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生物医药人在人工智能时代应该何去何从？
本期节目，我们请到了来自Adobe的王可博士，一起聊一聊像我一样的生物医药领域的AI小白应该如何入门人工智能。王可首先介绍了从传统机器学习到神经网络到大语言模型的学习路径，然后介绍了自己在PhD期间做的AI结合医学影像的工作，最终送给大家一些重要而温暖的建议: It’s never too old to learn!!!
主要内容01:20 学习人工智能需要的数理基础
03:49 机器学习和人工智能的学习顺序
08:00 如何学习大语言模型（LLM）及GPT
13:35 在显卡资源有限的情况下如何搭建自己的大语言模型
20:00 人工智能结合医学影像
24:00 多模态人工智能
相关链接王可的个人学术档案 kewang0622.github.io
Kaggle：人工智能学习社区 https://www.kaggle.com/
ChatGPT：最常用大语言模型 https://chat.openai.com/
Llama：Meta的开源大语言模型 https://llama.meta.com/
Copilot：编程辅助工具 https://copilot.microsoft.com/
Clip model：多模态人工智能的解决方案openai.com
scGPT：使用大语言模型分析单细胞测序数据 https://www.nature.com/articles/s41592-024-02201-0
大家如果对节目有任何问题和意见，欢迎联系我！ [email protected]
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近视眼是否会遗传？高度近视和低度近视的遗传结构有何区别？如何建立单病的遗传队列并进行关联研究？
本期节目，我们请到了来自温州医科大学眼视光医院的袁健博士，一起聊一聊全国最大规模近视遗传队列的建立和分析。基于温州医科大学瞿佳教授/苏建忠教授等建立的百万人近视普查队列及万人高度近视遗传队列，系列研究成果在近两年分别发表在《Cell Reports》，《JAMA Network Open》，及《STAR Protocols》。欢迎大家一起交流学习！
主要内容
02:30 百万人近视普查队列的建立
06:50 万人高度近视遗传队列的建立
10:33 遗传分析pipeline及算法
12:20 孟德尔遗传分析
14:57 Single-variant association study
25:15 Gene-based rare variant burden test
27:06 高度近视和低度近视发病机制的区别
相关链接
高度近视的孟德尔遗传分析，《JAMA Network Open》paper：doi:10.1001/jamanetworkopen.2023.45821
高度近视的外显子组关联研究，《Cell Reports》 paper：doi.org
遗传分析pipeline及算法，《STAR Protocols》paper：doi.org
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Fehlende Folgen?
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我们已经发现了数千种孟德尔遗传病，但是其中能够通过靶向药物治疗的寥寥无几。
本期节目，我们请到了来自贝勒医学院的Christiana Wang，一起聊一聊基于Antisense oligonucleotide (ASO)的罕见遗传病个体化药物研发。
首先恭喜Christiana针对SPTAN1基因的ASO相关研究刚刚在ACMG年会上获得了David Rimoin Inspiring Exellence Award，并进行了大会报告！我们也对该项目的工作内容进行了分享和讨论。
除了SPTAN1项目的相关内容，Christiana还分享了既往比较成功的ASO应用在罕见遗传病上的案例，包括Hungtington disease 以及Angelman syndrome。最后，我们探讨了罕见病药物研发的困境以及如何从整个社会层面推动药物研发。
主要内容
01:30 靶向SPTAN1突变相关遗传病的ASO药物研发工作
10:00 如何提高ASO针对点突变的特异性？
17:30 ASO药物案例：Huntington disease
21:10 ASO药物案例：Angelman syndrome
24:07 罕见病的药物研发如何可持续发展？
相关链接及术语解析
Christiana的获奖工作：https://www.gimopen.org/article/S2949-7744(24)00163-8/fulltext
Antisense oligonucleotide (ASO): 反义寡核苷酸(ASOs)被定义为化学合成的寡核苷酸，通常长度为12-30个核苷酸，目的是通过Watson-crick碱基配对规则与RNA结合。 www.wikiwand.com
Gapmer: ASO的一种，两端为RNA，中间为DNA，可以实现基因敲降。
单人单药的案例，Milasen: https://answers.childrenshospital.org/milasen-batten-disease/
Dominant negative: 显性负性突变效应。是指某些蛋白变性后不仅是自身反应无法进行同时阻碍其他反应的现象。该效应易导致遗传性疾病的发生。
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我们早在DNA被发现为遗传物质之前就已经发现了拷贝数变异的存在，但是直到今天，拷贝数变异的形成机制、人群分布和疾病关联依然有太多未解之谜。
本期节目，我们请到了来自美国贝勒医学院的段睿智博士，聊一聊我们认识拷贝数变异历史进程，尤其是James Lupski实验室对拷贝数变异研究的贡献，以及转座子相关拷贝数变异形成机制的前沿研究。同时我们也简单介绍了临床中拷贝数变异的检测指征和检测方法。
和EP2的嘉宾浩炜一样，睿智也即将进入WashingtonUniversity in St. Louis的Clinical Laboratory Genetics and Genomics Fellowship (LGG) 培训项目，成为一名遗传检验科大夫，他也在节目的最后对该项目的申请经验进行了分享。
主要内容
03:47 James Lupski实验室对拷贝数变异研究的贡献
10:30 拷贝数变异的复杂形成机制研究
14:10 转座子alu元件导致拷贝数变异的前沿研究
19:35 临床拷贝数变异的检测指征
22:00 临床拷贝数变异的检测方法
27:42 LGG项目申请经验
相关链接
Luspki实验室在CNV方面的代表工作：
https://www.nature.com/articles/ng.2768
https://www.nature.com/articles/nrg.2015.25
刘鹏飞教授在关于复杂拷贝数变异成型机制的cell paper： https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867417301277
本月发表的很有意思的一篇Alu导致人类“失去”尾巴的nature paper：https://www.nature.com/articles/s41586-024-07095-8
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海内外的PhD或MD都可以在美国成为遗传检验科大夫！在EP2跟杜浩炜博士一起学习了Clinical Laboratory Genetics and Genomics (LGG) program之后，本期我们又请到了来自美国贝勒医学院的潘雪阳博士，一起聊聊Clinical Biochemical Genetics (CBG) program的主要培训内容，申请过程，以及后续的职业发展规划。
LGG与CBG项目都隶属于American Board of Medical Genetics and Genomics (ABMGG)，申请难度和工作压力都比成为临床大夫更美好，是医学生/PhD学生非常好的职业发展选择！
主要内容03:40 生化遗传检测的主要检测技术和疾病
07:45 生化遗传检验科大夫的工作内容
13:05 CBG培训项目的主要内容
18:00 CBG项目的选拔和面试
27:00 对于申请者的建议
相关链接American Board of Medical Genetics and Genomics (ABMGG)：www.abmgg.org
Clinical Biochemical Genetics (CBG)：www.cc.nih.gov
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我脱发了！如何判断自己是否是雄激素性脱发？雄激素性脱发如何治疗？雄激素性脱发是否跟遗传有关？我们应该如何利用遗传实现针对雄激素性脱发的精准医疗？
本期节目，我们请到了来自北京同仁医院皮肤科的李佳欣大夫，结合主播的个人病例，向大家介绍雄激素性脱发的基本常识，各种黑科技疗法，以及遗传学前沿研究。
主要内容
01:42 雄激素性脱发介绍
07:21 女性的雄激素性脱发
12:23 主播的个人病例分析
21:19 雄激素性脱发治疗黑科技
24:17 雄激素性脱发的遗传学
相关链接
雄激素性脱发Hamilton分级： https://hospitalcapilar.com/zh-CN/escala-hamilton-norwood/
基于先验假设的雄激素性脱发遗传学研究：doi.org
雄激素性脱发的全基因组关联研究：doi.org
基于遗传学的雄激素性脱发多基因预测模型： doi.org
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肿瘤/癌症是否会家族遗传？在临床如何识别遗传性肿瘤？应该如何选择基因检测工具？
本期节目，我们请到了来自中国医学科学院肿瘤医院/国家癌症中心乳腺外科的刘嘉琦大夫，以乳腺癌为例，解码遗传性肿瘤的基因密码。
主要内容：
04:10 临床上常见的遗传性肿瘤综合症
08:44 如何在所有肿瘤病人中准确识别遗传性肿瘤
12:55 如何选择基因检测工具
19:22 如何对遗传性肿瘤患者及家属进行遗传咨询
23:22 遗传性肿瘤在治疗上是否和非遗传性肿瘤有区别
28:49 常见遗传背景在临床上的潜在应用
33:32 我们还能否发现第二个BRCA
相关链接：
遗传性乳腺癌预测模型Dr.ABC: https://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-022-01027-9
乳腺癌遗传基因风险计算器: http://gifts.bio-data.cn/#/calculator
GIFTS队列（Genetic investigation of Inherited and Familial Tumor Syndrome，中国注册号：ChiCTR1900024050）
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没有医学背景的PhD也可以在美国成为基因检验科大夫！本期节目，我们请到了来自美国贝勒医学院的杜浩炜博士，一起聊聊Clinical Laboratory Genetics and Genomics Fellowship (LGG)项目的主要培训内容，申请过程，以及后续的职业发展方向。
主要内容
02:30 LGG项目主要培训内容
06:19 LGG项目申请过程以及后续的职业发展方向
17:46 新技术在临床基因检测中的应用
24:02 浩炜刚刚发表在《Nucleic Acids Research》上的新作HMZdupFinder
相关链接
浩炜的新作HMZdupfinder: PMID: 38153174 DOI: 10.1093/nar/gkad1223
ClinicalLaboratory Genetics and Genomics Fellowship (LGG): www.genome.gov
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本期内容，我们请到了来自美国贝勒医学院的刘鹏飞教授，一起聊聊产前基因检测的技术发展，及其对于学术界/临床检验界以及每一个家庭的意义。
主要内容
1. 携带者筛查carrier screening
2. 无创产前检测 non-invasive prenatal testing (NIPT)
3. 有创产前检测 invasive prenatal testing
4. 十年之后的产检检测可以达到哪些里程碑？
提到的文献
使用cfDNA进行WES级别的检测：
www.nejm.org
www.nejm.org
术语词汇表
Egg donor, sperm donor 卵子和精子供体
Non-invasive prenatal testing (NIPT) 无创产前检测
Non-invasiveprenatal screening (NIPS) 无创产前筛查（NIPT更新的说法）
Human phenotype ontology (HPO) 人类表型术语
ChorionicVillus Sampling (CVS) 绒毛膜取样
