Episodes
-
Vi ved godt at der blive samlet en masse oplysninger ind om os, når vi bevæger os rundt på internettet. Dette fænomen kaldes tracking. Men hvornår opstod tracking? Og hvordan har tracking-teknologien udviklet sig i takt med at internettet og vores brug af nettet har ændret sig?
Det er Janne Nielsen, adjunkt i medievidenskab ved Aarhus Universitet i gang med at undersøge. Takket være Netarkivet kan hun gå helt tilbage til 2006 og se på brug af tracking på danske hjemmesider. Og det er store mængder af data som hun skal analysere. Derfor foregår analyserne på Kulturarvsclusteret på det kgl. Bibliotek i Aarhus.
Læs mere om Janne Nielsens forskning på: https://pure.au.dk/portal/da/persons/janne-nielsen(8eb7299a-0143-4583-aa17-3ce896422016).html
Læs mere om Kulturarvsclusteret på: https://www.deic.dk/da/kulturarvscluster -
En af de første udfordringer, der møder humanister når de vil i gang med supercomputing i digitale data, er overhovedet at få adgang eller tilladelse til at arbejde med data som f.eks. webtekster fra Netarkivet. Det skyldes at en stor del af disse data kan være personhenførbare, og derfor beskyttet af persondataloven. Og det betyder i praksis, at man ikke bare kan få adgang til at forske i disse data. De skal først anonymiseres, og det er langt fra en enkelt sag, når det gælder ustrukturerede data som webtekster. I denne episode fortæller Kristoffer Laigaard Nielbo, hvordan han sammen med sit team forsøger at bruge teknologien til at løse problemer omkring anonymisering af data, så det gerne på sigt skulle blive meget nemmere at komme i gang med spændende humanistiske digitale forskningsprojekter.
-
Missing episodes?
-
Hvor mange hjemmesider findes der i Danmark og hvilken viden gemmer der sig i det danske web, hvis man pludselig kan analysere op mod 1 million websider ved hjælp af en supercomputer? Det er nogle af de spørgsmål som professor ved Århus Universitet Nils Brugger gerne vil have svar på. Han er en af de første forskere som har draget nytte af det nye Kulturarvscluster i sin forskning i det danske webarkiv.
Læs mere om Niels Brüggers forskning:http://pure.au.dk/portal/da/persons/niels-brugger(2814967c-56b1-4b7c-9599-50ff791909b7).html
Læs mere om Kulturarvsclusteret: http://www.statsbiblioteket.dk/kulturarvscluster -
I denne episode af Supercomputing i Danmark tager vi hul på den del af dansk supercomputing, der handler om humanistisk forskning. På det Kgl- Bibliotek i Århus findes den 3. nationale supercomputer. Den har fået navnet Kulturarvsclusteret og sammenlignet med de andre nationale supercomputere Computerome og Abacus, er den ikke ret stor, men sammen med de omfattende digitale samlinger af dansk kulturarv der findes på det kgl. Bibliotek, så giver Kulturarvsclusteret nu humanistiske forskere nogle unikke muligheder for at forske i store mængder data fra dansk kulturarv ved hjælp af nye kvantitative metoder.
I denne episode fortæller Bjarne Andersen og Per Møldrup-Dalum fra det kgl. Bibliotek om baggrunden for at skabe et kulturarvscluster og om de første erfaringer med clusteret og de muligheder som det indeholder. I udsendelsen nævnes nogle af de forskningsprojekter, der allerede anvender clusteret. Dem vil du kunne høre meget mere om i de kommende episoder af Supercomputing i Danmark.
Læs mere om Kulturarvsclusteret på www.kulturarvscluster.dk
Læs mere om DeIC og supercomputing på https://www.deic.dk/da/kulturarvscluster
-
Hvordan er de nationale supercomputere blevet brugt?
Hvilke videnskaber har fundet vej til supercomputerne ABACUS 2.0 og COMPUTEROME i perioden 2015-2017 og hvad er der kommet ud af det?
I denne episode har jeg besøg af Lene Krøl Andersen og Birgitte Vedel Tage fra DeIC. De fortæller om erfaringerne med national supercomputing i Danmark. De har bl.a kigget på knapt 300 videnskabelige publikationer, hvor en af de to nationale supercomputere er nævnt.
Se den fulde publikationsliste her: https://vidensportal.deic.dk/da/publikationer
-
Hvis vi for alvorskal forstå de molekylære mekanismer bag udviklingen af kræft, og designe nye ogbedre behandlingsformer, så bliver der brug for både bioinformatikere og meget kraftigesupercomputere. Det har man indset hos Kræftens Bekæmpelse. Her har man udvidetforskningsafdelingen til også at omfatte en større gruppe bioinformatikere. som arbejder sideom side med de eksperimentelle forskere.
I denne podcast fortæller leder af ComputationalBiology hos Kræftens Bekæmpelse, Elena Papaleo, hvordan supercomputere hjælperkræftforskningen.
Læs mere om Elena Papaleos forskningsgruppe på: https://www.cancer.dk/research/computational-biology-laboratory/
Læs mere om supercomputeren Computerome på: https://www.deic.dk/da/computerome
-
På Rigshopitalets Center for Genomisk Medicin undersøger man patienternes gener, for at finde ud af, hvad de fejler, og hvordan de skal behandles. Det kræver en masse computerkraft at analysere de enorme mængder sekvensdata. Derfor har man valgt at benytte den Nationale Supercomputer Computerome, både til forskning og til den daglige drift med lagring og analyser af de genetiske data. Det betyder hurtigere svar til patienterne, men det betyder også at læger og forskere ved Rigshospitalet har nem adgang til de nyeste data, forskningsresultater, metoder og værktøjer som er tilgængelige på Computerome, fordi den er specialiseret til Life Science forskning. I denne episode fortæller Rasmus Marvig fra Center for Genomisk medicin, hvordan de bruger Supercomputeren Computerome til gavn for patienterne.
Du kan læse mere om Computerome på: https://www.deic.dk/computerome
-
Hvad får celler til at ældes? Man har længe haft mistanke om, at frie radikaler kan spille en vigtig rolle i denne proces. Frie radikaler er atomer eller molekyler, der har en eller flere uparrede elektroner i den yderste skal og dermed bliver reaktive.
Hvis man vil undersøge, hvordan frie radikaler påvirker vores celler kræver det altså at man studerer molekylernes interaktioner på atomniveau, og det er ikke muligt selv med det stærkeste mikroskop. Men i stedet for et mikroskop kan man bruge en supercomputer. Biofysiker og kvantebiolog Ilia Solov’yov lektor ved Syddansk Universitet forklarer i denne podcast hvordan han ved hjælp af supercomputeren Abacus er i stand til at følge indviklede biologiske mekanismer atom for atom og at regne sig frem til, hvad der sker når atomerne interagerer. På denne måde, håber han også at blive i stand til at forklare, hvad der ældningsprocessen i gang i vores celler.
Læs mere om Ilia Solov’yov på: http://quantbiolab.com
Læs mere om Supercomputeren Abacus på: https://abacus.deic.dk
-
Gummi er ikke bare gummi. Det er en indviklet strukturbestående af polymerer blandet med andre partikler. Selvom det snart er 200 årsiden at Charles Goodyear opfandt vulkaniseringsprocessen og dermed lagdegrunden til de gummidæk vi kender i dag, så har det indtil nu været en slagssort boks, hvad der foregår, når man mikser og opvarmer de forskelligeingredienser. Men takket være computermodeller ogsupercomputeren Abacus 2.0 begynder man nu at forstå, hvordan deenkelte molekyler i gummimaterialer opfører sig. Og det er noget derinteresserer den tyske dækvirksomhed Continental. De har indgået et forskningssamarbejdemed Carsten Svaneborg, lektor ved institut for fysik, kemi og farmaci påSyddansk Universitet, som er ekspert i computersimuleringer afpolymermaterialer. I denne episode kan du høre Carsten Svaneborg fortælle om samarbejdetmed Continental og om mulighederne i at forstå gummiets egenskaber ved hjælp afcomputersimuleringer på en supercomputer.
Læs mere om Carsten Svaneborgs forskning på http://www.zqex.dk
Læs mere om Abacus 2.0 på https://vidensportal.deic.dk/Abacus -
På IT-Universiteti København har man fundet en alternativ strategi til at skabe klogere og bedrerobotter. Man efterligner simpelt hen evolutionsprocessen som den foregår inaturen så man faktisk fremavler robotter, kunstige hjerner og nye bedrecomputere, i stedet for at programmere sig frem til dem. Hør hvordan detforegår, når Sebastian Risi, lektor ved IT-Universitetet fortæller, hvordan hanbruger supercomputeren ABACUS til at arbejde med kunstig evolution, lærende robotterog neurale netværk. Sammen med en masse samarbejdspartnere er han også i gangmed at undersøge, hvad der sker, hvis man lader planter og robotter interagereog udvikle sig sammen.
Du kan læse mereom Sebastian Risis arbejde på http://sebastianrisi.com og om supercomputerenAbacus 2.0 på https://abacus.deic.dk
-
Hvis man vil DNA-sekventerealle planter i Amazonas, så har man virkelig brug for en Supercomputer. Ogselvom det måske lyder uoverkommeligt, så har et dansk/brasilianskforskningskonsortium planer om at udvikle en metode til netop dette ved at bruge supercomputeren Computerome. Projektet skal analysere regnskovens planter og kommer til at generereenorme mængder af data bl.a. om planternes DNA og om de potente stoffer planterneproducerer. Lektor Bent Petersen fra DTU Bioinformatik fortæller i denneepisode om ideen bag det ambitiøse forskningsprojekt.
Du kan læse mere om Computerome på: https://www.deic.dk/computerome
-
Voresmobiltelefoner, autopiloter og hospitalsudstyr anvender alle avanceret software, men hvordan kan vi vide, at densoftware, som vi er blevet helt afhængig af, virker som den skal? Det kan vi vedhjælp af matematik. Matematiker og professor i computer science ved SDU PeterSchneider-Kamp forsker i, hvordan mankan bruge matematik til både at verificere og konstruere software. Og så har hanlige efterprøvet verdens største matematiske bevis ved at bruge supercomputerenAbacus.
Du kan læse mere om Peter Schneider-Kamps forskning på : http://imada.sdu.dk/~petersk/
Læs mere om Supercomputing på https://vidensportal.deic.dk
-
Hvorfor har Danmark brug for en supercomputer specielt til life science? I denne episode fortæller leder af supercomputing ved DTU Bioinformatik Peter Løngren, hvorfor Life Science forskningen stiller helt særlige krav til en supercomputer. Han fortæller også om udviklingen af Danmarks nationale Life Science supercomputer Computerome. Computerome befinder sig fysisk på DTU Risø ved Roskilde, men takket være cloud-teknologibetjener Computerome i dag store internationale forskningskonsortier uanset hvorde fysisk befinder sig i verden.
Du kan læse mere om Computerome på https://www.deic.dk/computerome
Læs mere om supercomputere og eScience på vidensportalen: https://vidensportal.deic.dk
-
I en kælder på Syddansk Universitet finder man et af Danmarks tre nationale HPC anlæg: Supercomputeren Abacus 2.0.
SDU professor Claudio Pica fortæller om udviklingen af Abacus, og de nye muligheder supercomputeren har tilført dansk forskning. Derudover medvirker dekan for naturvidenskab på SDU Martin Zachariasen, og KU forsker Guy Schurgers, som anvender Abacus til sin forskning i klimamodeller.
Du kan læse mere om Abacus 2.0 på: https://abacus.deic.dk
Læs mere om supercomputing og eScience på vidensportalen: https://www.deic.dk/vidensportal
-
Hvordan kunne en forholdsvis harmløs bakterie udvikle sig til en af de mest dødbringende bakterier i verden nogensinde? Det er et af hovedspørgsmålene i et nyt forskningsprojekt, der ved hjælp af DNA sekventering følger pestens udvikling fra dens tidligste udspring og frem til den pestbakterie vi kender i dag. Lektor Simon Rasmussen fra DTU Bioinformatik fortæller bl.a. hvordan 1 million regnetimer på Supercomputeren computerome har gjort det muligt at opstille pestbakteriens udvikling gennem 5000 år, og hvordan dette nye studie faktisk betyder, at man må revidere opfattelsen af, hvor og ikke mindst hvornår pest opstod.
Du kan læse mere om Supercomputeren Computerome, på vidensportalen: https://vidensportal.deic.dk/Computerome
-
Hvad er en supercomputer? Og hvilken rolle spiller supercomputere i forskning i dag? Hvordan får man adgang til en supercomputer? Og hvad gør vi egentlig i Danmark for at sikre at vores forskere har de supercomputerresourcer som de har brug for? Det er nogle af de spørgsmål, du kan få svar på i denne første episode af Supercomputing i Danmark, hvor jeg er taget til Supercomputing Dag på DTU, og taler med Professor i Bioinformatik Søren Brunak, og formand for DeICs eSciencekomité Josva Kleist og leder af eScience kompetencecenter Lene Krøl Andersen.
Du kan læse mere om Supercomputing og eScience på vidensportalen: https://www.deic.dk/vidensportal