道先生 のTRAP(初代) 五十嵐さんのタスク Nelson Spruston のタスク paAIP2 稲垣さん 小宮山ラボ 服部さん（現Scripps） のNN2023 大木研 村上さん 医学部の機能生物学セミナー ドイツの戸田さん 伊丹十三 のエッセイ：この２つのどちらか １ ２ 黒田さん と中野さんのNR回 大木研のLP 林-高木先生 ダルメシアンの図Editorial Notes:
ドッキリ収録含めAllen Institute visit最高に楽しかったです。(古) dmdmのReviewerコメント読んだ。”monumental effort”とかのいいまわしが確かにカレルっぽい(萩) 超まじめな話と笑い話が同じトーンで行われていて面白かったです (脇) -
Broadの齋藤諒さん再登場。真核生物ゲノムにコードされたFanzorがRNAで標的をプログラム可能なエンドヌクレアーゼであることを示した論文、競合、ジョブハント、来年１月から理研で主宰予定のラボ運営方針について伺いました (8/31収録)
Show Notes (番組HP):
齋藤さん過去回 1 2 齋藤ラボ理研ECLページでの紹介 齋藤ラボ公募ページ（研究員・特別研究員） 齋藤ラボ公募ページ（パートタイマー・アルバイト） 理研 和光キャンパス 開拓研究本部 トークしたイベント 濡木先生 西増先生 井上梓先生 古館昌平さんの回 1 2論文パート
Fanzor論文 最近のCell論文 Feng Zhangラボ Cas9ゲノム編集論文 Cas9ゲノム編集＠ヒト細胞 1 2 Cas12 Cas13 Cas9祖先トランスポゾン論文 Eugene Koonin OMEGA論文 CASTホーミングについての齋藤さん前報 平野清一さんのIsrB構造論文 ゲノム編集で病気も治るようになってきた トマトでGABAを増やす 魚で白身を増やす Jennifer Doudna達のFz論文 IS (Insertion Sequence)：転移に最低限必要な酵素のみを内部にコードするトランスポゾンの一種。それぞれ番号がついていて、転移機構も色々。 IS200/IS605 IS607 2013年のFanzor命名論文 AlphaFold Omar Abudayyeh（おまー） Jonathan Gootenberg（ぐーばー） 合同ラボ BioRxivのプレプリントHERMES Samuel Sternberg のHERMESイジり Science Advances論文 TnpBのペーパー Virginijus Siksnys Kavli賞 Soumya Han 毛みたいなほわっとしたカビ ATCC ツボカビSpizellomyces punctatus 濡木先生とSiksnysのTnpBの構造論文 1 2 末端配列とガイドRNA(ωRNA)配列の関係：これのc Spuのめっちゃ綺麗な末端配列：これのa ツボカビにも一応エレクトロポレーションはある PAM(Protospacer Adjacent Motif)：CRISPR-Casシステムにおいて、Cas9などのエフェクターがDNA切断を行う際に、標的配列の隣に必要とするモチーフ。SpCas9では3’側にNGG。 TAM(Target-Adjacent Motif)：OMEGAシステムには“Protospacer”という概念が存在しないため、このように呼ぶ。 TAM、トランスポゾン、ガイドとなっている：これのa Peel-and-paste：これのb Sam SternbergのSelfish Spreadの論文（機構はFig. 5g） 転写因子(TnpB様の転写抑制因子)の論文 OMEGAのペーパーが出た時のNews and Views Robert Desimone RSIの成果報告会で受賞したのが公表されたページ CSHLのCRISPR Meeting HanのTnpBのペーパー CRISPR nuclease-protease 加藤一希先生 Jonathan StreckerとEsraのCRISPR associated endopeptidase論文 StreckerのCAST論文 Peiyu Xu Guilhem Faure COVID-19で一緒に働いた Julia Joungの転写因子アトラス Max WilkinsonのR2論文 R2レトロトランスポゾンのレビュー R2を使った挿入ツール 1 2 David Liu David LiuのtwinPE Omar + Goober のPASTE PASTEを基盤技術にしたTome Bioscienceの最近の動向 Jonathan Weissman Cas活性のパラメータについての仕事の一例 登さん Deliveryの話、例えばコレ 昔のラボメンはK99取ってた マイキーのPEG10ジョブハントパート
小関先生 医科研のUTOPIA 早稲田にいた時の自分の指導教官 UTOPIAについて一応調べた（100日でワクチン開発でした。。。 by齋藤） 東大の真下先生 Cas3の論文 五神真先生 大阪大学の蛋白質研究所 定量研と卓越研究員制度 今年は加藤セチプログラムのみ Max君は本当にすごい Rockefellerインタビュー6人中2人がうちのラボ Kalli Helen Hay Whitney Hanna Gray Aviv Regev Xiaowei Zhuang Adam Cohen マイキーのラボ Max Wilkinsonの出身ラボ Kalliの出身ラボ独立後の計画
Joshua Weinstein DNA Microscopy Patrick Hsu Bridge RNA 宮脇さんが有識者の回 有識者会議 科研費倍増への運動 後藤由希子先生 Kendall スイスで会ったギタリストの友達 本田圭佑 HFSPミーティング 長田重一先生 アポトーシスの写真 二階堂先生 ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤） 加藤英明先生 ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤） 奥山先生 ありがとうございました、引き続きよろしくお願いいたします！（by齋藤） Susan Gasser Patrick Matthias アセチル化やってた論文 吉田稔先生 古細菌テーマ＠HFSP 二段階になったHFSPフェローシップ申請（このReview Procedureタブを参照。Letters of IntentとFull Proposals） Yi Zhang 小嶋さん 寺坂さん 松田真弥さん 松本さん 古館さんのNature論文 長井淳さん 飲みましょう！！！（by齋藤） 齋藤さんMITのアドレスEditorial Notes:
夢をみることができなければ、未来を変えることはできません。— 華麗なる一族（TBSテレビ, 原作・山崎豊子, 2007）（齋藤） 理研の現地インタビューも茶髪で乗り込んだのかどうか気になる (萩原) Shownotes大量に補足いただき大感謝です。今回もエナジェティックで非常に刺激を受けました、また是非！ (宮脇) -
神経科学会と関連ソーシャル振り返り、Paperpileの運用、Figを作るためのソフトウェアについて雑談。後半は、任意の抗原をトリガーとして働くGPCR、“Placebo”による鎮痛を担うかもしれない神経回路について (9/1収録)
Show Notes (番組HP):
日本神経科学会奨励賞 一個下の後輩、村上さん 元ボス（大木先生、が授賞式に来ていた） 元ボス（アンドレアス、が裏枠でトークしていた）のシンポジウム Neuroscience Researchに出した論文 長谷川さんの前例 Andrew Holmes 北沢さんとのシンポジウム 北村さん 尾藤先生 Michael Greenberg のBrain Prize Lecture 後藤先生 五十嵐さんが言ってた回 今井さん が見つけてきたお店 長崎の平和会館 佐藤達雄さん Carandini 佐藤さん主催のサテライト企画 Greg Stuart 安田さん Letzkus et al. 2011 Kampa and Stuartの論文 田川さん 奥野さん 知覧特攻平和会館 虎に翼 NHKオンデマンドをAmazonプライム経由で観てます。(VPN必須) (萩) 日本初の女性裁判官、三淵嘉子さんについて 宮台真司先生 が悪いというわけではなく、ミサンドリー感情(+α)をフェミニズムと自称して活動する流れが問題なのであって、それを本来のフェミニズムと明確に区別して排除しよう、という意図での"クソフェミ"呼称であったという理解。 (萩) Jay Shendure NeuroTree George Churchのページ ボストンでもオーロラが見えた オーロラを観にこの温泉に行きたい (萩) Paperpile SigmaPlot文献紹介パート：
文献１：Synthetic G protein-coupled receptors for programmable sensing and control of cell behavior Alice Ting Yulong Li KORD SPARK CAR-T SynNotch TRUPATHアッセイ TurboID 文献２：Neural circuit basis of placebo pain relief Grégory Scherrer 数年前のPainに関するミニスコープの仕事 Analgesia: 鎮痛 プラセボと治験についてのレビュー Fos TRAP初代 二代目 von Frey試験含め疼痛評価法いろいろ (pdf) PnはCortexと小脳を繋ぐ重要な中継核 Stress Induced Analgesiaはオピオイドが関与 NPAS4 TRAPの論文 Spontaneous ActivityによるHebbian Plasticity EmillianiのScanlessでオプシン型GEVIでも2p イメージング Adam Cohenの方 MECのLeft-right-alternating theta sweeps LECのイベントストラクチャー表象Editorial Notes:
朝ドラ、ちなみにリーガルハイの2期を観ていた人には要注意。岡田将生が近しい文脈で全く違うキャラで出現するので混乱します。(萩原) 掛け算ができない…小学生からやり直します。Pontine Nuclei, 麻酔賭けた時にこの領域が活動しているのかちょっと気になります (宮脇) -
定期ゲスト、デンマーク・オーフスの北沢太郎さん(@kitazawa_taro )。Neuro2024での記憶シンポジウムの宣伝、ラボ立ち上げから2年での進捗、初FENS参加など (7/11 収録)
Show Notes:
北沢さんラボ
Neuro2024のシンポ (2S06a, 7/25 木曜日 16:00-18:00, 第6会場)
Yingxhi Lin (“UTさうすうえすたん”ね。”てきさすさうすたん”てなんや...)
北村貴司さん
北西祐貴さん (後藤研メンバー)
Michael Greenberg御大
ERC
さきがけ (PRESTO)
LinのBiorxiv
Lin のNpas4 Cell 2020 論文
Sheena Josselyn / Paul Frankland
Sadegh Nabavi
伊藤夏穂さんのポスターは初日 (7 月24日午前 1P-179)
DANDRITE Scientific Advisory Board (SAB) Meeting
Greenbergの2014 (Malik et al.)
Seattle Hub for Synthetic Biology
Jay Shendureの論文(Choi et al., 2022)
Jesse Gray この人もGreenberg系列。一瞬独立してKCl-IEG実験(Tyssowski2018)とかやってたが気づけばなぜかAllenにいる。
Chao Sun
エリンシューマン
Anna Klawonn
米原さん
フィリッポ
オーフス大学
BGI
Greenberg Fos engram 論文 1, 2
Fens Kavli Network of Excellence
Ryohei Yasuda
Peter Scheiffele
Yang Dan
Ole Kiehn
FENS2024 ウィーン
Alice Ting
Brain Conference
古館さん
いまスペインに旅行いくと水かけられる Barcelona anti-tourism protesters fire water pistols at visitors (CNN)
FENS2026はMadridらしい
池の平ホテル
Editorial Notes
「白樺リゾ～ト～池の平ホテル♪」のCMでおなじみの池の平ホテル、実家のわりと近くですが行くのは初めて。涼みながらデスクワーク出来そう (北沢)
シンポジウム盛会を祈念しております！しかし2年でこんなに進んでるの流石すぎます(脇)
福岡でお会いしましょう。「NR聴いてます」ではなくて「論文読みました」(隠語)といって声かけてください(萩)
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UC Irvineの五十嵐啓さん(@kei_m_igarashi)再登場。転職活動振り返り、次に出る論文のSneak peek (詳細はNeuro2024のセッションにて)、R01グラント審査の実際＆それを踏まえた書き方戦略講座、若い人へのメッセージなど (7/6 収録)
Show Notes (番組HP):
五十嵐さんラボ 五十嵐さん回 1 2,3 4 Richard Tsien Paul Glimcher Neuroeconomicsの教科書に結構影響をうけたので残念...(萩) Nicolas Tritsch この前Nature出てた 坂野先生 2020と2021に出た論文 尾藤先生＠Committee Chair Hannah Monyer 北村さん 最初の大学院生がPhDを取った Heechul Jun Jason Lee 横山先生(pdf) 山本先生 吉田豊さん 内田さん 加野真一さん 森下博文さん Attila Losonczy Hard money vs Soft money (pdf) ノルウェーのボス 学士院の賞 訴訟に関する記事 訂正：BrandeisではなくTufts 井上夫妻回 1 2 3 4 千歳さん回 五十嵐さんのジョブハントメモ Bonhoefferの論文 Earl Miller 五十嵐さん達のNeuro2024でのセッション Rbp4-creなどについてのGENSAT論文 MECからのPerforant PathをLesionするとCA1のPlace Cell場所受容野が曖昧になる ※ただしGrid Cell阻害実験の解釈は分かれている？：Leutgebのこの辺りの論文 1 2 海馬からの興奮性入力がGrid cellの発火パターン形成に必要 伊藤さん のNucleus Reuniensの仕事 MECの恐怖記憶への関与を調べた北村さんの仕事 その続報 prefrontalの関与 Hongjun Song 藤澤さん Antonio Fernandez-Ruiz Noah Gray ASCONA meeting Robert Datta Shohei Furutachiさん回 1 2 Lake Conferences Gordon の Basal Ganglia 彦坂先生 金子先生 松田先生 のJN 柳下先生 北欧のドーパミン学会IBAGS Dayan Gordon の Frontal Cortex Bruce McNaughton 40 Hzの話 アナベル Li-Huei Tsai Buzsakiが出したああいう論文 Gordon のNeurobiology of Cognition Desimone 宮下先生 Brain Initiative 40 % カット NIA NIMH Early Stage Investigator (ESI) Policies LMDNのスタディセクション NIH RePORTER 小宮山先生 CDIN NSF Lake ConferenceのDisease focusedな回 Menno Witter Ted Jones 安田先生のブログポスト NIHのeRA commons 参考：R01で査読者から貰うサマリーステートメントの例 (某ラボの公開gdocs) 参考：R01アプリケーションのサンプル (pdf) PO: Program Officer U01 P Ivan Soltesz Gary Lynch 海軍のグラントOffice of Naval Research 神経科学の達人での講演 薬理行動薬理若手研究者の集いでの講演 本庶先生の私の履歴書 羊土社の留学対談その１ その２ 日本学生支援機構の海外留学支援制度Editorial Notes:
前回話させてもらったのがついこの前のように感じるのですが、3年も経ったとは。月日が過ぎるのはあっという間ですね。宮脇さん萩原さん、NeuroRadio三年間お疲れさまでした。研究者というのは楽しくも、つらく苦しい人生だと思っていましたが、テニュアがもらえると心の安寧が得られ、見える景色がだいぶ変わってきます。でも、人生で一番ダイナミックだったのは大学院生・ポスドク時だったのも事実です。みなさん、今を頑張ってください！Carpe Diem!! (五十嵐) 非公開アフタートークも楽しかったです、五十嵐さんありがとうございました！(脇) カレルは「俺は人生で一度もテニュア持ったことないぞ」っていつも偉そうに言ってます(萩) -
Northwestern Universityで来年1月から独立する千歳雄大さん(@yutasenzai)さんがゲスト。BuzsakiラボでのPhD、Scanzianiラボでのポスドク、ジョブハントで苦労したこと、独立後の研究計画について伺いました (6/20 収録)
Show Notes (完全版)：
千歳さんラボHP Scanziani lab Buzsaki lab 千歳さんに部屋を貸してもらった回 河野憲二先生 小川正先生 成宮周先生 古屋敷智之先生 Michela Gallagher Denis Pare ユーリ: ブザキのこと 藤澤先生 水関先生 Eran Stark OLM cell specificなCreライン PhD時代の論文その１：Mossy Cellの論文 DRD2-creでMossyがラベルできる、の論文 POMC-creでGCラベル、の論文 NeuroNexusのBuzsaki シリーズを含むカタログ(pdf) 電気生理的な特徴でGranuleを分離する、の論文 ”To our knowledge there are no electrophysiological characteristics with conclusively identify a neuron as a granule cell. In conclusion, it will be necessary in future work to use mode refined neurophysiological criteria combined with anatomical marking techniques for classification of dentate units.” B2B2BになったLosonczyの論文とKnierimの論文 PhD時代の論文その２：V1で層の特徴量を見つけた論文 Antonio Fernandez-Ruiz Shawn Olsenの論文 ポスドクでの仕事 SC-postrhinalを調べた論文 Mu-ming PooとYang DanのActivity recall論文 Adrien Peyrache の、REM睡眠中Head Directionシステム論文 Robert Wurtz による、サッケードを生み出す回路のレビュー Roger Nicoll Pontine waveとREM Gilles Laurent Reptileにおけるmidbrainのinterhemispheric competitionへの関与 井上夫妻のZoomミーティングに関するアドバイスの回 およびノート Feinberg School of Medicine 2pImagingは結構decodingできる (from 大木研) 西本さん 神谷さん 睡眠中のGrid cellとHDとのcoordinationEditorial Notes:
今回はこのような機会を頂き大変ありがとうございます。僕自身、大変楽しませて頂きましたし、これまでのことやこれからのことを考え直すいい機会にもなりました。Northwestern大学で来年1月からLaunchする研究室では、一緒にサイエンスを楽しんでくださるポスドク、学生、ラボテクを絶賛募集中ですので、興味があればいつでもご連絡ください！（千歳） 日常会話で海馬の豆知識を出せるようになりたい (脇) なんでデニパレさんのとこには行かなかったのかをきくのを忘れました (萩原) -
TED風トーク、DIY引っ越し、ライティングとLLM、買って良かった某アイテムについて雑談。後半は初のおたより回 (4/18収録)
Show Notes (番組HP):
雑談パート
Doudna TEDに出た 神経科学学会にDoudnaが来た U-Haul DeepL Write 2021のIntercalated cluster論文 ChatGPT Claude Nature系列がやってる校閲サービス Paperpile Tushy Totoの携帯用Washlet シュピューラーおたより紹介パート
押尾学 重要度と緊急度のマトリックス ビジネス書 論文は常に書いていくもの、の出典 を書いたGeorge Whiteside 岡本太郎的な Trachtenberg ScanzianiがNeuronに出した Yang DanからNature Mriganka SurからNature 加藤さん回 のChR構造論文 佐野さん回 あやかさん回 研エン 神谷先生 発火頻度のログノーマル分布 Alison Barthのやつ Toroidal回 GEVI回 Kilosort4論文 牧野さん回 サットン本 藤島さん回 麻しんワクチン接種について（Q７） ロジスティック曲線ではなくロジスティック写像でしたEditorial Notets:
優しいおたよりばかりでホッととしました (脇) 健康のために12月にあるハーフマラソンにエントリーしました。スキーシーズンinしたときには既にいいコンディションという利点も。というわけで有酸素もやります。(萩) -
健康診断、３年めのタックスリターン、グリーンカード取得、万年筆と競技ペン回しについて雑談。文献紹介は、RNAで認識部位をプログラム可能なリコンビナーゼ、プローブのPhotoswitchingによるアーティファクト、軸索ミトコンドリアはATPを消費する、のプレプリント (3/10収録)
Show Notes (番組HP):
たち：白子 (英語メニューだとSoft Roeって書いてあってFish Spermじゃないんだな、と思うなど) コメント募集！のGoogle Form Querie.me 3年めのJ1ポスドクのタックスリターン IRSのExemption 記述その１ vs 記述その２ SPRINTAX ReturnsとCalculus 税金計算ソフトのチャットボット間違えまくり、の記事 7000ドル追加徴税の回 日米租税条約第２０条廃止について：1,2年めも米国源泉所得がある場合は徴税対象っぽい？ JHUがまとめたフェローシップリスト NIHグラントのEligibility USCIS: 米国市民権・移民業務局のこと Jetstreamの芯が国際規格に ６年前でした 宮脇が使っているLAMY の万年筆 Faber‐CastellのE-Motion all black 萩原さんが想定していたLAMYの万年筆 (サファリ) ゲルト・ミュラーがデザインしたBraun sixtant SM 31とLAMY 2000 ペン回しの技一覧 さらさら系のJetstream対抗馬はゼブラのサラサでした。 ぺんてるのシャープレット クリップを取り外せるのはシャープレット"2"でした。文献紹介パート
一報目：Bridge RNAs direct modular and programmable recombination of target and donor DNA Arc Institute Patrick Hsu Silvana Konermann 西増先生 マイクロスケール熱泳動 Evo 二報目：Comment on ‘Accumbens cholinergic interneurons dynamically promote dopamine release and enable motivation’ Nicolas Tritsch Mohebi et al のAccumbens cholinergic interneurons dynamically promote dopamine release and enable motivation Frenemy Bernardo Sabatini とTritschのb2b nature Dana et al.,のjRCaMP1a, bとjRGECO1a Fig2-Supple3,4がPhoto-switchingのFig Erratum (出版社側のミスの訂正)というよりはCorrigendum(著者側のミスの訂正)でした SchultzのRPE メンデル捏造？に関する議論のまとめ 赤色dLight Mohebi & Berke のNature論文 Azcorra et al., Awatramani と Dombeckの論文 内田さんの論文 最近Stephan Lammelが出したNature Neuroの論文 一人で訂正これでこれを訂正したと思っていましたが、 自己訂正というよりかは、StuberとDAT-Cre vs Th-Cre でやり合っていた感じでした Voltage IndicatorのPhotoswitch IRを一緒に当てると褪色が遅くなる Kaede CAMPARI X-CAMP R RCaMP3 Nature Methodsに掲載 (3/21) 初代mScarlet Kaesarのドパミン軸索でのaction potential initiation by Cholinergic input Stephanie Cragg 三報目：Most axonal mitochondria in cortical pyramidal neurons lack mitochondrial DNA and consume ATP 平林先生 Bio-stationさんのポッドキャスト Franck Polleuxラボ 田尾さんのミトコンドリア局在と軸索分岐の論文 もう一報出てたやつ：Polleuxラボからでした 本来のScanning Ion Conductance Microscopy SypHer iATPSnFREditorial Notes:
ボストン唯一の万年筆専門店がつい最近閉業したらしい。惜しい (脇) 引越し全部自分でやったので結構大変でしたが無事終わりました。まだ新居全然片付いてないですが、広くなって嬉しいです。万年筆を眼球に..はジョジョ3部ですが誰にも伝わってなさそう(萩) -
北京脳科学研究所の大久保達夫さんゲスト回。工学部からシステム神経科学に進んだきっかけ、FeeラボPhD時代、WilsonラボPD時代、現在のデータ解析を中心とした働き方の狙い、専門の分業に関するディスカッション、等 (12/30 収録)
Show Notes (完全版):
大久保さん個人HP 吉良さん@Chris Harvey Lab 計数工学科 Michael Fee lab FeeラボでのNature論文 の日本語版解説 FeeラボでのNeuron論文 の日本語版解説 Rachel Wilson lab Neuron論文 Pattern RecognitionとMachine Learning (PRML) パターン認識の教科書の表紙 Parallel Distributed Processing (PDP): 並列分散処理で認知機能を説明しようとする1980年代に流行ったUCSDを中心とする認知科学のグループ。 Paul Churchland の本The Engine of Reason, the Seat of the Soul Patricia Churchland Mark Churchland Anne Churchland Terrence Sejnowski The Computational Brain Dmitriy AronovのScience論文（HVC破壊してもSubsongは残る） COSYNE Temperatureのやつ 鳥の歌生成に関わる脳領域、RA、HVC、LMAN の関連など Jesse GoldbergのDopamineがPerformance errorをコードしている論文 親の歌を聴かせなかった時のHVCのシーケンス活動 Galen達がミニスコープを作ってカルシウムイメージングを始める Genetic Dissectionのレビュー論文 2008 Andreas Luthiと David Anderson のb2b 2010 ハエはニューロンが個体を越えてIdentifiable: 仕事としては逃避を司るgiant fiber interneuronというのが古くから知られていて一番有名ですが、このニューロンは巨大なので例外で、ほとんどのタイプはsplit-Gal4のラインが整備されて以降（ここ10年）解析できるようなってきました。以下の仕事が代表的な例として挙げられます。 麻生さんのキノコ体の神経解剖、光遺伝学の仕事 並木さんの下降性ニューロンの仕事 実際split-Gal4作りがうまくいくと（２つのGal4ラインのうまい組み合わせが見つかると）、麻生さんの論文のFig. 2のように左右に一つずつあるニューロンが綺麗に取れてきます。一旦split-Gal4ラインができてしまえば、GFPを発現させてパッチしたり、オプトで活動を操作したりと、単一ニューロンレベルで解析できるのが良いところです。もちろん一つのセルタイプに複数のニューロンがあることもあるので、その場合は同じセルタイプ内では区別はできませんが（大久保） ちなみにこのビデオがhemibrainというEMのデータから再構築されたニューロンのギャラリーで、一個のcell typeに名前がついていて、ユニークな形をしているのが分かりやすいと思います。このユニークな形のおかげで、EMのデータとsplit-Gal4を作る際に撮った光学顕微鏡のデータのマッチングは非常にうまくいっていて、同じニューロンを両方のデータで見つけられます（大久保） 髭さんのキノコ体の電気生理の仕事 並木さんの下降性ニューロンの仕事 ハエのConnectome論文 Central Brain Whole Brain 大学院生がやった行動実験の仕事（嗅覚と風を検知する機械受容覚にコンフリクトがあった場合、機械受容覚に従う） Vivek Jarayaman の仕事 ハエDual Patch, 隣の大学院生がやった運動に関するニューロンのdual patchの仕事 ハエのTriple Patch: このWilson研の大学院生の仕事のFig. 4ではシナプス結合している３つのニューロンからのin vivo同時記録という超絶技巧あり！ Janeliaがハエのラインをリリースした（Split-Gal4） 風間さん Wade Regehr Bernardo Sabatini Chris Harvey Michael Greenberg 北京脳科学研究所の組織図 メンフクロウの音源定位のレビュー この頃のScientific Americanは分野の第一人者が平易な文と分かりやすい図でレビューを書いており、素晴らしいです。 鳥と哺乳類で音源定位の神経回路は似ているか？ 小西正一先生のobituary Matt Wilson Josh (Siegle) CIBRでのPI公募 The Transmitterの神経科学における専業に関するオピニオン記事 Jakob Voigts Open Ephys DeepLabCut (DLC) Advanced Technology Team Image Analysis Collaboratory @ HMS Institutional Knowledge Instrumentation Core @ HMS 北京脳科学研究所のInstrumentation Core AquiNeuro Cyril Herry Fixstars OpenScope Jérôme Lecoq Mark Schinitzer 異なる個体においてもニューロンの集団活動のダイナミクスが似ている Segment Anything (Zero-shotで画像のセグメンテーションを行うモデルの例） DeeperCutEditorial Notes
この度は貴重な機会を頂き、有難うございました！過去のNeuroRadioのゲストの方の中には一緒に語り合った仲間も多く、こういった形で近況アップデートできて良かったです。自分は、様々なタイプの科学者のちょっとした出来事に垣間見られる「現場でのプロフェッショナリズム」に大きく影響を受けてきました。そういった学会発表や論文からはなかなか見ることのできない科学者の人物像に関するエピソードを盛り込むようにしましたが、少しでも雰囲気が伝われば幸いです。後半の神経科学におけるコラボレーションの議論では、Allen InstituteやWyss Instituteでの様子も聞けて、色々と参考になりました。 (大久保) 自分もなるべく生データに近い所で働きたいです。新しい研究所で新しいキャリアの在り方を作るのは大変そうですがハマれば理想的ですね (宮脇) 生理実験がまあまあ得意、というのに要所要所で支えられてきましたが、実験はできるだけ早く引退したい…(とはいえ解析だけで生きていけるほど解析能力が高くないのであった) (萩原) -
新年のんびり雑談回。去年の振り返りと今年の抱負、おたより回は実現可能なのか。後半は2023年お気に入りアルバム10選、お気に入りYouTubeチャンネル5選。(1/11収録)
Show Notes (番組HP):
震災関連の寄付窓口まとめ 最近のエピソード 〇〇を救いたい NeuroRadioへのお便りフォーム Querie Tips 研エンさん の、おたよりフォーム Overleaf DiscoverabilityとEnforceabilityについて言及した記事 Science Advancesにのったやつ について扱ったNeuroRadio回 ニコラス就職 K99/R00 去年の年始回2023年宮脇お気に入りアルバム 10選
Favorite Album 2023まとめツイート Sufjan StevensのJavelin Illinois Apple Music Spotify Call Me By Your Nameで使われてた歌 ギランバレーになった 10: Deena Abdelwahed - Flagranti (EP) Flirt Heba Kadry YMOのAbsolute Ego Dance Jbal Rrsas 9: Ricardo Dias Gomes - Muito Sol Menos Joao Gilberto Stan Getz Nara Leao 8: Laurel Halo – Atlas Apple Music Spotify Late Night Drive Hyperdub Lucy Railton James Underwood Ryoji Ikeda Alva Noto 7: Headache - The Head Hurts but the Heart Knows the Truth Bucket Listener Vegyn Frank OceanのBlonde Blonded Radio PLZ Make It Ruins 6: Model/Actriz – Dogsbody Amaranth Steve AlbiniのBig Black Rapeman Shellac Arca 5: Sanam - Aykathani Malakon Bell CAN Faust 4: Ali Sethi & Nicolas Jaar – Intiha Muddat Nicolas JaarのTelas Apple Music Spotify Ziggy Stardust Apple Music Spotify 3: Goat - Joy in Fear プロモ映像 Kraftwerk Man-Machine Apple Music Spotify Weired Fishes / Arpeggi boomkat KakuhanのMetal Zone Apple Music Spotify 2: Titanic – Vidrio Anonima Mabe Frattiの作品 ラジオのように Life Without Buildings 1: Bendick Giske – Bendick Giske AppleMusic Spotify Rush Beatrice Dillon Steve ReichのIt’s gonna Rain Pharaoh Sanders Albert Ayler その後につづいたシングル 曲も良いですが “See on both sides like Chanel” が秀逸すぎてハマりました Dissect podcastのBlondeに関するシリーズ2023年萩原おすすめYouTube 5選
1: パワーチューブ おすすめ動画: 2023年最新！ベンチプレスの【基本】はこれで分かる！日本王者解説！ 牛山選手 SBD が主宰するシェフィールド 2: Jeff Nipperd おすすめ動画：How To Train Like A Minimalist (More Gains In Less Time) Broscience Progressive Overload 今古賀翔 走ることについて語るときに僕の語ること 3: 散財小説ドリキン おすすめ動画：「本日最終日！ゼンハイザー e935 vs e945 vs Shure MV7 仁義なきサイドバイサイド比較」第2086話 おしりが洗えるシャワー を取り上げたNR回 U87Ai, SM7B, Beta58A, EarPods Rebuild.fmどりきんさん回まとめ 4: ReHacQ−リハック− おすすめ動画：【最先端！快眠の科学】Google賞金4.5億！天才睡眠学者が登場【常識覆す研究】 日経テレ東大学 菅前総理回 国民民主党の党首回 新NISA回 山崎元氏による新NISA解説 5: 小倉知巳のイタリアンプロ養成講座 おすすめ動画：ミシュラン1つ星イタリアン店の「スパゲティ・カルボナーラ」【#イタリアンプロ養成講座 vol.8】 Regalo 落合務のパーフェクトレシピ 戸羽シェフのチャンネルに首つっこんだ回 ステッカー試作品Editorial Notes:
今回からマイクがYetiからSM7Bになりました (脇) 2024年はとりあえずZAZEN BOYSの12年ぶりの新譜を座禅して待機しています。そういえば向井秀徳がスティーブ・アルビニみたいな音像にしたくてデイブ・フリッドマンをエンジニアにしたとか言ってた (萩) -
有識者会議、Seattle Hub for SynBio、マイク談義、理論系とのコラボについて雑談。論文紹介は、性周期に依存した報酬予測誤差シグナルの違い、Cas9 RNPそのものを細胞内に導入する手法、マウス用VRゴーグル、細胞種特異的なmiRNAをbulkのRNA seqで読む手法、ヒトからラットへの恐怖伝達、など (12/10 収録)
Show Notes (番組HP):
雑談パート
グローバル・スタートアップ・キャンパス構想に関する有識者会議 齋藤さんNR回 1 2 使った発表資料(pdf) Nature Biotech のChurchラボに関する記事 (pdf) ヴィースのHow We Work ヴィースのしくみに関する記事 Business Development人材のリスト Allen +UW+CZIのSeattle Hub for Synthetic Biology Jay Shendure David Baker Rui Costa 浜崎さん 林さん 浜崎さんの歴史的な仕事 コンデンサマイク vs ダイナミックマイク Blue Yeti Brooks Brothers破産 今年のBlack Fridayはそんなに良くない？：10月からの割引が結構あったという話らしい？ Shure MV7 Shure SM58 Shure Beta 87A イアンの回 昔の北沢さん回 MOTU M2 Shure SM7B (Geforce RTX) 3090 Neumann U87 Ai U47 Frank OceanがBlondeのレコーディングで使用 Jeremiah Cohen UWのEric Shea-Brown 豊泉さん Stefan Mihalas MindScope終了 Shaul Druckmann 最後の方の稲垣さんの仕事 Sandro Romani M3 Pro Max論文紹介パート
論文１：Estrogenic control of reward prediction errors and reinforcement learning Christine Constantinopleラボ Randy Brunoラボ Brunoラボ時代の仕事 Thalamo-cortical Axonのターゲットlayerは皮質によって異なる (モダリティではなく一次/二次感覚野の違いでした 脇) Bruno、ポスドク時代の超絶技巧 Larkumラボ の上だけ止めるmanipulation：たとえばコレのBaclofen局所投与 Brodyラボ Brodyの所で出した論文 1 2 塩野七生 ローマ人の物語 コンスタンティノープルの陥落 中島さんのCellの仕事 さやかさん回 1 2 3 4 タスクの詳細が載ったNature Communicationsの仕事 Silvia Arber optogenetic activation assesses what a neuron can do, but not what a neuron does do さやかさんの論文 AllenのABC Atlas GPCRのInternalizationによる不活性化 DATのアンタゴニストGBR 12909 柳下さんの一連の仕事 – Slice: 1; Behavior:2 George Augustine Erwin Neher 細胞内カルシウムのモデリングの仕事 論文２：Engineering self-deliverable ribonucleoproteins for genome editing in the brain Doudnaラボ SV40 NLSをつけるとそのまま入る、の論文 Cell Penetrating Peptide に関するレビュー 筆頭著者が同時に出していたLNPによる投与のプレプリント Broadの人達がやっているデリバリー 1 2 3 論文３： Full field-of-view virtual reality goggles for mice Daniel Dombeck David Tank ２光子顕微鏡の下でマウスを走らせたNeuron論文 (2007) 海馬での応用が2010 NN Chris Harveyの仕事 Moserとかがオーサーに入ってる、VR使用時の注意点ディスカッション Zemax 論文４：Mime-seq 2.0: a method to sequence microRNAs from specific mouse cell types Loisa Cochella Mime seqその１ in Nat Meth miRNAによるAstrocyte以外でのTransgene分解 glycolRNA Cell 2021 Bertozzi 筆頭著者のRyan Flynn 続報プレプリント Bertozziは元々糖鎖合成の化学者でした 論文５：Rats respond to aversive emotional arousal of human handlers with the activation of the basolateral and central amygdala ハンドラーの性によって行動が変わる、の論文 ラット、かくれんぼする ラット、くすぐられて笑う Brecht Contributed Submissionがなくなった? ->嘘でした、まだあります。Editorial Notes:
マイク沼、CPU/GPU沼、対物レンズ沼は奥が深そうで怖い (脇) 昔はひたすらマーガレットおばさんのシャツとニットを着てましたが、体がデカくなって着れなくなったので全部捨てて、以降ほぼ全部ユニクロ(か山系)です(萩) -
University College London/Sainsbury Wellcome Centre 博士課程の黒田澄哉さん(@_sumiyakuroda)、中野誠大さん(@_mnakano)がゲスト。UCL/SWCでのPhDコース、Tom (& Tim) ラボでの仕事の様子、PhDアプリケーション時の話、ロンドン生活について伺いました (11/10収録)
Show Notes (番組HP):
中野さん 黒田さん Optical BiologyのPhDプログラム SWCのPhDプログラム Tom Mrsic-Flogelラボ Tim Behrensラボ 1 2 Lucy (Rotten Tomatoes) 黒田さんがラマンをやっていたところ USMLE 水島研 大木研 Elective Clerkship（エレクラ）体験談いろいろ Matteo Carandini Kenneth Harris Cortex lab Isaac Bianco Florian Engert Andreas Shaefer クリック研究所のNeuroscience King’s College London Jeffrey Erlich Carlos Brody Athena Akrami LabVIEW Bpod (中身はただのTeensy的なマイコン) PyBpod (全然メンテされてなくて微妙) Bonsai Harp Gonçalo Guioma Allen が引き抜いたBruno Cruz の論文とか Ivan Voitov Ivana Orsolic et al., 2021 Neuron Teensy (Arduinoの.inoスケッチで動くマイコン。CPUがArduinoに較べて謎に強力) Aruduino Maxime Rio IBL IBLのHarpによるBehavior control Champalimaud (IBLの出資元) SLM (Spatial Light Modulator) 解説 Michael Häusser Adam Packer 2015 Deisserothが使っているAll Optical Physiology用顕微鏡 Thomas Akam Mohamadyによるプレプリント Timが最初にやったNose Pokeの仕事 Cambridge Probes GPCRのInhibition PdCO 2p SLMでのGtACRを使ったinhibitionは一応あるがまだbiologyには繋がっていない 服部さんのpaAIP使った仕事 古館さん回 1 2 Sonja Hofer SWCの顕微鏡チーム Troy Margrie Rob Campbell Bruno Pichler の会社INSS COSYS のDaleさん Tiago Branco SWCのウイルスのコア SNTN (Systems and Theoretical Neuroscience) 20/21年版 Marcus Stephenson-Jones Tom Otis Angus Silver KennethのNeuroinformaticsコースClass Page Ken Harris のnonsense correlation イメージングとTranscriptomeの対応 Yoh Isogaiラボ (現Allen) Gatsy Computational Neuroscience Unit Peter Latham Maneesh Sahani John O’Keefe Tiago のSynaptic Threshold Goal/Subgoal SC Georg Keller Karl Lashley (タスクが難しすぎる&マルチモーダル過ぎたのが敗因と解釈されることが多い) Rainer Friedrich 元々DTIをやっていた Mark Walton Tolman-Eichenbaum Machineの論文 James Whittington 金森さん 2011年のHo Ko論文 Ho Ko lab Andy Murray lab デスク含め全てが波打っている SpareRoomEditorial Notes:
LUCY観た人いたら連絡してください笑（中野） Georg推し人間みたいな感じになってしまいました（黒田） ２人とも今すぐポッドキャストのホストできそうな感じで面白かったです（脇） 新海は言の葉の庭(を含む)以前派です。黒田さんがPAWorks推しと認識してるのですがShirobakoの話するの忘れました（萩） -
UF Scripps服部亮磨さん (@ryhattori, gmail) がゲスト。PIとしてフロリダで働き始めた様子、OFCメタ強化学習論文の紹介、今後の展開・手術ロボット談義など（11/10 収録）
Show Notes (番組HP)
服部ラボHP 服部さん過去NR回 最近のMetaRL論文 DEA：麻薬取締局のこと(Breaking Badのハンクが働いてるところ) 服部ラボ求人広告 Florida Atlantic University のHonor college（FAUの成績優秀者が通うキャンパス）がUF Scrippsの隣にある U-HAUL 大手引っ越し業者 U-box 2P-RAM Diesel2p First Author の Che-Hang Yu INSS Bruno Pichler COSYS Spencer Smith さん達の会社 フロリダの魚 数回落ちてる過去出演者 SFARIのエリジビリティ 小宮山先生 最初のCell Ken Harrisの nonsense correlation PatchWarp 論文 Community Review (今はMulti-Journal Submission) Heliyon 確認したらHeliyonはCommunity Review / Multi-Journal Submissionの対象外でした。 by 服部 Cell Reportsシリーズ：一応Cell Reports（生物学的発見）でカバーされない分野の論文のためのジャーナルらしい。Physical ScienceとかSustainabilityとか「細胞」関係ないやんって思いますが by 服部 これより前のNeuron論文 Matthew Botvinickが提唱したMeta-reinforcement learning UC バークレーのグループによるもの A2C Jeremiah Cohen Yasuda先生のラボ が開発したpaAIP2 サットン本 Deisseroth のOFC論文 StuberのOFC論文 JeremiahのNeuron論文 (Bari et al) JeremiahのbioRxiv論文 SfNのDeisserothラボ左右Foraging David Sussilo D-labのRetrosplenial論文 NeuroSarの手術ロボット RWDの手術ロボット Mackenzie Mathis フロリダ大学のスパコン NVIDIA A100 GPUが1,120枚入っているのでAIのトレーニングに便利です by 服部Editorial Notes:
また呼んでいただきありがとうございました。後半のサイエンス部分は近い分野以外の人からしたらワケワカランかもですが、マニア向けということで・・・。ポスドク希望の方はメールでお問い合わせください！(服部) 手術ロボットの最適化、ある意味で強化学習の強化学習って感じがします (脇) 僕は爬虫類やや苦手です(萩) -
Lake Conferenceレポート、DJ Clubなどについて雑談。論文紹介は、intrabodyベースの順行性モノシナプティックトレーサ、CSとUSが離れた味覚嫌悪条件づけの神経基盤、授乳期の骨形成を担うホルモンの発見、ライティング時の注意に関するエッセイ (10/14収録)
Show Notes (番組HP):
Lake Conferences トゥーンでの開催 ASCONA Pico Caroni Silvia Arber Rainer Friedrich 元ボス ゲオルグ Rui Costa DeepLabCutのMathis Brain Behavior Observatory (BBO) IBL Enhancer-AAV その１ その２ その３ 千歳さん 第一回論文紹介 SfNでの発表 トーラスの発達含め他のポスター群も面白そう 脇 エントライナルを潰しても場所細胞は残る by ロイトゲブ・ロイトゲブ ムシモルじゃなくてNMDA lesionでした 萩 エントライナルのグリッドの形成が場所細胞の形成より遅い Leutgebのレビュー NR(Nucleus Reuniens)からの場所情報コード acuteでのdisruptionはリマッピングにしか影響なさそう 脇 Ilana Witten AndreasラボのCTA論文 Zimmermanさん Scott Sternson Yuki Oka Zachary Knight 一番搾りの写真 五十嵐さん 吉良さん Hide Inagaki氏 Rajesh Raoさん Predictive Codingの伝説的なNN論文 古館さん回 1 2 Arisの論文 2012 Neuronはゲオルグ筆頭のやつでした… 脇 DJ Club 新築の建物 Dissect Podcast In Rainbows High and Dry 実際の歌詞は don't leave me high/dry なのですが、なんか通じましたね笑 -確かに！ Don’t let me downのルーフトップコンサート Let it beセッションの収録だがGet backのB面 SpotifyでPodcastの中に音楽埋め込みができる Spotifyのドキュメンタリードラマ 戦場ポスドク氏回 Ofer Yizher のTwitterで外人ポスドクがEvacuateしている様子 Harvardが声明文出すの遅くて抗議されていた論文紹介パート
論文１：ATLAS: A rationally designed anterograde transsynaptic tracer Don Arnoldラボ AAV1 YFV-17D NeuroRadioで扱った回 Intrabodyとは 10th Fibronection Type 3 mRNAディスプレイ(in vitro virus)の根本先生による日本語解説 FingR論文 使われているAnti-Creの抗体 AAV2-rgのトロピズム、これのTable S2 論文２：A neural mechanism for learning from delayed postingestive feedback Richard Palmiter Parabrachial CGRP がCTAに効いてるというNeuronの仕事 慈恵の渡部さん の仕事 Hailan Huの2報 1 2 (と言ってたら10/18に続報がまたNに) リチウムはこれとHailan Huが混乱してた感じが 萩 ジョセリンのexcitability-based allocation selection 同じ路線の質問応答をマークのポスドクとイラーナがtw上でやってた。cAMPはありそう。萩 Mark Andermann MarkAndermannの興味が(Sリバレスとのコラボで)そちらに向いてた 遅れて反応するVTA細胞もいるというZachKnightの仕事 論文３：Brain-Derived CCN3 Is An Osteoanabolic Hormone That Sustains Bone in Lactating Females Ingrahamラボ Amrosiラボ Ingrahamラボの前報 冬眠っぽい表現型が出るセルタイプ 宮道先生 のグループによるARC Kiss1の閉経後ダイナミクス 苅郷さん 論文４：Point of View: Beware ‘persuasive communication devices’ when writing and reading scientific articles 日本の時にやってた仕事 Orchestrateしてるかは怪しい仕事 RabiesのSci Adv論文、supplementary notes Natureのアブストの書き方指南 この前の北沢さん回Editorial Notes:
風邪治りたてで喉がダメでした…すみません。15 Stepって一発録りだったんですね（脇） 爆発音ビビりました。銃声より全然デカかった。記念に残してます。(萩) -
定期ゲスト北沢さん (@kitazawa_taro) のデンマーク・DANDRITE生活１年目の振り返り、ラボ立ち上げ・プロジェクトの経過、Fosの発現メカニズムに関するJC、など (10/1 収録)
Show Notes (番組HP):
北沢さんラボ 北沢さん過去エピソード 1 2 3 神経科学学会2023 FMIでの仕事 新潟の脳研 とのシンポジウムで帰った時の写真 DANDRITE 竹内さん 米原さん 三國さん 佐藤大祐さん 蚊のラボ(熱帯医学講座) Sadegh Nabavi 最近のスイスの滞在許可の言語要件 北沢ラボ研究テーマ：vivoのmemory formationを最新ゲノミクスで+ゲノミクスの最新技術を作ろう スナップショットを越えようとする例。その１ その２ その３ その４ Erin Schuman Chao Sun Chao Sun 論文、シナプスシングルタンパク質イメージング Brain Prize 2023 Michael Greenberg Erin Schumanの歴史 Npas4は両方やってそう これですか？ Arcもやってそう: vivoではArcは一度上がったらずっと上がっているかも Bito先生あたりで一度言われていた Thomas Kim Seth Blackshaw Sageghが出してた Frontier Molecular Brain BioRxivに出ている OptoでLTPのnature Fens-Kavli scholars FKNEのコミュニティサービス業務の一つ:PhD awardにギリで落とされた萩原 Denis Jabaudon Johannes Gaeff Guillermina López-Bendito Flavio Donato Tomas Ryan 収録後に実際にボルドーのFens-Kavliカンファに参加して、Keynoteで来ていたSheena Josselynともちょっと仲良くなりました！ FENS (Federation of European Neuroscience Societies) ボルドーニューロキャンパス ボルドーの高橋さん Julien Julienの2022Science Cyril Herry Filippo Rijli Nikolas Karalis ParisBrainInstitute オーサーシップの複雑なScienceAdvances論文 Breathingの仕事ジャーナルクラブ: Neuronal FOS reports synchronized activity of presynaptic neurons
前回のJCで読んだGreenberg Harveryの仕事 のNR回 Thomas Oertner DRGをモデルにつかった古典の例 あと、これとか 2013年の最初のTRAP論文 カルシウムから転写までのシグナルに触れたレビュー。その１ その２ TTX存在下でのHigh Kによる転写制御のGreenbergランドマーク的論文 その１ その２ 収録中Fig4でのロジックをどうしても解読できてなかったのですが、収録後になんとなくわかりました。活動・カルシムの下流のシグナルを阻害してもFosが変化しないので活動が自律的にFosを誘導していないという風な文脈なんですね。ただ、阻害されたシグナルが活動特異的なものでは特になく、しかも活動の下流を全部つぶしたわけではない(CamKとか)ので、データだけフラットにみると有名なシグナルをcherry pickにいくつか阻害したけど結論が出ませんでした的な感じの印象が強くなってしまいました。活動だけで特異的に駆動されるシグナル (のモジュール) とかがあると助かるんですけどね。。。 (北沢) Gi-DREADDの作用機序は結構複雑:Rothのこのreviewがわかりやすくまとまってる リリースを阻害するテタヌストキシン軽鎖 (TeNT Light Chain) Francesco Ferraguti Fred Gageのところで作られたDGとCA1をFACSで分けるプロトコル Kaz Tanaka / Tom McHughの仕事が引かれていない DavidのGeorgの海馬の方 (4年くらいbRに放置) DavidとGeorgのV1の方 (reviewを経て謎の新興ジャーナルに) 北沢さんらがミスったbioRxivの引用 (3人目以降のオーサーが落ちるのが共通?) Bito先生がDeisserothと昔やった仕事 Richard Tsien CREB周りは、0.1Hzでのリン酸化CREBの免染をしてくれるだけでだいぶ理解が深まるのになーということをコメントしようと思っていて忘れていました。MAPKやCamKシグナルに関しても同様なのですが。北沢 CREB屋さん、JosselynEditorial Notes:
文献検討を加えたことでだいぶ中身ができましたねー。Fens-Kavliネットのハイライトはシーナジョセリンとの初邂逅でしたが、実は彼女は僕がDANDRITEポジションに応募した時のプロポーザルを外部レビューしていて、僕の方向性はしっかり把握していたことが発覚。ERCのプロポーザルはヨハネスグラフに回っていたし、基本的に情報は漏れまくる覚悟が必要ですね！(北沢) BTSPの刺激プロトコルより長いタイムスケールの人工的な刺激でこういうことが起こるの面白いですね。ところでSanta CruzポリクローナルのFos抗体って一回ディスコンになったはずですけど復活したんですかね…？Fig. 5,6 でSynaptic Systemsの異なるFos抗体２種類を使ってるのも若干気になります (脇) 北沢娘から2人称「あなた！」で呼ばれてたのを思い出して懐かしい気持ちに。多分”You”の直訳なんだと思う。Fosの抗体に関してはディスコン直前に買い込んでたらしい。で、使い切ってSySyのrat?に切り替えたとの談。僕は253に切り替えたけどそちらもディスコンだろうか...(萩) -
Washington University in St. Louis でそれぞれ独立PIになる井上昌俊さん（@feynman1104）と井上清香さん（@s_k_inoue）がゲスト。最新ジョブハント事情、パートナーとのジョブハント、WashUでの研究プランなど（9/5 収録）
Show Notes (番組HP):
ジョブハント編
アメリカでPIになる: 井上さんによる就活日記。これを開きつつ聴くのを推奨 井上さんNR過去出演回 1 2 3 尾藤研 Deisseroth lab（D-lab） 昌俊さん過去の仕事 森憲作先生 Nirao Shah lab 清香さん過去の仕事 WashU, Radiology, Biophotonics Research Center WashU, Psychiatry Rent vs Buy 苅郷さん（NR出演回は上述の過去出演回３） 加藤さん のNR出演回 ChRmine論文 R1大学 全米大学協会 言い忘れてましたが、主にMSTPプログラムがあるところに応募しました オススメ日本の就活YouTubeビデオ：コレやアレ (注)あくまでも息抜きに見てください。 オススメ英語の話し方YouTubeビデオ：この方のチャンネルは、アメリカでのキャリアディベロップメントに役立つスキルが沢山学べます。(清) 2nd authorになってるやつ HarvardでAffirmative actionが違法に StanfordのDEI関連ポスドクコミュニティ NeuroMatch Academy Stanfordで教育の活動、BioBuds：自分の研究について1コマ喋ることができる、シラバスにも載っているプログラムがあります。(清) Bay area近辺の小学校に行っていた活動：SiE Stanford, 中学校でやるやつの募集：Stanford Brain Day Talia Lerner Taliaのtips 内規、例えばコレとかソレとかアレ。WashUのSchool of Arts and Sciences WashUのNeuroscience Community 新しく作られるNeuroscience Building ステロイドホルモンが神経回路にどう影響するか、どう薬に応用するか？ Active Researchはこちら ”中西部サボテン”の回 (誤った認識に基づいた偏見です、本当にすみません… 脇 ネタとして楽しんでます…清) WashU 日本人Alumni: セントルイス・ワシントン大学の教員 廣川先生 早石修先生 追悼インタビュー 岡崎令治先生 岡崎フラグメント 1 2 Arthur Kornberg新ラボ宣伝編
WashU RadiologyでPET scannerが開発された (昌、追記) WashUはPET開発が盛ん ChRmine, ratでtranscranial stimulation Photoacoustic imaging, 脳への応用は例えばこれ Shapiro lab マウスの更年期障害モデル 井上さんがやっている摘出系 宮道先生が最近出された年齢を重ねるにつれてARC kissのActivity dynamicsが変化する、の仕事 Ageに伴いEstrous cycleがAcyclicになっていく(Fig2)。この1つのFigだけでも仕事量がすごい。(清) FDA approved 産後うつ治療薬 Zuranolone (SAGE-217/BIIB125) WashUのInternal Funding これでも一部なのです！(清) Photoacousticのコアの装置 装置開発しているラボ＠biomedical engineering Wash U のNeuroscience Retreat Unitedの上級クレカ 追記（昌）、Green card holderなら、Priority passとGlobal entryペアがベストではと思います。 モンサント シグマアルドリッチ セントルイスの水運と発展の歴史 WashU 1853年創立 Weee!（まささんreferral） セントルイスの治安、エリア別 北側と東側が街全体の犯罪率を釣りあげている セントルイスは住みやすい 2010年とやや古い資料ですが、羊土社のWashU在籍日本人ポスドクへのアンケート バドワイザー セントルイスピザ 彼を知り己を知れば百戦殆からず：Future PI SlackJob Applications 2022-2023 North America only NeuroJobsEditorial Notes:
自分のを改めて聞きましたら、緊張のせいか（？）あまりにも淡々とした生真面目なトーンすぎて、これではPrescreeningインタビューでの通過が怪しい感じが…。次回以降も呼ばれるようにYoutubeを見て話術を鍛えなおします。(昌) NRのお二人は本当に良いコンビで、またまた楽しくお話しさせて頂き、ありがとうございました 。Faculty jobを得るまでには、本当に多くの方々よりアドバイスやサポートを頂きました。心から感謝するとともに、自分も恩送りをしたいと思っています。お気軽にご相談ください。またS Inoueラボは絶賛ラボメンバー募集中です！興味がありましたら、こちらもお気軽にご連絡ください。(清) ワシントンが偉人すぎて地理的感覚が…ちなみにマサチューセッツ州にもワシントンがあります。初期ゲストが伏線回収していく姿を収録できて感激です、ありがとうございました！またよろしくお願いします。 (脇) UWはユーワシュじゃなくてユーダブです、紛らわしい。ちなみにDEIの話とかしてるのにケビン・スペーシーはどうなのよ...という感じですが、American Beauty派です (萩) -
UF Scripps Institute で独立する服部亮磨さん(@ryhattori, gmail)がゲスト。Harvard MCBでのPhD生活、UCSDでのポスドク生活と研究内容の概説、ジョブハントの話、独立後の研究方針、ブリッジンググラント情報など（8/27 収録）
Show Notes (番組HP):
服部さんGoogle Scholar UF Scripps Institute Neuroscience Department HP Takao Hensch lab Takaki Komiyama lab FビザのOPT 坂野仁先生インタビュー 中島さんNR回 Venkatesh Murthy Catherine Dulac Nadine Gogolla Armenise: ハーバード医学校の神経科学のラボが多く入ってる 森下さん Tania Barkat bioRxivになっているCross Modality その１ その２ Uchida先生 Daniel Polley Adam Kepecs 牧野さん のNN論文 Simon Chen のNN論文 2017 Nature Communications, Eun Jung Hwang et al 最初に出しているInhibitory Neuronに関するレビュー論文 小宮山ラボでのCell 2019論文 牧野さんが最後の方にやってた課題 Schnitzer研のCrystal Skull 服部さんの手術法論文 ガラスを曲げていない分、ガラス窓はSchnitzer研のものより小さいです by 服部 サットン本 基礎は本で勉強（例１、２、３、４） PatchWarp論文 牧野さんのNRインタビュー 小宮山ラボでのNeuron 2022論文 Harris, Steinmetz, Stringer, Pachitariuらの分散論文1、2 Anne Churchlandの分散論文 Meta-learning論文：in press の OFC論文のこと 2019年のBari et al. Jeremiah Cohen dPCAを使った論文 bonsai Dale則 AutismのCareer Transition Award (Simons Foundation) J1 Waiver: J1 VISA2年戻らないといけない義務を免除する手続き （日本人の場合、J-1ステータス中に海外学振等のgovernment由来の助成金を受給した人が対象） San Diego のスクリプス研究所 UFによる＄100でのフロリダキャンパス買収 UFの病院組織の関連施設という位置づけでの合併なので、UFのメディカルスクール等の傘下に入ったわけではなく、研究所としては変わらず独立して運営されています by 服部 スクリプスのPhDプログラムの詳細 フロリダ大学のAI研究・教育への取り組み強化に関する記事 Stefan Leutgeb 佐々木先生 MPFI Fitzpatrick UCSDのスクリプス海洋研究所 パッチ: Patch-foragingと呼ばれる、よりethologicalなexplore/exploitation課題のこと Cindy Poo Chris Harvey 吉良さん Carlos Brody David Tank ヒヨコによる数認識 ミツバチ等の虫による数認識 サル・カラスによる数認識 Unity 人気のゲーム開発エンジンの一つ（使用例） UnityはAIベンチマークによく使われる ScrippsのStipend リンク先には2023年度のStipendレートがのっていますが、2024年度は収録内で言及したレートにする方向で調整中らしいです（まだ確定ではないと思いますが）by 服部 Warren AlpertのAward Warren Alpert, 服部さんのページ SimonsのAutism （補足：リンク先では給料が７０ｋになっていますが、２０２３年度からは８５ｋです。応募資格や募集領域は、各財団で年度ごとに変更される可能性があります。応募を考えている方は最新の情報を各財団のHPで確認してください。 by 服部） SimonsのSystems Neuroscience, Computation Neuroscience SimonsのAging, Plasticity Burrough wellcome fund (ヨーロッパの財団かも？って言ってたのは、ばっちりアメリカの財団でした by 服部) Branco Weiss Fellowship (これはブリッジングというよりはPDでも独立後でもどっちもいけるタイプ 萩)Ediitorial Notes:
長い時間インタビューしていただきありがとうございました！大学院時代とポスドク時代を振り返る、良い機会になりました。大学院やポスドクでの留学、アメリカでのジョブハント等を考えている方々の参考になれば幸いです。フロリダでのラボメンバーも大募集中なので、興味のある方はできるだけ早めにメールでコンタクトをとってくれると嬉しいです！ポスドク募集の詳細はこことかここを参照してください。フロリダは日本の沖縄みたいな気候・環境でディズニー等も近いので、私生活も結構楽しめると思います。僕は生き物が好きなので、面接中に研究所内のヤシの木にグリーンイグアナがへばり付いているのを見て感動しました。（服部） チャールズリバーにかかる橋を自転車で渡るのは爽快で気に入ってます（ただし夏に限る）。冬はケンブリッジキャンパスとメディカルキャンパスを繋ぐシャトルバスが出ていて便利、大学のIDが無いと使えませんが (宮脇) そのまま東大に残って生物・神経系に進んでいたら服部さんと同期だったようです。僕も理1ドイ語クラスで毎日ビブってましたが、(根が真面目な訳ではなく)7:3くらいで再受験用の受験勉強していたので人生の暗黒期でした。(萩原) -
古館昌平さん(@ShoheiFurutachi, e-mail) ゲスト回、サイエンスメインの後編。感覚予測誤差タスク時のV1 L2/3活動とVIP＋LP (Pulvinar) 入力の協調的な影響を調べた最新プレプリントについてのディスカッション、今後の展望など（9/2 収録）Show Notes (番組HP):
予測誤差タスク時のV1神経回路活動に関する最新プレプリント SWCのブログ記事 予測符号化に関するKellerとMrsic-Flogelのレビュー Kellerのnn 2016 Tian et al. Tirin Moore Robert Wurtz LatencyによるAttentionがかかる議論の具体例1 (by Wurtz) と例2 (by Desimone) Floris de Lange はPrediction-ErrorはHigherだって言っている Alex Attinger Lisa Giocomo Uchida lab Kim et al., Cell 2020 Sensory Prediction Errorの際のReceptive field を見る（ArisじゃなくてPowelでした） Oddball 課題 Marinaのタスクでもオフレスポンスを見ていた (Cortical top-downはL1aとb両方でした by 古) Randy Bruno の仕事 あとBurkhalterのL1 inputsのsegregation論文もありますね。(古) Alison Barth の仕事 Carl Petersen の仕事 Rabiesの仕事 SST44, Chris Harveyのヤツ Nuno Macarico da Costa AllenのEM, VIPは一部のSOMにしかいってない Scanzianiのスライスのデータ（Inhibition of inhibition, nn） Marina Garrett の論文がNatureに送られた Crick Institute OxfordのDPAG (Department of Physiology, Anatomy & Genetics) Bob Datta ロブションのマッシュポテトのレシピ Distributed decision making Neuroscience Needs Network Science (Pan-)Expansion Microscopyを上手く使えば？ R. Clay Reid Ilana Witten 藤島さんの回 齋藤さんめっちゃ活躍してる 五十嵐さんのNR回 1 2&3 4Editorial notes:
NRをお聴きの方々にとって有益な情報を盛り込めた気は全くしませんが、収録はとにかく楽しかったです。こいつなんか楽しそうにやってんなーぐらいに思っていただければ本望です。(古) 予測誤差シグナル研究中に予想とは異なるデータが観測されるの、目の前の研究が自分の脳の理解に直接つながる感じがして楽しそうです (脇) しょーへー氏的にはダークナイトなんだろうけど僕はメメントとインセプション派。まあトランセンデンス以外は全部好き。まだオッペンハイマー観れてない...のでImaxがすくのを待ってます (萩) - Mostrar más
